民政府终审审判机关负责对民事、刑事案件的终审审判。最高法院设院长1人由司法院院长提请国民政府任命院长综理全院事务但不得指挥审判；下设民事庭4个、刑事庭4个每庭置推事5人其中1人为庭长。各庭审判时以庭长为审判长采取合议制推事参加审判和评议。1933年7月国民党中央政治会议决定扩大最高法院组织将民事庭增为5个刑事庭增为7个。此外最高法院配设检察署置检察长1人检察官7至9人。司法行政部成立于1928年11月19日掌管全国司法行政事务并对地方最高级行政长官执行本部主管事务进行指导和监督。司法行政部设部长、政务次长、常务次长各1人均由司法院院长提请国民政府任免。部长综理部务并监督所属职员和各机关次长辅助部长处理部务。下设总务、民事、刑事、监狱4司置秘书、参事、司长若干人。按照《司法行政部组织法》该部就主管事务认为各地方最高级行政长官的命令或处分违背法令或逾越权限时可请司法院院长提经国务会议议决后予以停止或撤销。公务员惩戒委员会分为中央和地方两种：中央公务员惩戒委员会成立于1931年6月9日掌管全国荐任职以上公务员和中央各官署委任职公务员的惩戒事宜。设委员长1人、委员11至17人其中6至9人简任余由现任最高法院院长及推事中简派。地方公务员惩戒委员会分设于各省和直辖市掌理各该省委任职公务员的惩戒事宜。其委员长由省高等法院或市地方法院院长兼任委员从庭长和推事中选派。委员长综理会务但不得干涉惩戒事项；审议惩戒议案时在中央应有7名以上委员、在地方应有5名以上委员出席。到抗日战争全面爆前共有23个省市设立了地方公务员惩戒委员会。行政法院成立于1933年6月23日掌管全国行政诉讼的审判事宜。所谓行政审判是指对由于中央或地方官署的违法或不当处分而损害其权利而提起的诉愿进行审判。行政法院设院长1人由司法院院长提请国民政府任命。院长综理全院事务并兼任评事；下设2个审判庭每庭置评事5人其中1人为庭长。进行审判时以庭长为审判长采取合议制评事参加审判和评议；按照规定每庭的评事中必须有2人曾担任过法官。

司法制度南京国民政府的各级司法机关均由审判和检察两个部分组成。在国民政府所在地设最高法院在各省或特别区域设高等法院在县或市设地方法院；区域狭小的县市合数县市设地方法院；区域辽阔的省、特别区域及县市设高等法院分院和地方法院分院。国民政府最初实行四级三审制。即以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为第一级地方法院为第二级高等法院为第三级最高法院为第四级；同一案件只能经过三级审判如果以地方法院简易庭、县法院、兼理司法的县政府承审员为初审则地方法院为二审、高等法院为终审如果以地方法院为初审则高等法院为二审、最高法院为终审。1932年12月28日国民政府颁布《法院组织法》改四级三审制为三级三审制。即以地方法院为第一级高等法院为第二级最高法院为第三级；凡不服地方法院一审判决的案件可上诉于高等法院不服高等法院二审判决的案件可上诉于最高法院。最高法院设置检察署高等法院和地方法院设置检察官。检察官独立行使职权其职责为：实施侦察提起公诉实行公诉协助自诉担当自诉指挥刑事裁判的执行。各级法院在执行职务时均受司法行政机关的监督。司法院院长监督最高法院院长及最高法院司法行政部部长监督高等法院及以下各级法院和分院检察长监督全国检察官高等法院席检察官监督该省或该特别区域内所有检察官。

对民事、刑事案件和“反革命案件”的审判对于民事、刑事案件和“反革命案件”的审判主要依据《民法》、《刑法》、《暂行反革命治罪法》、《危害民国紧急治罪法》。《民法》包括总则、债、物权、亲属、继承等5编共1225条。各编公布和实施的时间不同最晚的第五编于193o年12月26日公布1931年5月5日施行。民法保护地主阶级和资产阶级的各项经济利益宣布私有财产、私有土地不受侵占和侵害赋予地主和资本家自由雇佣及解雇工人的权力保护债权人的利益及高利贷制度。民法公开维护半封建的婚姻家庭制度规定男女青年在满2o岁以前订婚、结婚、离婚都须得到法定代理人的同意；在家庭中妻以夫的姓冠于本姓前面以夫的住所为住所联合财产由夫管理；子女从父姓父母得于必要范围内惩戒其子女。《刑法》于1928年3月1o日公布同年9月1日施行共3o章387条。刑法设置了7种刑罗列了34种罪。刑分为主刑和从刑主刑包括死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘役及罚金从刑包括褫夺公民权和没收财物。有期徒刑的期限一般为2个月以上、15年以下遇有加重时可加到2o年。罪主要有内乱罪、外患罪、妨害国交罪、渎职罪、妨害公务罪、妨害选举罪、妨害秩序罪、妨害风化罪、妨害婚姻及家庭罪、鸦片罪、赌博罪、杀人罪、伤害罪、堕胎罪、遗弃罪、盗窃罪、侵占罪、恐吓罪、赃物罪等。为了镇压人民革命民主运动南京国民政府在刑法规定的34种罪名以外还设立了“反革命罪”。《暂行反革命治罪法》于1928年3月9日公布同日施行共13条。其中规定：凡意愿颠覆国民党及破坏三民主义而起暴动者宣传与三民主义不相容之主义及不利于国民革命之主张者以“反革命”为目的组织团体和集会者均为“反革命”分别处以死刑、无期徒刑或1年以上有期徒刑。1931年1月31日国民政府公布《危害民国紧急治罪法》于3月1日施行同时废止《暂行反革命治罪法》。该法进一步加重了“反革命罪”的刑罚规定对以“危害民国”为目的“扰乱治安”、“煽惑军人”、“煽惑他人”、“破坏交通”者分别处以死刑、无期徒刑或1o年以上有期徒刑；对以“危害民国”为目的而组织团体或集会或宣传与三民主义不相容之主义者处以5年以上15年以下有期徒刑。

对公务员的惩戒对于公务员