痛斥袁世凯是毁弃民元约法的罪魁是凭借武力的野心家主张用武力保卫辛亥革命的成果。
讨袁军事行动失败后蔡元培于当年1o月到达法国从事学术研究。1916年3月蔡元培等与法国政界、教育界的知名人士起组织华法教育会蔡任中方会长欧乐任法方会长。华法教育会是中法文化交流的总部它主要做了两件事：一是从国内招收大批华工并为他们开办华工学校；二是展留法勤工俭学会组织无力出国求学的青年以半工半读方式到法国留学。后这项工作在国内产生了很大影响形成了相当广泛的群众运动一时赴法勤工俭学者达千人。其中许多人在勤工俭学中接受了马克思主义后来成为中国共产党的著名领袖和优秀干部。
1917年1月在教育总长范源濂的敦请下蔡元培就任北京大学校长。
原来的北京大学是一座封建思想浓厚、官僚积习很深、校政腐败的学府许多学生把上大学作为升官财的阶梯对研究问题并无兴趣；教员中不少人不学无术吃饭混日子。因此学校被人称为“官僚养成所”。蔡元培上任后先对北京大学的校风进行整顿。他到校第一天校役们列队在门口恭候并向他行礼表示欢迎他立即脱下礼帽向校役们鞠躬还礼。历任北大校长都是由总统任命的特任官他们出入校门是从不理睬校役的。蔡元培的民主作风和平等待人精神在北大师生和校役中引起强烈反响。他和学生之间的关系也很融洽师生之间常有文字交往研讨学术因此深受青年学生的景仰。他注重改变学生中普遍存在的旧观念教育学生“当以研究学术为天职不当以大学为升官财之阶梯”。他衡量教员和学生优劣的标准是学问的有无好坏不是地位的高低和家庭的贫富。
蔡元培深知办好一所大学激学生研究学问的兴趣必须拥有一支积学而热心的教师队伍。为此他聘请了陈独秀、李大钊、胡适、钱玄同、刘半农、鲁迅、杨昌济、马寅初、马叙伦等著名学者来校任教。这些具有革新思想的学者到校后成为蔡元培整顿和改革北京大学的重要力量。
为了鼓励和提倡学术研究引导学生参加各种有益的社会活动在蔡元培的组织和支持下各种学术团体和群众团体相继成立。如新闻、音乐、画法、书法、体育等研究会以及新潮、国民、平民讲演团消费公社等社团。蔡元培目睹许多学生无意于学术研究却醉心于运动官吏议员从中感到公民道德教育的重要。为此他起组织进德会以不嫖、不赌、不纳妾、不做官、不当议员、不吸烟、不饮酒等为戒规以提倡培养个人高尚道德为宗旨。该会的出现反映了当时进步知识分子对社会道德堕落的不满对北大部分师生中道德风尚的扭转产生过积极的影响。
蔡元培认为大学是“囊括大典网罗众家”的学府因此他在北京大学提出了“思想自由”、“兼容并包”的方针。后来他总结他在教育界的经验时说：“我对于各家学说依各国大学通例循思想自由原则兼容并包。无论何种学派苟其言之成理持之有故尚不达自然淘汰之命运即使彼此相反也听他们自由展。”1从这种办学方针出蔡元培聘请教员不拘1《宇宙风》第56期1938年1月1日。
一格唯才是用即只问学问、能力不问思想派别不求全责备不以个人政治倾向作为取舍的标准。“圆通广大兼容并包”当然并不是无原则的调和折中而是鼓励向封建主义作斗争。因为旧思想旧文化在北京大学仍占统治地位充斥各个学科新思想新文化被视为“异端邪说”。因此提倡“兼容并包”的方针正是为了打破旧思想旧文化专制主义的桎梏为新思想新文化的展创造有利条件。
蔡元培对北京大学的体制进行了改革。他调整科系及课程设置扩充文理两科。鉴于文理分科的流弊力主文理沟通主张废去年级制采用选科制。选科制的实行提高了学生学习的兴趣挥了他们的主动性和积极性有利于人才的培养。在行政领导体制上设立了校评议会实行教授治校和民主管理。学校的重要事项必须经过评议会审核通过才能付诸执行。北京大学经过蔡元培的整顿革新面貌为之改观不仅为当代中国大学教育树立了新的楷模而且促进了知识界思想的转变。在青年学生中掀起追求民主和真理的热潮北京大学因而也就成了五四运动的摇篮。
蔡元培是五四新文化运动的一位倡导者。初期的新文化运动以民主与科学为两大口号蔡元培是这两大口号的积极宣传者。他反对尊孔迷信认为守旧派“定孔教为国教”的主张背离了思想和信仰自由的原则因而是十分荒谬的。他抨击几千年来封建专制思想持一孔之论、守一家之言“于相对世界持绝对主义执一而排他”给我国的文化教育事业造成严重危害。他说：“欧化优点即在事事以科学为基础。生活的改良社会的改造甚而至于艺术的创作无不随科学的进步而进步。”1他要求大学生当以研究学术为天职希望学生立志展科学文化事业使中国加入“世界学术之林”。俄国十月革命的胜利和第一次世界大战的结束在中国思想界产生强烈反响。1918年11月蔡元培在庆祝欧战胜利大会上作了题为《劳工神圣》的讲演。他声情并茂地说：“我们要自己认识劳工的价值。劳工神圣！此后的世界全是劳工的世界啊！”2这里他所说的劳工是泛指各种劳动者不单指工人即“凡用自己的劳力作成有益他人的事业不管他用的是体力、是脑力都是劳工”。3这个口号的提出反映了在新的历史条件下知识分子对工人阶级力量的新认识。“劳工神圣”在当时成为一句时髦的口号产生了广泛的影响。
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蔡元培主张教育平等极力提倡平民教育。他支持学生成立平民教育讲演团赞助他们走出校门去为劳苦大众服务。192o年平民教育讲演团在长辛店创办劳动补习学校。1922年北京大学开始规定五一劳动节放假蔡元培以校长名义出布告：“本日为精神劳动