和古北口这三个地方的防卫之后，蓟州的处境才变得危险起来。为什么这样说呢？因为这三个关口在明朝与鞑靼交界的边城上，而蓟州却在长城外，敌人只要越过这三个关口，就可以长驱直入门户大开的北京了，蓟州实际上等于是形同虚设！正是在这个意义上，我们才说北京处于明朝的国防第一线。至于东边的其他几个军事重镇，由于它们的外面有山险可守，因此都没有蓟州的防务那么艰难！
在这样的国防体制下，明朝除了加固北方长城和长城以内九镇之外，还于嘉靖二十九年（公元1550年），设立了总督蓟辽、保定等处军务一员，总督宣大、山西等处军务一员，它们分别简称为蓟辽总督和宣大总督。这两个职位的设立，有着极其重要的军事和政治意义。仔细考察一下它们的地理位置，大家可以发现，它们无异于北京的左、右两翼，对北京形成犄角保卫之势。有着这样重要的作用，这两位总督的地位自然就高了：兵部左、右侍郎出任蓟辽总督、宣大总督；两位总督入京，则是兵部尚书。这样的体制安排，体现了『政府』对蓟辽、宣大的重视。
尽管上面的国防体制安排已经比较恰当了，但是却唯独没有想到要恢复总督喜峰口、黄崖口和古北口三个关口的大宁。因此，明朝的国防总是在这里出问题。其实，早在隆庆五年，当时的蓟辽总督刘应节就曾经上疏说：“以今上计，发精兵二十余万，恢复大宁，控制外边，俾畿辅肩臂益厚，宣、辽声援相通，国有重关，庭无近寇，此万年之利也。如其不然，集兵三十万，分屯列成，使首尾相应，此百年之利也。又不然，则选主客兵十七万，训练有成，不必仰借邻镇，亦目前苟安之计。”（转引自朱东润《张居正大传》）在这个上疏里，刘应节一共提出了上中下三个计策，其中的上策就是要恢复大宁，中策是将三十万军队分列屯军于边境，下策则是选兵十七万，将之训练有素，也可以苟安。
在他看来，只要恢复大宁，就能缩短东北的国防线，进而给北京的外围增加好几重的军事屏障，就有利于提高明朝的国防力量。虽然他的计划是很符合国防需要的，但是明朝自从明成祖撤消了大宁的国防建制之后，『政府』就再也不想恢复了。可以说，这是明朝国防体制上的重大失误。
在恢复大宁的军事建制无望的情况下，明朝国防的中心就转到了蓟州。在明朝『政府』看来，只要能够搞好蓟州的防务，用这里的军事力量抑制住想要从喜峰口、黄崖口和古北口三个关口入侵的敌人，同样可以防御外患。因此，明朝一些有才干的官员就非常重视蓟州的防务。后来当上了兵部尚书的杨博早在嘉靖三十八年（公元1559年）就上疏言明蓟州在国防上的重要『性』：“今九边蓟镇为重，请饬边臣逐大同寇，使不得近蓟，宣大诸将从独石侦情形，预备黄花、古北诸要害，使一骑不得入关，即首功也。”
他的意思是蓟州是国防中最重要的环节，一面要驱逐大同的外敌，另一面则要守好黄花、古北诸要害，这样就可以防范外敌入侵了。他的这个观点一直持续到当了兵部尚书依然没有改变，在隆庆五年，杨博也说：“议者以守墙为怯，言可听，实无实效。墙外邀击，害七利三，墙内格斗，利一害九。夫因墙守，所谓‘先处战地而待敌’，名守实战也。臣为总督，尝拒打来孙十万众，以为当守墙无疑。”（均转引自朱东润《张居正大传》）在他看来，言官们所说的守边墙是怯弱的意见听起来好听，其实是不切实际的，因为在墙内御敌的危害更大。他认为必须严守蓟州，方能保证国防的万无一失。这个观点的正确『性』在隆庆元年得到了印证！
隆庆元年的九月，鞑靼的首领俺答从大同入侵，一路攻占了石州、交城、文水。可这并不是最紧急的战事，就在西部战火突起的同时，土蛮进攻了蓟州，纵火劫掠了昌黎、卢龙，侵略者一直打到了滦河。如此一来，北京就再次面临着战争危机。就在紧急之中，穆宗下诏召集大臣商议战守的问题。在这次商议中，当时已经是工科给事中的著名大臣吴时来上疏推荐了谭纶、俞大猷和戚继光三员大将，主张用这三位平定南方倭寇的大将坐镇蓟州，抵御北方的外敌。他的这个主张很快就得到了同意，主要有两个方面的原因，一方面是因为吴时来跟张居正同为徐阶的门生，张居正自然会支持他的主张；另一方面也因为谭纶、俞大猷和戚继光的确是当时数一数二的将才，让他们去镇守北方边境，是大多数大臣都赞同的。
吴时来的上疏得到批准后，原为两广军务总督的谭纶就被任命为兵部左侍郎兼右佥都御史，总督蓟辽、保定军务；戚继光则被任命为神机营副将，从隆庆二年（公元1568年）五月开始总理蓟州、昌平、保定三镇的练兵事宜，统管所有的总兵官。张居正和这两位将才的友好合作关系就是从此时开始的，并且一直持续到张居正去世以后。至于张居正当政时期，他们两人更是得到了重用，隆庆六年（公元1572年）时谭纶还当上了兵部尚书。试想，如果没有张居正对他们作为一流将才的赏识和重用，他们的合作关系也不会持续这么久！
谭纶就任蓟辽总督后的所作所为，证明了张居正和吴时来的眼光的确超人。经过仔细的观察和比较，很快谭纶就对蓟辽的军事状况，尤其是明朝军队的素质情况有了深入的了解。他在一个上疏中反映了实际情况，并提出了解决之道：“蓟、昌卒不满十万，而老弱居半，分属诸将，散二千里间。敌聚攻，我分守，众寡强弱不侔，故言者亟请练兵，然四难不去，兵终不可练。夫敌之长技在骑，非召募三万人勤习车战，不足以制敌，计三万人月饷，岁五十四万，此一难也。燕赵之士锐气尽于防边，非募吴越习战卒万二千人杂教之，事必无成。臣与继光召之可立至，议者以为不可信，任之不专，此二难也。军事尚严，而燕赵士素骄，骤见军法，必大震骇，且去京师近，流言易生，徒令忠智之士掣肘废功，更酿他患，此三难也。我兵素未当敌，战而胜之，彼不心服，能再破乃终身创，而忌嫉