理案件草拟判稿。此级审判权限受理民事与刑事案于刑事案笞、杖犯罪自理并审理上级批的案件于杀人等要案须加勘验呈报上司。第二级审判机关为府（直隶州、厅）。府正印官为裁判官判决县自理案件中的上诉案件复审上解的徒罪案件裁决民事上诉案件审理上司交的案件但在亲辖的地方府则为第一级审判机关。第三级审判机关为按察使司。按察使为裁判官掌管复审并申报徒罪（非命案者）案和审理交的案件等。第四级审判机关为总督、巡抚是地方刑名的总汇。督、抚批结按察使呈送的徒罪案件（非命案者）负责有关人命的徒罪及军、流罪案件咨部核复死罪案件定拟后具题并咨部审理刑部移咨案件和钦命案件并咨复和奏报。总督、巡抚的裁判事务独立的巡抚与总督略同受总督管辖之巡抚或并置总督与巡抚之省审判事务的上奏须总督与巡抚会奏。第五级审判机关为刑部是全国刑名的总汇。刑部的案件先由司官书稿然后经尚书1光绪《大清会典事例》卷857。
和侍郎等合议而决称为堂议。刑部审结寻常徒、流、军、遣等罪并须送大理寺复核受都察院监督审理奉旨的京控案件批结京师由五城兵马司及步军统领审判的徒罪案件死刑的案件由三法司及九卿（六部与大理寺、通政使司、都察院的长官）等会审。
死刑案件大理寺委派寺丞都察院委派御史至刑部本司会审称为会小法。狱成之后大理寺卿（或少卿）、左都御史（或左副都御史）携同属员赴刑部同刑部尚书（或侍郎）等会审称为会。定谳之后会稿题奏。旨定绞或斩立决执刑。绞或斩监候京师列入朝审直省则入秋审。
秋审和朝审是复核监候死罪犯的最高会审。秋审是复核各省监候死罪犯的会审因审期在每年秋季而得名。每年限七月十五日前直省督、抚将人犯提解省城会勘审拟情实、缓决、可矜、留养承祀者具题咨部。刑部将原案贴黄及法司勘语并督抚勘语刊刷招册进呈御览另送九卿、詹事、科道备阅。八月内在前金水桥西会同详核无异议会同将原拟具题有异议则奏上听裁。经御笔勾决者咨文直省将死刑情实人犯于霜降日后、冬至日前正法。朝审是复核刑部监候死罪犯的会审。朝审与秋审的组织和程序相同但因留候死罪犯在京所以会审时九卿、詹事、科道等入座刑部将监内应死人犯提至当堂由吏朗读其罪状及定拟节略后再核审。朝审和秋审组织周密可以减少死刑案件的失误加强皇帝对司法权的控制。皇帝行使朝审和秋审的最高审判权特别是死刑案件经朝审和秋审后由其勾决正法。
清代的特别审判机关主要有特殊行政区域的审判机关和对特殊身份人的审判机关。前者如京师和盛京。在京师笞、杖及无关罪名诉讼内城由步军统领外城由五城巡城御史审结徒以上送部重则奏交。在京大小官员犯罪实封奏闻请旨不许擅自勾问。在盛京“盛京向例将军管辖旗人奉天府府尹管理民人”1。盛京民人的田土、婚姻等普通案件由州、县自行审理旗民交涉命盗重案及军、流、徒罪案由盛京刑部审拟解部死罪报部秋审。后者如旗人案件和民族案件。
旗人的审判机关源自入关前后金社会、军事和法律基本单位的牛录牛录额真（佐领）有初级审判权。天聪五年谕令牛录额真（佐领）有权审结一般民事案件但“事有大于此者送部审理”2。入关后旗人的审判机关更臻完备京师普通旗人的案件由步军统领衙门审理笞、杖以下可自行完结内务府管辖的旗人案件由内务府慎行司审理徒罪以上移送刑部也承审奉旨交办的案件宗室、觉罗的案件归宗人府审理。
盛京旗人案件上已述及由盛京将军审理一般案件由旗自理。直省驻防旗人案件由将军和副都统审理笞、杖等罪移旗落流罪以上案件呈报审结。八旗的民事、地亩案件由户部现审处审理刑讯案件则须合同刑部进行。
民族案件的审判蒙古人案件由内外扎萨克王公、台吉、塔布囊及协理台吉承审不决再报盟长审理仍不决复报理藩院定案。罪至遣人犯报理藩院会同刑部裁决。死罪由盟长核报理藩院会同三法司奏定。在京蒙古1光绪《大清会典事例》卷861。
2《清太宗实录》卷9。
人犯死罪刑部审后会同理藩院等奏定。盛京法库以外蒙古案件乾隆二年定由盛京刑部侍郎会同该旗扎萨克等办理其人命案照例完拟具题。苗人案件由“土官将犯罪之苗解送道厅”再由“两厅会同土官审明落”1。重大案件依定例审理。此外回人、藏人的案件审判程序均与汉人有所不同不另叙述。
清代的刑罚承袭《明律》主刑为五刑即笞、杖、徒、流、死。笞刑五等十至五十（以十为差）。杖刑五等六十至一百（以十为差）。笞、杖用小竹板顺治时笞、杖以五折十康熙《现行则例》改为四折除零即笞、杖十折四板笞、杖二十以上以五板为等次折板而有零数则除削。所以笞、杖二十为五板三十为十板四十为十五板五十及六十均为二十板迄一百为四十板。徒刑五等一年至三年（以半年为差）并科以杖刑六十至一百（以十为差）。流刑三等二千里至三千里（以五百里为差）并科以杖刑皆各加杖一百。死刑二等绞与斩。五刑的笞、杖、徒、流、死共有二十等次以笞十为最轻斩为最重。主刑又称正刑其外的枷号、迁徙、充军、遣、凌迟、枭、戮尸等刑为随时所加皆非正刑。主刑之外有从刑如籍没家产刺字等。五刑的笞、杖、徒、流、死加于身体、生命是为真刑罪人以财物或官爵赎代真刑是为赎刑。清代赎刑有四即纳赎、收赎例赎、损赎。雍正三年定《纳赎诸例图》列五刑赎银数目。刑部设赎罪处专司犯人赎缓之事。
清代的监狱与明代的监狱相同狱中多监禁未决的犯人。犯人定罪后笞、杖刑罚折责后释放徒、流、军、遣定罪后配。监禁较久的为绞、斩监候犯。监狱分为内监系禁死囚外监囚禁流、徒以下犯人女监幽禁女犯。徒罪以上监内锁收杖以下散禁。
清代还有特殊监狱即旗人有高