宗延祐元年（1314）针对权势、富商以四五百料大船驶入运河阻塞交通的弊端决定在会通河南北的沽头、临清两处设置“隘闸”以限制二百料以上、梁头阔八点五尺以上大船入闸。1《元史》卷八五《百官志》一与卷四一《顺帝纪》四记载荥阳等三十一纲“运粮三百余万石”而至正年间的两淮运使宋文瓒说世祖开会通河“岁运米至京者五百万石”我们认为这五百万石不应理解为运河的年承运数因为元代海道的年运最高数为三百余万石运河承运能力若与之相近甚至远过此数便无法理解元代漕粮以海运为主的基本事实也与前面列举的内河运输的常额相距过远。明代以内河漕运为主大运河真正挥作用亦在明永乐之后而明代运河的运载常额也只有四百万石。因此可以明确肯定的是五百万石应是包括海运在内的各运道运达大都或天津河西务的总数。2《通制条格》卷二七《杂令·拘滞车船》。
但私商“贪利”又改造减舷长船长度达八十至九十尺载重五六百料阻塞现象仍不时生因此泰定四年（1327）又于上述两处石闸下岸立“石则”以限制六十五尺以上的长船入闸。总的说来大运河凿通后“江淮、湖广、四川、海外诸番土贡粮运、商旅懋迁毕达京师”3在沟通南北交通方面起着不可取代的作用。
3《元朝名臣事略》卷二《丞相淮安忠武王》。
第二节海运早在春秋战国时期渤海至广东的沿海交通已经展开此后局部的、通贯南北沿海的交通渐趋频繁。两汉时代在今两广南部与越南境内设置了南海、郁林、交趾等七郡这七郡与北方的交通也主要取道海上。海上交通的展以造船技术与航海水平的提高为条件也与政治与经济等方面的实际需要相适应。与前代不同的是元代在东部海域实行全线通航先在漕运业中形成了以海运为主、内河运输为辅的格局。
海运线路的选择与航海技术的进步海运航线前后有三次变更：第一次航路。从至元十九年次粮运到至元二十八年新航路的开辟共沿用十年。开辟者为朱清、张瑄和罗璧航线大体是：从刘家港（今江苏太仓浏河镇）至海门黄连沙头（在今江苏启东东部海中）、万里长滩（在今江苏启东东部西南向呈长条形后来部分形成6地）经盐城（今属江苏当时濒海）历海宁府（治今江苏连云港西南）界可至莺游山（今连云港东北东西连岛）下入山东境由密州（治今诸城）入胶州（治今胶县）界放灵山洋（今青岛南、胶南以东海面）北至浮山（青岛附近）、劳山（青岛东北崂山）、福山（崂山县东）沿海岸达延真岛（今山东荣成沿津岛）东北转过成山（在今荣成成山角）最后进入天津界河口。该航线沿海岸航行迂回曲折“委实水路艰难深为繁重”航期长达两个多月。
第二次航路。至元二十九年由朱清聘请长兴（属今浙江）李福四“押运指引”路线是：从刘家港开洋转过撑脚沙（在今江苏常熟璜泾北江中）至三沙洋子江（在今江苏崇明西北后来大部分形成6地）东北至扁担沙大洪（今启东东南今已成6地）、万里长滩再往东北一千里至清水洋（在北纬34°、东经122°一带）、黑水洋（东经123°以东一带）过黑水洋可见延真岛。西北至成山与刘岛（今山东威海东刘公岛）、芝罘岛（在今山东烟台北）诸岛进入天津界河。该航道从万里长滩到成山一段取远海航行线路较为径直。一路便风半月可达目的地；风水不便仍需一个月或四十天以上。
第三次航路。至元三十年开辟从刘家港出过黄连沙转西东北取道成山“亦为不便”故“继为千户殷明略踏开生路”。这条新航道是：从刘家港出至崇明三沙东行入黑水大洋至成山以下大致与至元二十九年新航路同。航船至崇明三沙后即避开万里长滩直入黑水洋取远海航行顺风十日即可驶达。此后海运均取这条航道。
除上述主航道之外在福建至浙江、山东半岛或天津直沽至辽东、高丽之间还有一些海上支线1起运港口另有白茆港（在今江苏常熟市东北九十里）、庆元烈港（今浙江宁波市沥港）和福建长乐港（在今福建长乐县东）。元代海运江南粮分春、夏二运。新航道开辟前一般是正月集粮二月起航四月达直沽五月返航运夏粮八月返港。改道后航期缩短一般是三月起运。
在长达万里的运输线上水文地理比较复杂气候变幻莫测困难险阻不言而喻。为求得安全元人特别寄幻想于海神（天妃）但最实际的还是“高价召募惯熟梢工使司其事”。船工或“凭针路定向行船”或“夜对紫微星直上”。这些“惯熟梢工”和水手在几十年的航海实践中积累了一些宝贵的经验这些经验归纳起来有以下几个方面：一是“仰观天象以卜明晦”即利用风雨雷电和日象对海洋气象和潮汐规律进行预测预报并编成口诀供船员记诵内容有“潮汐”、“风信”、“观象”等目“虽是俗说屡验皆应”。二是对中国东部海域水文地理进行了较详尽的勘察记录。其中如对避风港的选择、“点篙”以测沙礁的技术等等充分显示了水手们的聪明才智。三是确立港口导航制。至大四年（1311）十二月常熟州船户苏显与“老旧运粮千户”殷忠显、黄忠翊等鉴于刘家港北沙浅水暗提出导航方案：由苏显备私船两只作为号船“抛泊西暗沙嘴两处树立旗缨指领粮船出浅”并画榜晓示要求粮船于号船两边绕过观旗缨决定行止。江阴州夏港、陈沟等处也有浅沙暗礁延祐元年（1314）七月由江阴船户袁源、汤玙如上法指挥为船只的进出提供了方便。
海运的管理元代海运管理机构的建置相当完备它分为接运与海运两个系统（接运系统详下节）。海运机构建立的情况较为复杂它经历了设置、改善与确立三个过程：设置阶段（约从至元二十年到至元二十八年）。至元二十年次海运成功元王朝开始设立两所万户府朱清、张瑄分别任中万户和千户。至元二十四年因海运地位提高始立行泉府司“专领海运”又增设两个万户府。四年后由于行泉府司掌管者劣迹败露四万户府削减为以朱、张为的两所“海道都漕运万户府”。二