启元年（1621）三月召刘宗周任礼部仪制司主事。十月入京。不久劾奏魏忠贤“导皇上驰射戏剧奉圣夫人出入自由。一举逐谏臣三人罚一人皆出中旨势将指鹿为马生杀予夺制国家大命。今东西方用兵奈何以天下委阉竖乎”。并请行明太祖铁榜之制以防止重演王振、刘瑾宦官擅权误国之祸1。疏上魏忠贤大怒熹宗责其“出位妄言好生可恶”本欲重治因阁臣叶向高力救改为廷杖六十罚俸半年。天启二年正月后金军队陷广宁举朝震恐。宗周请诛丧师失地诸臣建议急起李三才为兵部尚书并录用清议名贤丁元荐以及谏臣杨涟等人。熹宗得疏大加训责但以“语言无忌姑不究”。六月命为光禄寺丞。三年五月升尚宝司少卿九月改太仆寺少卿。此时刘宗周以“一岁三迁义难拜命”。尤其是看到魏珰与客氏“专权日甚”衣冠之祸莫测而大小臣僚又争相攀附权势置国家安危于度外。加以身患疾病遂连告三疏于十一月获准回籍调理。四年九月吏部题缺官事奉旨起宗周为通政司右通政。十月杨涟、左光斗等人相继因抨击魏忠贤被削籍。宗周以正直诸臣被逐不顾吏部行文促其赴任拜疏固辞乞继续以原官在家疗养并论魏忠贤误国之罪。次年正月熹宗斥宗周久不赴任是“藐视朝廷矫情厌世好生恣放”1第一次将其革职为民。这时正是明朝历史上宦官为祸最烈的年代大批正直有为的廷臣1《刘子全书》卷一四《修正学疏》。
2《刘子全书》卷二三。
1引文据《明史》卷二五五《刘宗周传》详见《刘子全书》卷十四《感激天恩疏》。1刘汋：刘宗周《年谱》天启五年条。
或遭杀戮或被下狱或削籍闲居阉党特务遍天下人人自危。宗周在家一方面注视着朝廷的斗争和同僚的命运对被害诸臣寄以深切的同情闻杨涟、左光斗等六人被杀作《吊六君子赋》述诸子正直之业绩数阉党矫横之涂毒；一方面自己做好随时被捕入狱的准备将儿子托付门徒把著作转寄于友人家里。天启七年八月熹宗死朱由检即位更号崇祯清除阉党起复被斥诸臣。
崇祯元年（1628）十月刘宗周任顺天府尹。其时“名为反正”实则秉权者多魏忠贤余党。为此他于崇祯二年正月以病不能任事为由乞以原官致仕不允。九月至京师视府尹事寻于会极门批评皇帝求治之心太急。皇帝因登极伊始为表示圣心宏阔虽以所论“迂阔”而不听然叹其忠亦未予惩罚。在府尹任上宗周兴学校育人材；行保甲戢奸宄；锄豪右安良善恤下户；惩贪官减赋役振风纪。同年十一月后金军队抵德胜门外京师戒严崇祯帝闻警即不视事一切章奏皆留中不报人心惶惶。宗周怀着满腔的爱国热忱上言：“国势之强弱视人心之安否”请安民、军、士、大小臣工和远近地方之心上亦要自安其心。又云：“吾守土官义当与城为存亡。”最后到午门伏阙叩曰：乞崇祯帝出御皇极门延见百僚以定人心固守城池。又请罢九门税平物价节财用；安抚入城流民立粥厂养老疾；巡视城防慰问守城军士；集士民祭于谦要求扬于谦精神誓死保卫京城。人称“刘顺天”这是对他守京城有功的最好评价。三年五月后金军队东归京师取消戒严朝廷又宴然不知后患。宗周对此十分忧虑上书曰：“法天之大者莫过于重民命”“厚民生”请省刑罚、减赋税爱惜民力直接批评崇祯帝即位以来“重典绳臣下”、“重敛责小民”1的错误做法认为这种做法难“以回厄运以巩皇图”。周延儒、温体仁见疏以其语侵内阁而大恨遂以时方天旱求雨而刘宗周称疾不修职事为借口故意激怒崇祯降旨切责。九月底刘宗周即被逐出都门时守京兆甫一载。离京之日行李萧然都人罢市而哭千余人遮道相送至十余里不去。
刘宗周既归里闲居忧王守仁之心学“杂于禅”与佛学合流乃筑证人书院“集同志讲肄”作《证人社约》十则。又著书进一步阐心性之说曰：“盈天地间皆道也而统之不外乎人心。人之所以为心者性而已矣。”“然性是一则心不得独二。天命之所在即人心之所在；人心之所在即道心之所在”。“人心、道心只是一心气质义理只是一性”。“性只是气质之性而义理者气质之本然乃能以为性也”2。认为“义理之性”与“气质之性”是统一的“天理”与“人欲”亦非对立否定了程、朱视两者为对立的观点。
崇祯八年正月明末农民起义军张献忠陷凤阳。言官劾辅温体仁入阁以来“专以繁刑厚敛为先务致民穷盗起”。崇祯帝也不得不承认“前此置相不得人”命吏部议在籍堪任阁员者。吏部尚书谢升会同廷臣举礼部左侍郎林釬、礼部尚书孙慎行以及刘宗周三人以上。诏从之并命长吏疾驰促上道。十月宗周抵京。由于承旨使范仁误传令和在文华殿召对时不合帝意加以温体仁忌之“借端以沮”而未能入阁。九年正月改为工部左侍郎。1《刘子全书》卷一五《祈天永命疏》。
2《刘子全书》卷八《中庸章说》。
二月上《痛切时艰疏》历数从前弊政“请上更调化瑟”以图“转乱为治”1。从而引起崇祯帝不满传谕内阁欲予重治。后反复再三而意稍解降旨诘问奖其清直且拟大用之。温体仁闻而惧甚于六月嗾宗周同乡许瑚上疏论短谓宗周“才谞不足而道学有余主治未获经纶之益甄士殊多砥砺之功”。崇祯帝以许属其同乡“所言如是遂不果用”2。宗周不堪侮辱连上三章恳乞回里。诏许之。七月出都门。临行遗书温体仁痛责其“罔上”、“诬下”、“卖友”、“阴挤同官”“借皇上之宠灵为驱逐异己之地”的种种罪行。是月清军自宣镇入昌平皇陵告急都城被兵。刘宗周于天津途中闻警曰：“国难崩摧非臣子接淅时”乃入津城助抚军贺世寿筹集兵粮。京师士民亦请召还刘宗周又因温体仁从中阻挠而罢。九月南行至德州疏陈时事斥崇祯帝用人失当“聚天下之小人立于朝”；温体仁左右朝政排陷异己。疏入崇祯帝恼羞成怒。温体仁更火上加油上章诋毁刘宗周。遂加重处分改成革职为民。
十一月刘宗周回到故里。始幅巾野服“亦无再仕之意”闭门著述辑《刘氏家谱》七卷定《经籍考》、《古学经》辑《古小学集记》和《古