任职以上文官和上校以上武官而荐任职以上文官和上尉以上武官也由五院院长或总统府秘书长、参军长呈请总统批准任免所以总统府人事处兼管全国各类人才的调查、考核与登记。总统府设立后原归国民政府直辖的国立中央研究院、国史馆、国父陵园管理委员会、战略顾问委员会、稽勋委员会、“勘乱建国动员委员会”改隶总统府政务官惩戒委员会、国民大会筹备委员会、国民大会代表选举总事务所撤销。总统府的正式编制为946人加上工人及杂役达15oo多人。

在总统制下立法院在名义上仍是国家最高立法机关。依照宪法立法院应由人民选举立法委员组成有议决法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项的权力。立法委员的名额分配如下：人口在3oo万以下的省和院辖市各选出5人人口过3oo万者每增加1oo万增选1人；蒙古各盟旗选出22人西藏选出15人；蒙古、西藏以外的边疆民族地区选出6人；国外华侨选出19人；职业团体选出84人。除现行犯外非经立法院同意司法机关不得逮捕或拘禁立法委员。立法委员任期3年连选得连任。立法院设院长、副院长各1人由立法委员互选产生；立法院正副院长和委员合组立法院会议以院长为主席每年召集两次。立法院下设内政及地方自治、外交、国防、经济及资源、财政金融、预算、教育文化、农林及水利、交通、社会、劳工、地政、卫生、边政、侨务、海事、粮政、民法、刑法、商事法、法制等21个委员会。每个委员会设专职委员1至3人委员若干人由立法委员分任。1948年5月8日新的立法院成立有立法委员773人孙科任立法院院长。

在总统制下行政院有条件地对立法院负责。行政院院长由总统提名、经立法院同意任命；在立法院休会期间行政院院长辞职或出缺时由行政院副院长代理其职务但总统须于4o日内咨请立法院召集会议提出行政院院长人选征求同意；行政院副院长、各部各委员会长及不管部会的政务委员由行政院院长提请总统任命。行政院有向立法院提出施政方针的责任立法委员在开会时有向行政院院长及行政院各部、各委员会长质询的权力。行政院下设内政、外交、国防、财政、教育、司法行政、农林、工商、交通、社会、水利、地政、卫生、粮食、主计15部和资源、蒙藏、侨务3个委员会及新闻局。行政院各部、各委员会长均为政务委员另设不管部会的政务委员5至7人。行政院正副院长和政务委员合组行政院会议以院长为主席议决拟提交立法院的法律案、预算案、戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项。在每个会计年度开始前3个月行政院应将下个年度预算案提交立法院；并于每个会计年度结束后4个月内向监察院提出决算。1948年6月1日行政院改组成立有政务委员23人翁文灏任行政院院长。

在总统制下司法院是国家最高司法机关。司法院掌管民事、刑事、行政诉讼的审判及公务员的惩戒负责解释宪法并有统一解释法律及命令的职权。司法院设院长、副院长各1人官17人均由总统提名、经监察院同意任命。司法院设官会议由官组成以院长为主席行使解释宪法并统一解释法律及命令的职权。司法院下设最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会、特种刑事法庭。特种刑事法庭是依据1947年12月23日颁布实施的《“勘乱”时期危害国家紧急治罪条例》设立的审判机构负责审判该条例认定的支持“匪徒”、妨害“戡乱”案件。特种刑事法庭分为中央和高等两种。高等特种刑事法庭分设于上海、北平、汉口、广州等地负责初审案件；中央特种刑事法庭设于南京负责复判案件。1948年7月24日司法院改组成立王宠惠任司法院院长。

在总统制下考试院是国家最高考试机关。考试院掌管考试、任用、铨叙、考绩、级俸、升迁、保障、褒奖、抚恤、退休、养老等事项并有权就所掌管事项向立法院提出法律案。考试院设院长、副院长各1人考试委员19人均由总统提名、经监察院同意任命。考试院下设考选部和铨叙部。1948年7月17日考试院通过《考试法》。规定：公务人员任用资格考试和专门技术人员执业资格考试分为普通考试、高等考试两种遇有特殊情形时可举行特种考试；凡公立或立案私立中等学校毕业者、经普通检定考试及格者可参加普通考试凡公立或立案私立专科以上学校毕业者、经高等检定考试及格者可参加高等考试；考试以笔试、口试、测验或实地考试方式进行考试合格者由考试院给证书。7月24日考试院改组成立张伯苓任考试院院长。

在总统制下监察院是国家最高监察机关。监察院依法行使同意、弹劾、纠举、审计权。监察委员的名额分配如下：每省选出5人每直辖市选出2人蒙古各盟旗选出8人西藏选出8人国外华侨选出8人。监察委员不得兼任其他公职或执行业务任期6年连选得连任。监察院设院长、副院长各1人由监察委员互选产生；监察院正副院长和委员合组监察院会议以院长为主席行使各项职权。监察院行使同意权时须有出席委员过半数的赞同方能通过；监察院对于中央及地方各级公务人员认为有失职或违法情形时可提出纠举案或弹劾案其中弹劾案的提出须有监察委员1人以上提议、9人以上审查通过；监察院对于总统、副总统提出弹劾案须有全体监察委员四分之一以上提议、全体监察委员过半数审查通过始得向国民大会提出。监察院下设若干委员会和审计部。各委员会分别负责监察行政院及其各部、各委员会的工作如有违法失职情形经调查核实后可提出纠举案由监察院移送行政院促其改正。审计部设审计长1人由总统提名、经立法院同意任命。行政院向监察院提出决算后审计长应在3个月内依法完成审计并向立法院提交审核报告。1948年6月5日新的监察院成立共有监察委员223人于右任继续担任监察院院长。

按照《中华民国宪法》中央与地方分权地方实行自治。但是直到国民党统治