各级政府执行同时通报党政工作考核委员会党政工作考核委员会据此对各级政府施政状况进行考评。1941年2月15日和22日党政工作考核委员会和中央设计局先后成立。按照组织大纲中央设计局是主持政治经济建设计划的设计及审核的最高机关党政工作考核委员会是考核检定设计方案的实施进度、考核党政机关经费人事的最高机关。在行政三联制下国民政府五院、国民党中央各部会、地方各级政府和党部都成了纯粹的执行机关。对此立法院、监察院明确表示不满司法院、考试院和国民党中央各部、各委员会都消极抵制。1942年11月27日国民党五届十中全会强令推行行政三联制规定对“不遵送计划与不遵照计划执行之主管与机关”予以严格惩处。1943年各机关相继设立了设计考核委员会或设计考核处负责本机关的施政设计和工作考核。实行行政三联制并没有革除公文往返、办事拖沓、敷衍塞责的弊端。由于蒋介石一身兼任中央设计局总裁、行政院院长和党政工作考核委员会委员长使三联归于一统加强了蒋介石的个人集权。1943年8月1日林森逝世蒋介石代理国民政府主席。国民党五届十一中全会于9月1o日再次修改《国民政府组织法》规定：国民政府主席为6海空军大元帅；国民政府五院院长、副院长由主席于国民政府委员中提请国民党中央执行委员会选任；国民政府主席对国民党中央执行委员会负责五院院长对国民政府主席负责；主席任期3年连选得连任。会议推举蒋介石为国民政府主席兼行政院院长。这样蒋介石将党政军最高职位全部收归己有。直到1945年5月31日蒋介石才辞去行政院院长兼职由宋子文继任。

战后的行政机构抗日战争胜利后国民政府于1946年5月5日迁回南京22日原属经济部的资源委员会改隶行政院。31日国民政府明令撤销军事委员会及其所属各部、各委员会和行政院的军政部改于行政院下设国防部。6月26日内战重新爆。在国民党的统治陷入严重危机的情况下国民党中央执行委员会常务委员会于1947年4月17日决定改组国民政府使其成为由训政向宪政过渡的政府。具体措施是：（1）撤销包揽一切的国防最高委员会以国民政府委员会为国民政府最高国务机关。其职权为讨论及决议立法原则、施政方针、军政大计、财政计划及预算、院与院之间不能解决事项并决定各部、各委员会长官及不管部会的政务委员和立法委员、监察委员的任用。国民政府设委员29人其中国民党17人青年党、民社党、无党派人士各4人国民政府正副主席、五院院长及主要部部长均由国民党委员担任。（2）改行政院会议为政务委员会以行政院负行政的全责。行政院下设内政、外交、国防、财政、教育、农林、工商、交通、社会、水利、卫生、地政、粮食、司法行政、主计15部和蒙藏、侨务、资源3个委员会。其中工商部由原经济部更名而来水利部由原全国水利委员会改组而来卫生部、地政部由原卫生署、地政署升格而来司法行政部由司法院改隶而来主计部由国民政府主计处改隶而来。（3）国民政府委员会吸纳了少量非国民党委员立法院、行政院、监察院也都增加了一些非国民党的立法委员、政务委员、监察委员。这次改组政府没有经过民主选举是由国民党一党包办的改组后蒋介石仍任国民政府主席孙科任副主席张群任行政院院长非国民党委员多担任副职或闲职没有改变国民党一党专政的局面。

第三节军事机构和军事制度军政时期的军事机构和制度南京国民政府的最高军事机关是国民政府军事委员会。1927年7月12日公布的《军事委员会组织大纲》规定：军事委员会为军事最高机关负全国6海空军编制、统御、教育、经理、卫生及充实国防之责；军事委员会委员由国民党中央执行委员会选任委员互选5至7人为常委常委互选1人为主席；执行决议、布命令时由常务委员全体署名。军事委员会下设政治部、军务厅、总务厅、参谋厅、军事教育厅、海军处、航空处等直属机构。国民革命军总司令部名义上隶属于军事委员会实际上独立行使统帅权。军政时期的南京国民政府实行总司令集权制。国民党中央政治会议于1927年5月2日修改通过的《国民革命军总司令部组织大纲》规定：凡编入作战军战斗序列的6海空军均归总司令统辖指导对于此等军队的统御、经理、教育、卫生等事项负完全责任；未加入作战序列的各军仍由军事委员会直辖但应作战上的要求总司令得咨请军事委员会调遣。这次会议还决定在总司令部内增设战时政务委员会由国民政府特派内政、外交、财政、交通等部负责人员组成受总司令指挥处理作战区域政务。这个机构是蒋介石依靠军队操纵政府的中间机构在特委会政府成立时被撤销。蒋介石复出后又于1928年3月2o日设立战地政务委员会。该会下设内政、外交、财政、司法、交通、教育、农矿、工商、建设9处分别由国民政府相关各部和委员会选派能代表该机构的委员组成负责处理作战地域各项政务直属于国民革命军总司令部。通过操纵战地政务委员会蒋介石间接控制了国民政府。北伐军攻占北平、天津以后国民党中央政治会议于6月27日通过决议撤销了战地政务委员会。

国民政府的中央军称为国民革命军中央军的军制比较规范。6军和海军军官分为将、校、尉3等12级即上将（特级、一级、二级）、中将、少将、上校、中校、少校、上尉、中尉、少尉、准尉。空军不设上将、中将最高官职为少将校官、尉官与6军和海军相同。士兵分为士和兵2等5级即上士、中士、下士、上等兵、一等兵。宁汉合流后军事委员会全体会议于1927年1o月9日决定整编军队。规定：各部队以军为单位军以上分路用数字加以区别各路负责者称总指挥。军的编制每军辖三师、一教导团、一骑兵队、一炮兵团、一工兵营、一通信队、一宪兵队、一军乐队；师的编制分为两种甲种师辖四团乙种师辖三团、一