报告对抗日民族统一战线政策作了系统的阐述。1936年2月同彭德怀率红一方面军主力东征一举突破阎锡山军队的黄河封锁线准备东出河北同日军直接作战。5月初由于晋、陕、甘的军事形势生变化东征红军主动回师河西在回师通电中向南京政府呼吁停止内战一致抗日。同年9月中共中央正式决定采取逼蒋抗日的新方针。毛泽东亲自主持同东北军张学良、西北军杨虎城的统战工作指导同国民党政府方面的谈判。1936年12月12日西安事变生后以毛泽东为核心的中共中央经过反复研究确定和平解决西安事变的方针派周恩来、秦邦宪（博古）、叶剑英前往西安促成西安事变的和平解决。这是实现第二次国共合作由国内战争向抗日民族战争转换的枢纽。
1936年12月毛泽东任中央革命军事委员会主席。1937年1月随中共中央和中央军委由保安迁往延安。在此前后他从事马克思主义理论研究认真总结中国革命的经验。1936年12月撰写《中国革命战争的战略问题》一书全面总结第二次国内革命战争的经验批判“左”倾冒险主义在军事上的错误阐明中国革命战争的特点、规律和人民战争的战略战术。1937年5月毛泽东出席了在延安召开的党的全国代表会议作了《中国共产党在抗日时期的任务》和《为争取千百万群众进入抗日民族统一战线而斗争》的报告指出当前党的基本任务是巩固和平、争取民主、实现抗战提出共产党应当实现对全国各革命阶级的政治领导。同年7月和8月先后撰写《实践论》和《矛盾论》阐明马克思主义认识论和辩证法原理揭露党内教条主义错误为中国共产党人坚持实事求是的思想路线奠定了最重要的哲学基础。
1937年7月7日全国抗日战争爆。7月23日毛泽东表《反对日本进攻的方针、办法和前途》阐明中国共产党的全面抗战的方针。同年8月出席在洛川举行的中共中央政治局扩大会议作关于军事问题和国共两党关系问题的报告提出独立自主的山地游击战的战略方针和统一战线中的独立自主原则。会议通过《关于目前形势与党的任务的决定》和《抗日救国十大纲领》。会议决定成立新的中共中央革命军事委员会毛泽东任书记（实际称主席）。毛泽东为中共中央宣传部门起草的《为动员一切力量争取抗战胜利而斗争》的宣传提纲也在会上通过。会后毛泽东指导八路军开赴抗日前线坚持敌后游击战争在晋东北、晋西北、晋东南、晋西南实行战略展开。1938年5月毛泽东表《抗日游击战争的战略问题》和《论持久战》全面分析中日战争所处的时代和敌我双方的基本特点阐明抗日战争“持久必胜”的基本规律和抗日游击战争的战略地位以及人民战争的战略战术科学预测抗日战争的展过程批驳了“亡国论”和“胜论”。同年9至11月毛泽东主持召开中共扩大的六届六中全会作了题为《论新阶段》的政治报告指出要不断地巩固和扩大抗日民族统一战线用长期合作支持长期抗战；批评在统一战线问题上的右倾错误强调统一战线中的独立自主原则；号召全党认真地学习马克思列宁主义努力完成“使马克思主义在中国具体化”的历史任务。全会批准以毛泽东为的中央政治局的路线确定把党的主要工作方向放在战区和敌后。
1938年1o月后抗日战争转入相持阶段国民党统治集团内的投降、分裂、倒退活动日益严重。毛泽东以极大的精力领导中国共产党打退国民党动的三次反共高氵朝并积极从事新民主主义革命的理论和策略的研究。1939年1o月表了《〈共产党人〉刊词》提出统一战线、武装斗争、党的建设是中国革命的三大法宝的论断。194o年1月写成《新民主主义论》阐明了中国革命的领导权必须属于中国工人阶级中国革命必须分为新民主主义和社会主义两个阶段提出新民主主义的政治、经济和文化纲领。这两篇著作表明他关于新民主主义革命的理论、路线和基本政策已经形成比较完整的体系。在打退第一次反共高氵朝之后毛泽东及时总结经验写出《目前抗日统一战线中的策略问题》在统一战线的策略思想方面有重大的展。194o年12月写成《论政策》一文指出党的抗日民族统一战线政策是综合联合和斗争两方面的政策阐述了抗日根据地内党的各项具体政策。1941年1月蒋介石集团制造了震惊中外的皖南事变成为第二次反共高氵朝的顶点。毛泽东起草《为皖南事变表的命令和谈话》揭露国民党破坏抗战的阴谋提出解决皖南事变的十二条办法。接着又起草《打退第二次反共高氵朝后的时局》和《关于打退第二次反共高氵朝的总结》两个党内指示全面分析蒋介石集团抗日和反共的两面政策重申对顽固派斗争的有理、有利、有节的策略原则。1943年5月国民党顽固派乘共产国际宣布解散的机会叫嚣解散中国共产党并调动军队密谋动第三次反共高氵朝。7月毛泽东为《解放日报》撰写题为《质问国民党》的社论揭露顽固派的反共阴谋要求撤退准备进攻陕甘宁边区的国民党军队号召制止内战危机。与此同时毛泽东起陕甘宁边区大生产运动号召“自己动手丰衣足食”制定了“展经济保障供给”的财政经济工作总方针。
从1942年春开始毛泽东领导全党开展了整风运动。1941年5月在延安干部会议上作《改造我们的学习》的报告反对主观主义力倡实事求是的、理论和实际相统一的马克思列宁主义学风。同年9至1o月毛泽东主持召开中共中央政治局扩大会议总结党在第二次国内革命战争时期特别是其后期的历史经验强调要反对主观主义和宗派主义。他先后主持编辑《六大以来》和《两条路线》两部重要的党的历史文献集对分辨正确路线和错误路线的是非统一全党的认识起了重要作用。1942年2月毛泽东作《整顿党的作风》和《反对党八股》两篇重要讲演号召全党反对主观主义以整顿学风反对宗派主义以整顿党风反对党八股以整顿文风切