辟雍之礼令宣陵孝子为太子舍人者一律改为丞尉以及置鸿都门学等。但是对于涉及吏制弊端的问题灵帝并未触动因此问题依然如故。

当时灾异多次出现吏民惊忧。光和元年（公元178年）七月诏蔡邕与光禄大夫杨赐、谏议大夫马日bsp;等人引入崇德殿使宦官曹节、王甫询问灾异产生的原因以及清解的办法。蔡邕认真作了回答。皇帝又特诏要他不必顾虑“指陈政要”封好上奏。蔡邕说天对于汉朝非常关怀“故屡出妖变以当谴责欲令人君感悟改危即安”。现在生灾害主要原因在“寺署”（指宦官）这是老天给予的监戒。还有一些灾异是“妇人干政”、“小人在位”的“天戒”。对付的办法只有“忍而绝之”意即解决宦官专权、妇人干政等问题才是报答“天望”的切实措施。末了他还要求皇帝保密泄密则有“杀身之祸”。灵帝看了奏章而叹息因起更衣。宦官曹节在后偷看了奏章并泄露了出去。一些仇家便伺机报复。

蔡邕与司徒刘邰原有矛盾。其叔蔡质与将作大匠杨球也有矛盾。杨球是中常侍程璜的女婿程璜使人飞章诬告蔡邕、蔡质多次以私事“请托”于刘邰邰不听蔡邕怀恨在心便企图中伤之。灵帝得书令尚书召蔡邕诘问。蔡邕上书陈述情况：我与刘邰本有宿怨错在对方我父子（指叔父蔡质与己）本无伤陷对方之事竟然出现谤书应当以我之言与刘邰“参验”以澄清是非。实际上问题出在我上次的奏章中“讥刺公卿内及宠臣”招来了诽谤。请灵帝主持正义否则“言者不蒙延纳之福旋被陷破之祸”。再者这事与我叔父蔡质无关不当株连于他。我年已四十六孤特一身忠言而死“死有余荣”。灵帝昏愦无能。蔡邕及蔡质还是被关进洛阳牢狱被劾为“仇怨奉公议害大臣”定了“大不敬”之罪弃市。

案件报告皇帝。中常侍吕强觉得蔡邕无罪为其说情灵帝也想起以往的奏章下诏“减一等与家属徙朔方不得以赦令除”即流放朔方而不能再赦免了。杨球收买刺客令追杀蔡邕于路途。刺客为蔡邕的忠义所感动不肯下手。杨球又贿赂其部主毒杀蔡邕而受贿者反以其情告诫蔡邕要严加防范。因此蔡邕幸免于难徙居于五原安阳县。次年大赦灵帝改变“不得以赦令除”的诏令宽宥蔡邕还归本郡（陈留郡）。

蔡邕在五原安阳县服刑九个月将还五原太守王智为他饯行。王智乃宦官王甫之弟。酒酣王智起舞对蔡邕劝诵蔡邕却不予理睬。王智在宾客前感到失了脸面恼羞成怒骂蔡邕道：“徒敢轻我！”蔡邕拂衣而去。王智记恨在心密告蔡邕“怨于囚放谤讪朝廷”。宦官更加“恶之”。蔡邕为了避祸乃“亡命江海远迹吴会”。在吴度过了十二年。

跟董卓的关系中平六年（公元189年）灵帝卒董卓为司空。董卓想借蔡邕的名气巩固地位征他入朝。蔡邕称病不出。董卓大怒骂说：“我力能族人蔡邕遂偃蹇者不旋踵矣。”又令州郡催蔡邕行。蔡邕不得已应征拜为祭酒“甚见敬重”。继而补侍御史又转为侍书御史迁尚书。“三日之间周历三台”。不久迁为巴郡太守复留为侍中。初平元年（公元19o年）拜蔡邕为左中郎将随献帝迁都长安封为高阳乡侯。

董卓的宾客部曲欲推崇董卓比姜太公称为“尚父”。蔡邕说：姜太公辅周翦商故特为其号。你威德“诚为巍巍”然还不可称尚父要等到关东平定车驾还返旧京洛阳然后才议尊号。董卓接受了他的意见。当时关东以袁绍为的反董势力很强蔡邕之言实是反对尊董卓为“尚父”的托词。初平二年（公元191年）六月蔡邕借董卓问及地震答道：地动者“阴盛侵阳”乃“臣下逾制”所致并指出董卓车舆僭越的事实。董卓于是改乘“皂盖车”。蔡邕的诸多建议在一定程度上遏制了董卓的权欲。蔡邕虽然很受董卓器重并想借此提出有益时政的建议。但董卓刚愎自用蔡邕恨他很少听取意见对从弟蔡谷说：“董公性刚而遂非终难济也。”表示想脱离董卓而东去以待时机。蔡谷说他状貌异常很难瞒过众人。蔡邕只好作罢。

董卓被诛时蔡邕在司徒王允处不经意地叹息形之于色。王允勃然斥之说：董卓乃“国之大贼”你受其“私遇”而忘大节岂不是一路货色。即收付廷尉治罪。蔡邕表示愿受刑得以“继成汉史”。士大夫为其说情太尉马日bsp;也劝王允勿失人望。王允说：“昔武帝不杀司马迁使作谤书流于后世。方今国祚中衰神器不固不可令佞臣执笔在幼主左右。既无益圣德复使吾党蒙其讪议。”蔡邕遂死于狱中时年六十一。

善音律能文章有志于汉史蔡邕博学多才他善音律能碑传文字有志于续修汉史。蔡邕善弹琴还能制作琴深知琴音。他逃难于吴时听到吴人烧桐炊饭的火烈声知道是良木乃以桐木制琴果然出美妙之音而琴尾犹焦故时人称为“焦尾琴”。他在家乡时应邻人之召去饮酒到达时乡人已酒酣听到屏后弹琴之声仔细听之觉得琴音有“杀心”便返回家去。主人得知蔡邕至门而去便向蔡邕追问何故。蔡邕说了原因众人觉得奇怪。弹琴者说：我鼓琴时见螳螂方向鸣蝉蝉将去而未飞螳螂为之一前一却我唯恐螳螂受害这可能就是“杀心”形之于声吧？蔡邕莞然而笑说：这就是了。

桓帝时宦官徐璜、左悺等五侯专权恣肆听说蔡邕善于弹琴以皇帝的名义令陈留太守督促蔡邕到京师。蔡邕不得已行至偃师称病而归“闲居玩古不交当世”。

蔡邕著述很多“所著诗、赋、碑、诔、铭、赞、连珠、箴、吊、论议、《独断》、《劝学》、《释诲》、《叙乐》、《女训》、《篆埶》、祝文、章表、书记凡百四篇传于世”。其中《释海》是蔡邕仕宦前的作品其宗旨是“斟酌群言韪其是而矫其非”表达“贫而不耻”的思想标榜淡于名利的清高品格。《释诲》体现了蔡邕早期的思想状态。

传世的《蔡中郎文集》保留了蔡邕七十余篇作品其中多数是碑铭。碑铭虽然有歌功颂德的成份但它的史料价值却很高个碑传所传记的一些人《后汉书》颇缺其传故碑又成了独一无整二的史料。碑文中的得意之作是《郭林宗碑》。蔡邕在碑文中称郭林宗“砥节励行直道正辞贞固足以干事隐括足以矫时”。他曾对友人卢植说：“吾为