面对这种变化的新形势清朝统治者不得不改变某些统治政策对政权运行机制进行调整和改革。咸丰十年十二月初十日（1861年1月2o日）咸丰帝下谕批准设立总理各国事务衙门派恭亲王奕、大学士桂良、户部左侍郎文祥管理。这是清廷进行政治体制改革的开端。

总理各国事务衙门简称“总理衙门”、“总署”或“译署”其官制仿照军机处。官员主要有大臣和章京。大臣一般分为亲王、郡主、贝勒统领、军机大臣兼领、大臣上行走章京分为总办章京、帮办章京、章京、额外章京。章京在大臣领导下管理各项具体工作。分设英国、法国、美国、俄国、海防五股及司务厅和清档房。总理衙门对同文馆、海关总税务司以及南、北洋通商大臣虽然不能直接管辖但关系密切。其开始主管外交及通商、关税等事务后来扩及筑铁路、开矿、制造枪炮军火等总揽了全部洋务事宜。其权势与地位凌驾于六部之上颇似军机处。在总理衙门设立以前清廷对外交涉由礼部、理藩院、鸿胪寺等机构办理。总理衙门成立后清廷才开始有了专门的外交机构尽管它带有半殖民地色彩但毕竟标志着中国已进入近代意义上的外交行列。

在这以前清廷还设有五口通商大臣（后改称南洋大臣）、三口通商大臣（后改称北洋大臣）、总税务司等。

由于总理衙门成为总揽一切“洋务”的中枢机构从而引起清朝中央机关职权的变化。这一变化在光绪戊戌年间刑部郎中沈瑞林的奏折中有一段详细记载：凡策我国之富强者要皆于该衙门为总汇之也而事较繁于六部者也。夫铨叙之政吏部主之今则出洋大臣期满专由该衙门请旨海关道记名专保该衙门章京而吏部仅司注册而已。出纳之令户部掌之今则指拨海关税项存储出公费悉由该衙门主持而户部仅司销覈而已。互市以来各国公使联翩驻京租界约章之议燕劳赏赐之繁皆该衙门任之而礼部主客之仪如虚设矣。海防事起力求振作采购战舰军械创设电报邮政皆该衙门专之而兵部武库车驾之制可裁并矣。法律本掌于刑部自各国以公相持凡交涉词讼之曲直悉凭律师以为断甚或教案一出教士多方袒护畸轻畸重皆向该衙门理论而刑部初未与闻也。制造本隶于工部自各国船坚械利耀武海滨势不得不修船政铁路以资防御迄今开办铁路工作益繁该衙门已设有铁路矿务总局矣而工部未遑兼顾也。是则总理衙门之事固不独繁于六部而实兼综乎六部矣。1从这段记载看清廷各部职权由此相对缩小甚至名不副实形同虚设总理衙门成为包揽一切的机构。所以外国侵略者把它视为“帝国政府（指清廷）的内阁”这表明清朝中央机构开始生变化。

“新政”时期政权机构的变化中国在甲午战争中的惨败丧权辱国的《马关条约》的签订使得朝野上下要求改革现状、挽救民族危机的呼声日益高涨掀起了要求以改革现行政治体制为中心的维新运动。

从光绪十四年（1888）到光绪二十四年（1898）康有为先后七次向光绪帝上书历陈改革政治制度的必要性和紧迫性。光绪二十四年四月光绪帝下诏进行变法。在变法期间他下令删改则例裁汰冗员；取消詹事府、通政使司、光禄寺、鸿胪寺、大理寺、太仆寺等冗散重叠机构；设立矿务铁路总局、农工商总局、京师大学堂；准许办报馆、学会、商会、农会；改各省书院、祠庙为学校；裁汰绿营、用新法训练新军；推行保甲制度等等。这一系列改革和措施遭到慈禧太后为的守旧派的抵制和破坏。然而戊戌变法的失败并不表明旧的政权体制照样能维持下去。随着义和团运动的爆八国联军的侵华《辛丑条约》的签订以孙中山为的资产阶级革命派登上了政治舞台向清皇朝起猛烈进攻。清朝统治者为了挽救没落的命运被迫进行机构改革和宣布预备立宪。光绪二十六年（19o1）底清廷布“变法”上谕推行“新政”。三月清廷成立督办政务处作为规划“新政”的机构。随后改总理衙门为外务部“班列六部之前”。光绪二十九年（19o3）设练兵处划一全国新兵训练；成立财政处谋求统筹全国财政解决财政困难；设立商部将矿务铁路总局并入。光绪三十一年（19o5）设立巡警部统理全国警务；设立学部管理全国教育。在这期间先后裁撤东河河道总督云南、湖北、广东三省巡抚及通政司归并詹事府于翰林院裁汰各衙门胥吏差役停止捐纳买官废除科举制度设立学堂派学生出国学习等等。

这一时期的新政是对清朝政权体制的重大改革。通过这一改革使清朝政权机构生了很大的变化一些旧机构被撤销了一些新机构设立了传统的六部、九卿的建制趋于瓦解。

“预备立宪”时期的官制改革光绪三十一年（19o5）清廷宣布“预备立宪”派载泽等五大臣出国考察政治设立考察政治馆。次年五大臣回国后向慈禧太后陈述了实行“宪政”的三大好处：一是“皇位永固”；二是外患渐轻；三是“内乱可弭”。清廷于七月十三日（9月1日）宣布“预备仿行立宪”先从改革官制入手。同时派载泽等编纂官制命各省督抚派员参议后又派奕、瞿鸿等总司核定。经过一番讨论由奕等议定一个改革朝廷官制的方案。九月二十日（11月6日）清廷宣谕按照奕等厘定的新官制进行改革。（1）改巡1《戊戌变法档案史料·添裁机构及官制吏治》。

警部为民政部户部为度支部兵部为6军部刑部为法部理藩院为理藩都大理寺为大理院都察院为都御史、副都御史其中法部管司法大理院管审判都御史负责“纠察行政缺失伸理冤滞”；（2）将太常、光禄、鸿胪三寺并入礼部工部并入商部取名农工商部；（3）增设专管轮船、铁路、邮政的邮传部；（4）内阁、军机处、外务部、吏部、学部以及宗人府、翰林院、钦天监、銮仪卫、内务府、太医院、各旗营、侍卫处、步军统领衙门、顺天府、仓场衙门等照旧不变；（5）准备设海军部、军咨处、资政院、审计院等1。除外务部官员缺照旧外各部堂均设尚书1员侍郎1员满汉不分。这种改革表面上仿照西方资本主义三权分