该实行深入群众、长期隐蔽、积蓄力量的方针。在策略指导上应根据形势的变化、运动的退潮和来潮以及革命与反革命实际力量的对比来恰当地组织革命防御或进攻；必须从争取胜利的观点出根据当时当地的环境和条件以及群众觉悟的程度提出群众可能接受的口号、要求和斗争方式去动和领导群众斗争；要正确把握公开工作与秘密工作的区别与联系应在形式上与方法上使二者严格分开在内容上与政治上又使二者密切联系起来；要充分利用敌人内部的矛盾争取暂时的同盟者去反对当前主要的敌人。刘少奇用极大力量整顿和恢复遭受严重破坏的华北各地的党组织教育共产党员和干部“学会领导群众的艺术学会策略的运用”。他在《火线》、《生活日报》、《长城》、《国防》等报刊上表了许多文章在华北以至全国广泛地宣传抗日民族统一战线新政策。11月在《民族统一战线的基本原则》一文中着重指出领导权问题是民族统一战线的中心问题。必须正确处理战略任务与策略转变的关系、统一战线与阶级斗争的关系、上层统一战线与组织下层群众的关系必须对同盟者的错误和动摇给予高度的警惕与必要的批评在统一战线工作中要十分注意斗争策略。他为联合华北一切可能抗日的党派、阶层争取宋哲元、阎锡山等转向抗日做了大量的宣传工作和组织工作巩固和展了一二九运动的成果开创了华北抗日救亡运动的新局面。1937年5月在出席苏区党代表会议之后同张闻天主持召开党的白区工作会议。在会上作《关于白区的党和群众工作》的报告。这次会议系统地总结了十年内战时期白区工作的经验教训明确了革命新时期党在白区工作的策略任务成为白区工作的一个重要转折。后来中共扩大的六届七中全会通过的《关于若干历史问题的决议》对刘少奇在白区工作方面所建树的历史功绩作了评价指出他是党的“正确路线在白区工作中的代表”。

1937年抗日战争爆后刘少奇抵达山西太原任中共中央北方局书记。他根据中共中央关于在敌人后方独立自主地开展游击战争的战略方针作出华北党的工作应以游击战争为中心任务的部署。决定将党的工作重心放在农村号召城市中的共产党员和青年学生脱下长衫到农村中去拿起武器打游击。在党内提出了军事化的口号要求一切干部和党员学习军事学习游击战争集中一切力量动群众组织抗日武装。他领导以薄一波为书记的中共山西公开工作委员会按照站稳脚跟抓住实权多做实事反对空谈推进阎锡山抗战的方针利用山西牺牲救国同盟会这个公开合法组织组建了山西青年抗敌决死队（新军）。9月八路军总部一到太原刘少奇即同总部主要领导人讨论确定要广泛地准备游击战争要扩大八路军到拥有数十万人枪的强大的集团军要建立起很多根据地担负起独立坚持华北抗战的重大任务。提出要立即部署山西、河北、山东等地的人民抗日武装斗争。1o月刘少奇撰写《抗日游击战争中的若干基本问题》一文11月又为北方局起草《关于目前形势与华北党的任务的决定》论述了游击战争在抗日战争战略上的重大作用指出游击战争是华北人民抗日的主要斗争形式强调要坚持长期的游击战争必须建立巩固的敌后抗日根据地建立真正有工作能力的、有群众基础的抗日民主政权。太原失守后指导晋察冀边区着手进行统一战线的民主政权的筹建工作。1938年3月中旬刘少奇回到延安继续负责指导华北工作。7月在刘少奇的组织领导下中共冀热边特委在八路军第四纵队配合下动了冀东人民抗日武装起义为建立冀热察抗日根据地打下了基础。

1938年11月中共扩大的六届六中全会后刘少奇任中共中央中原局书记负责指导长江以北河南、湖北、安徽、江苏地区党的工作。1939年1月抵达中共中央中原局所在地河南确山竹沟镇贯彻中共中央关于巩固华北、展华中的战略方针作出展中原地区敌后抗战的工作部署。12月率中原局机关进入华中敌后抵达安徽定远藕塘新四军江北指挥部多次主持召开中原局会议讨论展华中的战略方向、根据地建设的方针任务和统一战线的策略等问题；决定执行向东作战向北展开辟苏北的战略任务；并建议中共中央从华北派一部分八路军南下协同新四军展苏北抗日游击战争。194o年春刘少奇与新四军江北指挥部领导人一起指挥新四军第四、第五支队的主力挫败了日伪军对皖东的“扫荡”并在津浦路东半塔集地区打退了国民党顽固派军队韩德勤部的进攻开辟和展了皖东抗日根据地。新四军江北部队和南下的八路军部队在苏北胜利会师后于11月间组建了华中新四军和八路军总指挥部刘少奇任政治委员统一指挥长江以北、陇海路以南的新四军和八路军。1941年1月皖南事变后刘少奇临危受命任新四军政治委员同新四军代军长陈毅等领导重建新的军部整编部队并根据中央军委的指示提出新四军今后的任务是坚持华中敌后抗战阻止反共军的进攻迅加强根据地各项建设积聚力量准备与敌伪军和反共军进行长期斗争一俟条件成熟即向西向南展。5月中原局与东南局合并组成中共中央华中局刘少奇任书记并兼任中央军委华中分会书记。他主持召开华中局高级干部会议总结皖南事变的经验教训着重检查了新四军成立以来的建军工作提出了人民军队建设的基本要求。同年夏刘少奇和陈毅等指挥新四军粉碎了日伪军对苏北、苏中根据地的“扫荡”巩固和展了华中抗日根据地。

1942年3月刘少奇奉调回延安。在从苏北返延安途中受中共中央的委托检查指导山东抗日根据地的工作。年底回到延安。从1943年3月起任中共中央书记处书记、中央革命军事委员会副主