母老坚辞。程钜夫乃曰：“诚不肯为朝廷出。中原山川之胜可无一览乎！”南北统一后北游中原风物成为当时南人很普遍的向往。吴澄于是决定辞家出游。

他是享受着应征名贤的待遇乘驿北行的。至元二十四年春他抵达大都。程钜夫又一次力图劝他入仕仍以母老辞。他留在大都不过几个月终于在年底南归。他的态度与当时羁留在大都的许多南宋遗士有殊。北方文人送别他的诗章里慨叹道：“群材方用楚一士独辞燕。”

回到抚州以后他仍然过着授徒、读书的生活差不多又是十五年。在此期间他曾到宜黄义塾教书；后应担任福建闽海道肃政廉访使的程钜夫之邀去福州访问；几次游历龙兴（今江西南昌）在当地官学开讲“听者千百多所感”。他在布水谷耕读时所校定的诸经早由程钜夫之请被元廷誊录藏国子监崇文阁以备诸生览阅。

大德五年（13o1）恰是在他居母丧服除翌年元廷诏授吴澄应奉翰林文字、登仕郎、同知制诰兼国史院编修。这时他已不能再以母老为托辞了。在写给力荐他的江南行台御史中丞董士选的信中吴澄表示了对当时儒者苟求苟得“舐痔尝粪何所不至”的厌恶情绪并希望董士选理解他“以古之贤人君子自期则其出处进退必有道矣”（《吴文正公集》卷七《复董中丞书》）。但是不顾吴澄受诏不赴次年春天元廷仍督迫邑里具驿舟“敦遣”他赴京。吴澄被迫在秋季启行十月至大都。然而在他到达京师之前吏部已将去年授予他的官职作不赴任阙处理。很可能是这一缘故吴澄抵京不久即欲归还。无奈河冻不可行拖到下一年开春才得动身。

回到江西家中第二年又有江西儒学副提举之命仍不赴。几年之间他潜心于校定邵雍著述及古《葬书》订定《老子》、《庄子》、《太元章句》等书还曾到袁州（今江西宜春）授徒。大德末年江西行省为催请他赴学职先后遣人十余次文移往复凡数十吴澄仍以疾固辞不就。

国子监传道元武宗至大元年（13o8）元廷以国子监丞之职再诏吴澄。翌年春他在殡葬去世的次子以后由江西行省遣官礼请给驿舟赴任是年6o岁。在这个年纪步入仕宦生涯无论如何是太晚了。但是吴澄是以蜚声天下的学者到国家最高学府去指导诸生。这与他以接续道统自任的本衷并不抵牾。他接受官职的主要原因恐怕也在这里。

到职以后国子学的生徒六馆“翕然归向。公清晨举烛堂上各举所疑以质问；日昃退就寓舍则执经以从。公因其才质之高下而开导诱掖之。讲论不倦每至夜分寒暑不废。一时观感而兴起者甚众”（危素《吴澄年谱》《吴文正公集》卷）。

至大二年元廷立尚书省变更钞法、经理国用。原中书右丞刘楫以阿附脱脱、三宝奴等人改授尚书右丞。刘楫尝通《尚书·洪范》、《易经》之义近进者多敷言儒术以迎合之。刘楫殊欲借吴澄之名以自重但是吴澄执意不愿与之相过从。刘楫的一个门客自谓能致之两次拜访吴澄。吴澄先以疾为辞拒绝与刘楫交往；继之则回避不见客。门客逆知终不可致“归给其人曰：‘老儒未尝骑乘堕马折臂不能来矣’。乃止”（《吴澄年谱》）。元仁宗继位后尚书省臣伏诛阿附得进者皆斥罢。吴澄升任国子司业。这时新任国子祭酒的刘赓自渭“朝廷徒以吾旧臣故自台臣来领学士。主上作新斯文之意甚重吾岂敢当。司业大儒吾犹有所质问。时不可失师不易遇诸生其勉之”。国子监教学实际上由吴澄所掌似乎使他感到一展生平抱负的机会终于来了。他参考程朱诸儒关于课读诸生的奏疏、教法、私议等斟酌去取将国子监教学内容分为经学、行实、文艺、治事四门力主以课读讲习责督诸生反对季考月试的大学积分法。但是吴澄这一套主张与国子监内大多数同列的想法颇不相合。于是有人议论纷纷称引他问学须以“尊德性”为本的观点将他划入“6学”的阵营。自南宋以来朱、6两人的门下长期“依草附木”互相攻讦。元代官学尊尚朱熹学说。指吴澄为“6氏之学”就是公开声言他不宜居国子监师儒之职。吴澄慨然于自己的意见和合者寡又不屑于自辩乃于翌年化冻后决意辞归。国子监诸生及属吏追至通州（今北京通县）河上恳留不从。朝廷遣特使止之亦不肯再留。他第一次“窃禄”为官的经历就这样结束为时尚不足三年1。元仁宗1吴澄辞职不久他的学生和同事、国子博士虞集也由于相同的舆论压力离职而去。国子监内的这场斗争皇庆元年（1312）冬吴澄回到江西老家继续著书授徒。

延祐四年（1317）由于江西行省坚请吴澄被迫同意主持恢复科举以后的第二次乡试。同年元廷又以集贤直学士聘召他入京。吴澄拜命后久病不愈遂无行意。经虞集执意敦请才在翌年五月勉强动身。行至仪真复因疾作而辞谢任命；乃令使者回京复命他自己则暂住淮南后又在建康（今南京）、江州（今江西九江）等地滞留。他的《尚书纂言》完成于羁旅建康时；在江州寓于濂溪书院南北学者从之听讲者百余人。延祐七年回到家中从学的北方学者皆随之南趋。

至治三年（1323）元英宗以翰林学士、知制诰、同修国史之职衔遣使臣到崇仁特聘吴澄。二月吴澄自家中启行正月到达大都。这时在大都庆寿寺内用泥金誊录佛经两部的制作工程已开始将近半年。七月元英宗在上都传敕命吴澄为“金书”《佛经》作序；并授意吴澄此役意图在于“一追荐列圣一祈天永命一为民祈福”。这是吴澄就新职后接受的第一道诏令。他却以生荐拔实乃“蛊惑世人”为由拒绝接元英宗旨意写序。元英宗可能来不及得到吴澄的答复就于八月初从上都回銮途中在南坡遇弑。序金书《佛经》之事也就不了了之。

这年冬天晋王也孙铁木儿即皇帝位。翌年初在大都开经筵。吴澄与中书平章张珪、国子祭酒邓文原同为讲官。今《吴文正公集》卷四四存留着一篇阐通鉴所载汉高祖约法三章的经筵讲义。在这篇讲义里吴澄开导长年出镇漠北、不谙汉地事务的泰定帝说：“大概天地的心只要生物。古来圣人为歹人