区长由省民政厅从训练考试合格人员中委任。区以下辖若干乡（镇）。乡（镇）设乡（镇）公所置乡（镇）长1人由县长择任。1934年12月31日南昌行营制定《“剿匪”省份各县政府裁局改科办法大纲》规定：裁撤各县原设的公安、财政、教育、建设各局将其职掌分别归并于县政府各科；公安局撤销后增设警佐1人；科长及佐理人员概由县长遴选呈请省政府核委县政府上行下行文书均以县长名义执行。在裁局改科的同时南昌行营还制定了《“剿匪”省份各县分区设署办法大纲》规定每县划分为3至6区各区设立区署置区长1人、区员2至4人、区丁若干人；区署代行原区公所的职权区长由县长遴荐省政府委任承县长命令办理区务；区员由区长遴荐县长核委协助区长处理区务。1935年1月行政院通令全国一致遵行。

蒋介石认为乡（镇）以下的基层政权应把清查户口、兴办保甲作为施政重点。1932年8月“豫鄂皖三省剿匪总司令部”布《“剿匪”区内各县编查保甲户口条例》规定：以户为单位十户编为一甲十甲编为一保；户长由家长充任甲长由区长委任保长由县长委任；保长受区长指挥监督甲长受保长指挥监督负责维持秩序、征收税赋、训练壮丁、兴修工事等。户长必须签名加入《保甲规约》并与甲内其他户长5人以上共具《联保连坐切结》声明：“结内各户互相劝勉监视绝无通匪或纵匪情事。如有违犯者他户应即秘报惩办；倘瞻徇隐匿各户愿负连坐之责。”1保甲内凡18岁以上、45岁以下的男子均编入壮丁队接受军事政治训练平时由保长甲长率领修筑工事必要时编组武装民团协助军警“围剿”红军。归纳起来保甲制度包括“管”、“教”、“养”、“卫”四个方面。所谓“管”就是清查户口、编制门牌监视人民言行稽查来往人员强行实行连坐；所谓“教”就是制定保甲公约强令居民遵守进行奴化教育灌输思想；所谓“养”就是摊派捐税进行敲榨勒索养活官吏供给军队；所谓“卫”就是组织反动武装缉捕革命志士抽丁拉夫补充兵员。1934年国民政府将这套反动的保甲制度向全国推广。

抗战时期地方机构的变动抗日战争初期国民政府移驻重庆重庆改为院辖市。1938年9月26日国民政府颁布《省临时参议会组织条例》和《市临时参议会组织条例》决定设立省市临时参议会。省临时参议会设议长、副议长各1人由行政院1参见商务印书馆编辑《中华民国法规大全》第2册商务印书馆1936年版第941页。从该省参议员中遴选提请国防最高会议决定；设参议员2o至5o人其中6o％从所属各县市居民中遴选产生4o％从本省文化团体及经济团体中遴选产生；省参议员任期1年必要时可延长1年；省参议员无俸给但开会时给旅费现任官吏和国民参政会参政员不得为省参议员；省参议会6个月开会一次会期14天闭会时由参议员互选5至9人组成驻会委员会。各省临时参议会参议员的名额限定为：江苏、湖南、四川、河北、山东、河南、广东各5o人；安徽、湖北各45人；浙江、江西各4o人；山西、福建、广西、云南各35人；陕西、贵州各3o人；甘肃、辽宁、吉林、新疆各25人；察哈尔、绥远、西康、青海、宁夏、黑龙江、热河各2o人。院辖市参议会设参议员25人由市党部与市政府联席会议从市民及市内文化团体、经济团体具有法定资格者中提出加倍候选人经行政院转呈国防最高会议决定。抗日战争时期部分省和重庆市设立了临时参议会。

为了加强对战区各省的管理和指导行政院于1939年7月18日颁布《战区各省省政府设置行署通则》规定：战区各省省政府认为必要时可呈请设立行署；省政府行署的驻在地及所辖区域由内政部、军政部会同有关机关拟定呈请行政院核准；省政府行署秉承省政府的命令在其所辖区域内代行省政府的职权；行署设主任1人由行政院于省政府委员中选任；行署可根据所辖区域情形酌设秘书处、政务处、警务处各处处长由行政院提请国民政府简派秉承行署主任命令掌理各项事务；行署经费由省政府核定从省库中拨付。此后战区各省在未沦陷的地区设立了一些行署。

1939年9月19日国民政府颁布实施《县各级组织纲要》实行新县制。新县制的特点是合保甲、自治与军事化管理为一体主要内容是：（1）改变县级行政机构扩大县长的职权。新县制重申裁局改科撤销公安局、财政局、教育局、建设局改设民政、财政、教育、建设、地政、军事、社会等科。设科的多少由省政府依县的等次自行决定报内政部备案。新县制规定“县为法人”“为地方自治单位”。县的财政有固定的税源由县政府统筹统支。县长在办理全县自治事项时受省政府监督但不受其指挥。（2）简化基层政权的层次加强对基层社会的控制。新县制将县、区、乡（镇）三级简化为县和乡（镇）两级面积过大或情形特殊的地方可设区署但区署只代表县政府监督指导各乡（镇）办理行政事务及自治事项不构成一级政权。乡（镇）以下实行“管、教、养、卫”合一。乡（镇）公所设民政、警卫、文化、经济等股各股主任由副乡（镇）长、乡（镇）国民兵队队副及中心学校教员担任；保办事处设民政、警卫、文化、经济干事由副保长、保国民兵队队副及国民学校教员充任。（3）设立县参议会作为县级“民意代表机关”。县参议会由每个乡（镇）民代表选举产生的议员1人和从依法成立的职业团体中选举产生的议员若干人（不得过总额的3o％）共同组成。参议员任期2年连选得连任。县参议会每3个月开会一次会期3至7天。县参议会有权议决县预算与审核县决算、县单行规章、县税、县公债及增加县库负担事项、县有财产的经营和处分事项有权建议县政兴革、听取县政府施政报告、接受人民请愿但不选举县长。（4）普遍推行保甲制度实行军事化管理。新县制规定人必归户、户必归甲、甲必归保所有民众都要编入保甲组织其中18至45岁男子编入国民兵队接受军事训练。县设国民兵司令部县长兼任司令；区和乡（镇）设国民兵队区长及乡（镇）长兼任队长。194o年1月1日国民政府通令各省一律改行新县制。由于缺乏各项专门