部与工商部合并为实业部卫生部改为卫生署并入内政部建设委员会划归国民政府直辖。此后行政院机构变化不大。到抗日战争全面爆时行政院共有9部和4个委员会。行政院各部设部长、政务次长、常务次长各1人部长综理部务次长协助部长工作。部的下面按照不同情况设厅、署、司、处置秘书、参事、厅长、署长、司长、处长、科长、科员、技监、技士、技佐、编审、视察、督学等各类人员。行政院各委员会设委员长、副委员长各1人委员和常务委员若干人委员长在副委员长协助下领导和管理本会工作。会的下面分设处、科置秘书、参事、处长、科长、科员等各类人员。蒙藏、侨务、赈务委员会还在地方设立了一些派出机构。
------------
11
抗战时期的战时体制抗战开始后国民政府转入战时体制。1937年8月12日国民政府设立国防最高会议作为全国国防最高决策机关蒋介石任主席汪精卫任副主席。国防最高会议由党政军三方面负责人组成成员包括国民党中央执行委员会和监察委员会的常务委员、秘书长、中央各部部长国民政府五院正副院长、行政院秘书长及各部部长、全国经济委员会常务委员国民政府军事委员会正副委员长、常务委员参谋本部总长、训练总监部总监、军事参议院院长。国防最高会议组成后国民政府五院直接接受其领导五院分别对国民党中央执行委员会负责的规定失去效力。11月2o日国民政府迁都重庆。12月13日南京沦陷。1938年元旦蒋介石辞去行政院院长兼职孔祥熙继任。同日国民党中央执行委员会常务委员会通过《中央机构调整案》规定：撤销铁道部、实业部和直属于国民政府的建设委员会、全国经济委员会；设立经济部将实业部、建设委员会、军事委员会第三部及第四部、资源委员会、全国经济委员会的水利部分划归经济部；铁道部及全国经济委员会的公路部分改隶交通部；撤销海军部将其所管事务划归军事委员会所属的海军总司令部办理；原属军事委员会的禁烟总会改隶内政部贸易调整委员会及对外易货委员会改隶财政部。1月14日国民政府修订公布《行政院组织法》规定行政院只设内政、外交、军政、财政、经济、教育、交通7部和蒙藏、侨务2个委员会。2月24日赈务委员会改称赈济委员会仍隶属行政院。
为了增强抗战力量国民政府在抗日战争初期设置了一个以国民党为主、容纳国内各党派和无党派人士参加的咨询机关——国民参政会。1938年7月6日国民参政会一届一次会议在汉口开幕。第一届参政会有参政员2oo人参政员由国民党中央执行委员会选任汪精卫任议长。按照组织条例国民参政会的职权主要有三项：（1）在抗战期间政府对内对外重要施政方针于实施前应提交国民参政会审议。前项决议案经国防最高会议通过后依其性质交主管机关制定法律或颁布命令行之。但是“遇有紧急特殊情形国防最高会议主席得依《国防最高会议组织条例》以命令为便宜之措施。”（2）国民参政会得提出建议案于政府。（3）国民参政会有听取政府施政报告暨向政府提出询问案的权力。国民参政会每半年开会一次闭会期间设驻会委员会。它下设五个审查委员会分别审查关于军事国防、外交国际、内政、财政经济、教育文化等项议案。国民参政会没有立法权和监督权不是所谓的“战时国会”但它为各党各派评议时政提供了合法讲坛。广州、武汉失守后抗日战争进入相持阶段。1938年12月18日汪精卫叛国投敌。1939年1月28日国民党五届五中全会决定设立国防最高委员会统一党政军的指挥国民党中央执行委员会所属各部各委员会及国民政府五院、军事委员会及其所属各部各委员会兼受国防最高委员会指挥总动员委员会直隶于国防最高委员会。与国防最高会议不同之处在于：（1）国防最高委员会不设副职实行委员长集权制委员长可以提名任命委员常务委员由委员长于委员中指定。（2）除委员外国防最高委员会另以党政军各方面负有实际责任的领导人为执行委员负责执行国防最高委员会的决议经委员长指定的执行委员还可以列席国防最高委员会常务会议。（3）国防最高会议没有常设机构国防最高委员会设立了机构庞大的秘书厅。2月7日国防最高委员会成立蒋介石任委员长。3月11日国防最高委员会下设国民精神总动员会蒋介石兼任委员长。11月2o日孔祥熙辞职蒋介石复任行政院院长。此后行政院的直属机构进行了局部调整。194o年3月将原属经济部的农林部分划出设立农林部。4月原属内政部的卫生署划归行政院直辖。7月增设全国粮食管理局统筹全国粮食的产销储运。9月6日国民政府明令以重庆为陪都。1o月行政院增设重庆陪都建设委员会国民党中央执行委员会社会部改隶行政院。1941年5月撤销全国粮食管理局增设粮食部。7月增设全国水利委员会。12月撤销内政部原设的地政司改于行政院下设地政署。国民党五届七中全会曾决定增设经济作战部国民党五届八中全会曾决定增设贸易部但这两部均未成立。到1941年底行政院的直属机构增加为1o部5会2署。
行政三联制的推行战时国民政府虽然实行高度集权但是由于官僚机构臃肿、从政人员并没有收到集权政府应有的行政效能。194o年7月6日根据蒋介石的提议国民党五届七中全会决定试行行政三联制。所谓行政三联制是将行政管理的设计、执行、考核三个环节紧密连接起来设计是行政活动的开始执行是对设计的实施考核既是对执行情况的检验又是对下一个设计的反馈。如此尾相连形成一个有机的行政系统。它的运行程序是：在每一个年度开始前先由中央设计局拟就施政方针经国防最高委员会讨论修改后交各级政府各级政府据此拟定详细施政计划及所需经费概算逐级审核后送达中央设计局再由中央设计局审查、整理成全国施政计划呈报国防最高委员会核准交