城降。所俘元将官送至应天（今江苏南京）元璋对杨左丞等曰：“王保保本一孺子承李察罕余烈骤得重权恢复山东、河南、北诸郡遽袭王爵遂萌骄纵之心岂有豪杰之见今王保保自除官职其麾下称左右丞、参政、院官不可胜数。而各处钱粮皆收入军中不供国用此与叛乱何异？名虽尊元实则跋扈。”（《明太祖实录》卷二八）这时的朱元璋已把扩廓帖木儿视为与“叛乱”无异的、专权跋扈的军阀。

至正二十八年（1368）正月朱元璋即皇帝位定国号为明建元洪武。明军北伐正按既定方针向大都逼近而元朝统治集团内部依然无止境地你争我斗。

正月元命左丞孙景益分省太原关保领兵守城。扩廓帖木儿立即遣兵进据太原尽杀朝廷所置官。二月皇太子命魏赛因不花及关保与李思齐、张良弼诸军夹攻泽州顺帝下诏削夺扩廓爵邑令诸军共诛之。扩廓自泽州退守晋宁（今山西临汾）关保据泽、潞二州与貊高合。三月明兵已至河南汴梁守将李克彝遁走洛阳。至五月明兵尽取河南察罕帖木儿之父阿鲁温以梁王金印出降。闰七月貊高、关保以兵攻扩廓于晋宁大败被俘。这时顺帝态度又一百八十度大转弯下诏称：“关保、貊高间谍构兵可依军法处治。”于是两人皆被杀。是月十九日顺帝诏罢大抚军院杀提议成立大抚军院的知大抚军院事伯颜帖木儿、李国凤等。顺帝还不自量力地作了一番军事部署：“命扩廓帖木儿仍前河南王、太傅、中书左丞相统领见部军马由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也统率大军经由东道水6并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军东出潼关攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马南出七盘、金、商克服汴洛。四道进兵掎角剿捕毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普平章（白）琐住等军东西布列乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花郡王、知院厚孙等军捍御海口藩屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马裁决庶务。”（《元史·顺帝纪》）接着顺帝即差哈完太子来督扩廓命其出援京师、勤王御敌扩廓得诏提军由晋宁向大同。有人劝阻曰：“丞相率师勤王宜出井陉口向真定（今河北正定）与河间也军合势可以遮截南军。若入云中（今山西大同）至燕京（即大都）沿途千里无乃不可乎！”扩廓曰：“我潜师由紫荆口出其不意岂不可以图胜？”其幕僚赵恒、曩元辉则曰：“朝廷开抚军院步步要杀丞相。乃要勤王我驻云中观其成败徐为计耳。”（《庚申外史》）当时元都已危在旦夕扩廓依然抱着观望态度拒不勤王。至二十八日明军势如破竹兵临大都城下当日夜半顺帝率三宫后妃、皇太子、皇太子妃及扈从官员开健德门北奔上都。八月初二明军入大都元亡。

拥兵抗明退据漠北顺帝逃奔上都后元朝残余势力仍不可忽视。扩廓帖木儿拥兵数十万屯驻山西李思齐、张思道等盘踞陕西辽阳有兵1o余万梁王把匝剌瓦尔密守云南。实力最强的当然是山西扩廓帖木儿明廷亦视其为头号劲敌。

明军占领大都后并没有立即出关追击残元因为山西扩廓帖木儿威胁不除将后患无穷。八月朱元璋命徐达、常遇春率师取山西。未几又派偏将军汤和、右副将军冯宗异（即冯国胜）增援。明军分兵两路：南路由冯宗异等率领扩廓部将平章韩札儿、毛义来攻与明将杨景战于韩店明军失利；冯宗异、汤和率师下潞州（今山西长治）。北路由徐达、常遇春率领九月下保定十月克真定元平章孙克义降。这时明军已形成对太原夹击的态势。在上都的元顺帝谋复大都心切命皇太子出屯红罗山（今辽宁兴城北）觊觎关内；为拉拢扩廓改封其为梁王仍为中书左丞相命其出兵攻大都。扩廓率军至保安拟经居庸关乘虚收复京城。徐达得知与诸将曰：“王保保率师远出太原必虚北平孙都督总六卫之师足以镇御。我与汝等乘其不备直抵太原倾其巢穴。则彼进不得战退无所依此兵法所谓批抗虚也。若彼还军求太原则已为我牵制进退失利必成擒矣。”常遇春又提出用精兵夜袭其营。明兵至太原扩廓自保安还军双方对垒列营二十余里相持3日徐达果然夜袭以扩廓部将豁鼻马为内应。扩廓仓猝不知所出匹马只鞋夜遁从者仅18骑。豁鼻马以城降。扩廓直奔大同。1明师乘胜追至大同于是猗氏、平阳、榆次、平遥、介休等地次第而下。山西尽为明军所有。时大同已为明军占领扩廓遂奔甘肃。

顺帝仍不死心继续谋复大都。至正二十九年（洪武二年1369）正月顺帝命也屯全宁（今年蒙古翁牛特旗西）拜扩廓为中书右丞相。四月明军主力攻陕甘顺帝以为有机可乘命也等南下攻大都。朱元璋急命常遇春从凤翔返北平（明改大都为北平）与副将军李文忠大败残元军队。六月顺帝见大势已去决定逃奔应昌（今年蒙古克什克腾旗西达来诺尔附近。）与此同时西线的明军也取得节节胜利。是年三月明军攻陕西。时元将李思齐据凤翔副将许国英、穆薛英等守关中张思道、孔兴、脱列伯、金牌张、龙济民、李景春等驻鹿台以保卫奉元（今西安）。明军入关后张思道、金牌张等逃至宁夏被扩廓帖木儿所执。明军轻取奉元常遇春、冯宗异下凤翔李思齐率所部十余万人西奔临洮（今属甘肃）。明军分兵攻临洮、兰州等地李思齐以临洮降甘肃大部分州县为明所有。五月徐达挥师萧关下平凉张思道弟良臣以庆阳诈降旋乘夜劫营伤明将薛显。徐达命诸将会师攻庆阳。七月扩廓命部将韩札儿破原州（今甘肃镇原）、泾州援庆阳。八月残元将贺宗哲攻凤翔脱列伯、孔兴攻大同以牵制明军脱列伯被擒孔兴逃绥德。庆阳被明军攻破良臣父子被杀。

庆阳之役后顺帝在应昌势孤力薄遂征扩廓帖木儿来援。十一月扩廓帖木儿上奏请顺帝移至和林（今蒙古乌兰巴托西南哈剌和林）勿以应昌为可恃之地。以后又多次催促但顺帝仍寄托希望于扩廓故迟疑不定。1《国初群雄事略》卷十一《河南扩廓帖木儿》引俞本《皇明纪事录》。扩廓则继续屯兵甘肃为恢复计