从市民及市内文化团体、经济团体具有法定资格者中提出加倍候选人经行政院转呈国防最高会议决定。抗日战争时期部分省和重庆市设立了临时参议会。

为了加强对战区各省的管理和指导行政院于1939年7月18日颁布《战区各省省政府设置行署通则》规定：战区各省省政府认为必要时可呈请设立行署；省政府行署的驻在地及所辖区域由内政部、军政部会同有关机关拟定呈请行政院核准；省政府行署秉承省政府的命令在其所辖区域内代行省政府的职权；行署设主任1人由行政院于省政府委员中选任；行署可根据所辖区域情形酌设秘书处、政务处、警务处各处处长由行政院提请国民政府简派秉承行署主任命令掌理各项事务；行署经费由省政府核定从省库中拨付。此后战区各省在未沦陷的地区设立了一些行署。

1939年9月19日国民政府颁布实施《县各级组织纲要》实行新县制。新县制的特点是合保甲、自治与军事化管理为一体主要内容是：（1）改变县级行政机构扩大县长的职权。新县制重申裁局改科撤销公安局、财政局、教育局、建设局改设民政、财政、教育、建设、地政、军事、社会等科。设科的多少由省政府依县的等次自行决定报内政部备案。新县制规定“县为法人”“为地方自治单位”。县的财政有固定的税源由县政府统筹统支。县长在办理全县自治事项时受省政府监督但不受其指挥。（2）简化基层政权的层次加强对基层社会的控制。新县制将县、区、乡（镇）三级简化为县和乡（镇）两级面积过大或情形特殊的地方可设区署但区署只代表县政府监督指导各乡（镇）办理行政事务及自治事项不构成一级政权。乡（镇）以下实行“管、教、养、卫”合一。乡（镇）公所设民政、警卫、文化、经济等股各股主任由副乡（镇）长、乡（镇）国民兵队队副及中心学校教员担任；保办事处设民政、警卫、文化、经济干事由副保长、保国民兵队队副及国民学校教员充任。（3）设立县参议会作为县级“民意代表机关”。县参议会由每个乡（镇）民代表选举产生的议员1人和从依法成立的职业团体中选举产生的议员若干人（不得过总额的3o％）共同组成。参议员任期2年连选得连任。县参议会每3个月开会一次会期3至7天。县参议会有权议决县预算与审核县决算、县单行规章、县税、县公债及增加县库负担事项、县有财产的经营和处分事项有权建议县政兴革、听取县政府施政报告、接受人民请愿但不选举县长。（4）普遍推行保甲制度实行军事化管理。新县制规定人必归户、户必归甲、甲必归保所有民众都要编入保甲组织其中18至45岁男子编入国民兵队接受军事训练。县设国民兵司令部县长兼任司令；区和乡（镇）设国民兵队区长及乡（镇）长兼任队长。194o年1月1日国民政府通令各省一律改行新县制。由于缺乏各项专门人才和经费新县制的实施步履艰难。1943年11月16日行政院会议作出限期成立县参议会的决定。1944年各县比较普遍地设立了参议会或临时参议会。

抗战后的新行政区划及机构抗日战争胜利以后长期遭受日本侵占的东北地区和台湾省回到祖国怀抱。1945年8月29日国民政府任命陈仪为台湾省行政长官。1o月2日台湾省行政长官公署在台北设立。17日中国军队登上台湾岛。25日驻守台湾的侵华日军代表安藤利吉向陈仪递交投降书。同日陈仪表广播讲话郑重宣告：自即日起台湾及澎湖列岛已正式重入中国版图所有一切土地、人民、政事皆已置于中国主权之下。1945年9月4日国民政府将辽宁省分为辽宁、安东、辽东三省将吉林省分为吉林、松江、合江三省将黑龙江省分为黑龙江、嫩江、兴安三省分别任命了各省政府主席。1947年4月22日行政院撤销台湾省行政长官公署改设台湾省政府。6月1日海南岛设立特别行政区。5日国民政府公布新的行政区划。全国共有35个省、12个院辖市、57个省辖市、2o9个行政督察区、2o16个县、4o个设治局、1个特别行政区、1个特别地方1。新增加的院辖市包括哈尔滨市、大连市、沈阳市、汉口市、广州市、西安市。

少数民族地区的特殊管理制度对于少数民族聚居地区国民政府实行特殊的管理制度。在中央国民政府设立了蒙藏委员会专门管理蒙古和西藏事务。蒙藏委员会设委员长、副委员长各1人委员15人。在地方蒙藏委员会在北平设立办事处在海拉尔、洮南、赤峰、张家口、包头、西宁、打箭炉、库伦、恰克图、乌里雅苏台、科布多、唐努乌梁海、阿尔泰、塔城、伊犁、拉萨、扎什伦布派驻专员。专员秉承蒙藏委员会的指挥监督负责宣达中央政情、查报蒙藏情形、传递往来公文、照料公务人员等。广义的蒙古包括外蒙古。在南京国民政府1参见国民政府内政部编辑《中华民国行政区域简表》商务印书馆1947年版第4页。成立以前蒙古人民共和国已经成立但中国政府没有承认外蒙古的独立。1945年8月14日中国政府与苏联政府签订《中苏友好同盟条约》及其附件。中国政府同意于抗战胜利后在外蒙古举行公民投票如民意赞成独立则中国承认外蒙古独立。1946年1月5日国民政府表了关于外蒙古问题的公告。对于西藏国民政府进行着有效的统治。1931年5月国民会议召开时第十三世达赖喇嘛和第九世班禅额尔德尼均派代表参加。这次会议通过的《中华民国训政时期约法》明确宣布：西藏是中华民国领土。1933年12月17日第十三世达赖喇嘛圆寂藏中事务暂由司伦、噶厦负责。西藏地方政府按照惯例立即呈报中央政府。国民政府追赠达赖喇嘛为“护国弘化普慈圆觉大师”并派蒙藏委员会委员长黄慕松为专使前往拉萨致祭。1934年1月西藏司伦、噶厦及僧俗官民大会推举热振呼图克图为总摄政掌握西藏政教大权并向中央政府呈报。2月6日国民政府批准热振代摄达赖职权。对于寻觅转世灵童应遵循的办法西藏地方政府也按照规定一一呈报中央政府。194o年2月5日国民政府册封拉木登珠为第十四世达赖喇嘛。22日蒙藏委员会委员长吴忠信在拉萨布达拉宫主持了第十四