文书概由省政府秘书处总收总由主管厅处承办分别副署或会同副署签呈省政府主席判行；省政府主席总揽省务并兼任省保安司令。这样委员合议制变成了主席独裁制。1936年1o月行政院通令全国实行。在特别地方南京国民政府设市市分为特别市和普通市。1928年7月3日国民政府公布《特别市组织法》和《市组织法》。规定：特别市的设置条件是国民政府都、人口在1oo万以上的城市或有其他特殊情形的城市；普通市的设置条件是人口在3o万以上的城镇和人口在2o万以上但其所收的营业税、牌照费、土地税占该地区年总收入二分之一以上的城镇。特别市归国民政府直辖市长由国民政府任命；普通市归省政府直辖市长由省政府呈请国民政府任命。两种市的市政府均设财政、土地、社会、工务、公安5局必要时可增设卫生局、教育局、港务局；不设卫生局的市卫生事项由公安局兼管不设教育局的市教育事项由社会局兼管不设港务局的市港务事项由工务局兼管。市政府另设秘书处置秘书长1人、参事2人。市长、秘书长、各局局长和参事合组市政会议处理各项政务。193o年5月2o日国民政府修订公布《市组织法》将特别市改为行政院直辖规定都及省政府所在地不设公安局其主管事项由都警察厅或省会警察机关掌理市政府秘书长改为列席市政会议。市以下分区区设区公所置区长1人、助理员若干人。院辖市、省辖市的区长分别由市长提请内政部、省政府委任。

南京国民政府最初实行省、县两级地方政制因为各省所辖县数太多在实施中多有变通。变通的办法是合数县为一区域。如安徽实行席县长制江西采取区行政长官制江苏实行行政督察制。1932年8月行政院统一地方政制规定每省划分为若干个行政督察区各区设行政督察专员一人兼任驻在县县长并任本区保安司令。行政督察专员即以驻在县县政府为督察专员公署督察所属各县推进政务。行政督察专员是省政府派驻各地的代表本身不构成一级行政机构。

省以下辖县县设县政府。未经开的边远地区在县政府成立以前以设治局代行其职权。设治局置局长1人、佐理人员若干局长由省民政厅提出有荐任公务员资格的人选经省政府委员会议决任用。县依区域大小、事务繁简、户口及赋税多少分为三等。根据1929年6月5日国民政府修订公布的《县组织法》县政府设县长1人由省民政厅提出合格人员2至3人经省政府委员会议决任用；一等县政府下设4科二等县政府下设3科三等县政府下设2科各科科长均直属于县长。此外各县还设立直属于省政府各厅的公安局、财政局、教育局、建设局局长由省政府主管厅任免主管厅对下属局直接行文。县以下划区区置区公所设区长1人、助理员和区丁若干人区长由省民政厅从训练考试合格人员中委任。区以下辖若干乡（镇）。乡（镇）设乡（镇）公所置乡（镇）长1人由县长择任。1934年12月31日南昌行营制定《“剿匪”省份各县政府裁局改科办法大纲》规定：裁撤各县原设的公安、财政、教育、建设各局将其职掌分别归并于县政府各科；公安局撤销后增设警佐1人；科长及佐理人员概由县长遴选呈请省政府核委县政府上行下行文书均以县长名义执行。在裁局改科的同时南昌行营还制定了《“剿匪”省份各县分区设署办法大纲》规定每县划分为3至6区各区设立区署置区长1人、区员2至4人、区丁若干人；区署代行原区公所的职权区长由县长遴荐省政府委任承县长命令办理区务；区员由区长遴荐县长核委协助区长处理区务。1935年1月行政院通令全国一致遵行。

蒋介石认为乡（镇）以下的基层政权应把清查户口、兴办保甲作为施政重点。1932年8月“豫鄂皖三省剿匪总司令部”布《“剿匪”区内各县编查保甲户口条例》规定：以户为单位十户编为一甲十甲编为一保；户长由家长充任甲长由区长委任保长由县长委任；保长受区长指挥监督甲长受保长指挥监督负责维持秩序、征收税赋、训练壮丁、兴修工事等。户长必须签名加入《保甲规约》并与甲内其他户长5人以上共具《联保连坐切结》声明：“结内各户互相劝勉监视绝无通匪或纵匪情事。如有违犯者他户应即秘报惩办；倘瞻徇隐匿各户愿负连坐之责。”1保甲内凡18岁以上、45岁以下的男子均编入壮丁队接受军事政治训练平时由保长甲长率领修筑工事必要时编组武装民团协助军警“围剿”红军。归纳起来保甲制度包括“管”、“教”、“养”、“卫”四个方面。所谓“管”就是清查户口、编制门牌监视人民言行稽查来往人员强行实行连坐；所谓“教”就是制定保甲公约强令居民遵守进行奴化教育灌输反共思想；所谓“养”就是摊派捐税进行敲榨勒索养活官吏供给军队；所谓“卫”就是组织反动武装缉捕革命志士抽丁拉夫补充兵员。1934年国民政府将这套反动的保甲制度向全国推广。

抗战时期地方机构的变动抗日战争初期国民政府移驻重庆重庆改为院辖市。1938年9月26日国民政府颁布《省临时参议会组织条例》和《市临时参议会组织条例》决定设立省市临时参议会。省临时参议会设议长、副议长各1人由行政院1参见商务印书馆编辑《中华民国法规大全》第2册商务印书馆1936年版第941页。从该省参议员中遴选提请国防最高会议决定；设参议员2o至5o人其中6o％从所属各县市居民中遴选产生4o％从本省文化团体及经济团体中遴选产生；省参议员任期1年必要时可延长1年；省参议员无俸给但开会时给旅费现任官吏和国民参政会参政员不得为省参议员；省参议会6个月开会一次会期14天闭会时由参议员互选5至9人组成驻会委员会。各省临时参议会参议员的名额限定为：江苏、湖南、四川、河北、山东、河南、广东各5o人；安徽、湖北各45人；浙江、江西各4o人；山西、福建、广西、云南各35人；陕西、贵州各3o人；甘肃、辽宁、吉林、新疆各25人；察哈尔、绥远、西康、青海、宁夏、黑龙江、热河各2o人。院辖市参议会设参议员25人由市党部与市政府联席会议