由联军大举攻陷广州，俘获叶名琛。此一战役始告一段落。计自1856年10月到1857年11月止，前后长达年余之久。值得注意的是，在此期间，英美两国都曾对于台湾发生兴趣。西马拟派人赴台调查，美使伯驾(Peter Parker)亦拟梁指，因之特为照会包令，表示反对，其事遂告终止。[13]
第二个阶段是大沽口之役：广州失守后，英方为了对清廷直接施加压力，于是乃决定挥军北上前往白河口，威胁北京的门户。由新任的英使额尔金(James B. Elgin)会同法使葛罗(B. Gros)组成联军。从双方所出动的兵力来看，可知英军比较法军占有优势。英船15艘、法船11艘，英炮192门、法炮164门，英军2088人、法军1000人。故知此次战役的主力仍由西马负责指挥。由下表即可知英法联军兵力的概况。[14]
国别舰名舰类火炮(门)舰员马力(力匹)
英国舰
队加尔各答号帆舰84720
煽动号快速帆舰40270
愤怒号明轮蒸汽护卫舰6220400
纳姆罗号蒸汽炮舰6120180
鸬鹚号蒸汽炮舰898200
瑟普莱斯号蒸汽炮舰898200
富利号明轮恭汽炮舰8160515
克罗曼德尔号明轮蒸汽炮舰560150
期莱尼号蒸汽浅水炮艇54880
莱文号蒸汽浅水炮艇54880
鸨号蒸汽浅永炮艇34860
负鼠号蒸汽浅水炮艇34860
坚固号‘蒸汽浅永炮艇34860
弗姆号蒸汽浅水炮艇34860
海斯坡号蒸汽供应舰554120
国别舰名舰类火炮(门)舰员马力(力匹)
法国舰
队复仇者号快速帆舰50
果敢号快速帆舰50
普利姆盖号蒸汽炮舰8
弗勒格顿号蒸汽炮舰8
监禁号蒸汽炮舰12
梅耳瑟号蒸汽炮舰12
雪崩号蒸汽浅水炮舰6
霰弹号蒸汽浅炮舰6
火箭号蒸汽浅水炮舰6
龙骑兵号蒸汽浅水炮舰6
雷尼号轮船(租用)
资料来源：采自戚其章《晚清海军与衰史》页66-67。
英法皆为西方资本主义国家的海上强权。此一战役出动如此庞大的兵力，自非封建落后的中国海军之所能抵挡，实可以说第二次鸦片战争是一场“不对称的战争”。而且实际上也没有海战发生，甚至连原先由西马与法国提督所拟妥的“攻击大沽炮台计划”都派不上用场。因为在大沽口仅有有守军9000人、大炮30尊、英法联军仅以斯莱尼号(Staney)及鸬鹚号t)等六船，花费二小时，即在五月二十日将之全部占领。接着又占领天津，并胁迫中国政府与之议和。继鸦片战筝15年之后，中国再度地与之订立了丧权辱国的“天津条约”。有意思的是，由于西马与额尔金二人的不睦，双方曾在英国政府里互控而引起一激烈的辩论。尽管其后香港的商会对西马大为颂扬，并且致以酬金，但额尔金却对之深为不快。[15]
英法联军之役，于1858年大沽一战之后一波三折，至1959年6月，因换约问题，于大沽口再度发生冲突。此时英使已由额尔金易为其弟普鲁斯(Freder)取代葛罗。另外，“中国舰队”司令英国海军提督西马也换成了何伯(James Hope)。这一次英国所出动的兵力计有战舰20艘、大炮174门、官兵2000人；法国则有军舰2艘、大炮50门、官兵数百人，故战争的主力军仍在英方。
6月24日，英法联军驶抵大沽。因不顾中方守将的警告，强行由大沽登陆，双方遂发生冲突。6月25日上午10时，英军派船11艘、法军兵船1艘开始军事行动，各舰依次为：“欧掠鸟号”、“杰纽斯号”、“鸻鸟号”、“鸬鹚号”、“庇护号”、“茶隼号”、“巴特勒号”“纳姆斯号”、“负鼠号”、“佛里斯特号”。“高飞号”。由于大沽口内水浅，仅能以较小的炮艇作为先锋，由“负鼠号”(Sposum)领先、“鸻鸟号”(Plover)、旗舰“鸬鹚号”t)及庇护号(Pique)与高飞号(High fly)等继之。因不知此时中方守将僧格林沁已将大沽炮台暗为增强，加以英军轻敌深入。双方经过激烈的炮战之后，英军大为失利。军舰5艘沉没、6艘重创、2艘被俘、官兵死伤500余人，而海军提督何伯腿部亦受伤。这是自鸦片战争以来，中国对英国作战罕有的胜利，也是英军所遭遇的一次沉重打击。[16]
兹将此次战役英、法两军所派船舰列表如下：
资料来源：戚兵章《晚清海平兴哀史》页80。
国别舰名舰类火炮(门)舰员马力(力匹)
英国舰
队切撒皮克号蒸汽巡洋舰51520400
高飞号蒸汽护卫舰21240250
巡洋号蒸汽炮舰1616560
魔术师号蒸汽炮舰16220400
纳罗姆号蒸汽炮舰6120180
鸬鹚号蒸汽炮舰898200
富利号明轮蒸汽炮舰8160515
科罗曼德尔号明轮蒸汽炮舰560150
负鼠号浅水蒸汽炮艇54880
阿尔及林号浅水蒸汽炮艇3
庇护号浅水蒸汽炮艇3
巴特勒号浅水蒸汽炮艇3
佛里斯特号浅水蒸汽炮艇3
鸻鸟号浅水蒸汽炮艇3
欧掠鸟号浅水蒸汽炮艇3
杰纽斯号浅水蒸汽炮艇3
茶隼号浅水蒸汽炮艇3
高贵号浅水蒸汽炮艇3
协助号蒸汽运兵船6118400
海斯坡号蒸汽供应舰554120
法国迪歇拉号蒸汽巡洋舰50
舰队诺尔札加拉号浅水蒸汽炮艇
为了对华报复，英、法联军于1860年三度北上，领军的公使再度易将，仍由额尔金与葛罗回任。英军方面除海军提督何伯之外，又增加了陆军提督葛兰忒(J. Hope Grant)作为全军的最高统帅。这次的规模更为庞大，仅英国即派步骑炮兵一万余名，海军战船70艘，运输船只143艘。法国则派陆军7000人，总计有18000人。举凡新式的阿模士庄大炮(new Armstrong guns)及新式的辎重车队(new military train)均全为出动[17]。分由烟台(法军)和大连(英军)出发，于大沽口之外会合。8月1日，英法两军在毫无抵抗之下登陆。14日陷唐沽，21日陷大沽，23日陷大津，10月13日占领北京。一路势如破竹，清政府只得完全屈服与之订立“北京续约”，而使侵略者饱获一切。此时北方大熊俄国则利用此一良机趁火打劫。除得到通商以及外交等特权外，且侵占中国黑龙江以东及以北的大片土地。比起英、法、美更形凶恶与狡诈。
五、“中国舰队”在“云南事件”交涉时期的作用
英法联军之役的同时，适以太平军之乱方殷，英法于战争结束后，最初尚保持中立，及于1860年间，从清政府方面获取许多利益，为确保其通商，乃转而对清廷加以支持。英国之“中国舰队”司令海军提督何伯为保护上海及其周围地区贸易安全，乃决定与清军配合协同作战，长达年余之久。表面上看来，英国对华政策似乎有了转变，表现友好。实则其一切的作为乃在维护英国自身的利益。不意，双方相安无事之后的数年，又因“云南事件”引发中英之间的轩然大波。
云南事件(Yunan Case)发生于1875年(光绪元年)2月21日，因为英国翻译员马嘉理(Augustus R. Margary)在云南被杀，故又称为“马嘉理事件”(Margary Case)，此次为英国的探测队由缅入滇、英方原本即含有阴谋，故为云南当局所不欢迎，因而有此一不幸事件之发生。