察院同意任命。司法院设大法官会议由大法官组成以院长为主席行使解释宪法并统一解释法律及命令的职权。司法院下设最高法院、行政法院、公务员惩戒委员会、特种刑事法庭。特种刑事法庭是依据1947年12月23日颁布实施的《“勘乱”时期危害国家紧急治罪条例》设立的审判机构负责审判该条例认定的支持“匪徒”、妨害“戡乱”案件。特种刑事法庭分为中央和高等两种。高等特种刑事法庭分设于上海、北平、汉口、广州等地负责初审案件；中央特种刑事法庭设于南京负责复判案件。1948年7月24日司法院改组成立王宠惠任司法院院长。

在总统制下考试院是国家最高考试机关。考试院掌管考试、任用、铨叙、考绩、级俸、升迁、保障、褒奖、抚恤、退休、养老等事项并有权就所掌管事项向立法院提出法律案。考试院设院长、副院长各1人考试委员19人均由总统提名、经监察院同意任命。考试院下设考选部和铨叙部。1948年7月17日考试院通过《考试法》。规定：公务人员任用资格考试和专门技术人员执业资格考试分为普通考试、高等考试两种遇有特殊情形时可举行特种考试；凡公立或立案私立中等学校毕业者、经普通检定考试及格者可参加普通考试凡公立或立案私立专科以上学校毕业者、经高等检定考试及格者可参加高等考试；考试以笔试、口试、测验或实地考试方式进行考试合格者由考试院给证书。7月24日考试院改组成立张伯苓任考试院院长。

在总统制下监察院是国家最高监察机关。监察院依法行使同意、弹劾、纠举、审计权。监察委员的名额分配如下：每省选出5人每直辖市选出2人蒙古各盟旗选出8人西藏选出8人国外华侨选出8人。监察委员不得兼任其他公职或执行业务任期6年连选得连任。监察院设院长、副院长各1人由监察委员互选产生；监察院正副院长和委员合组监察院会议以院长为主席行使各项职权。监察院行使同意权时须有出席委员过半数的赞同方能通过；监察院对于中央及地方各级公务人员认为有失职或违法情形时可提出纠举案或弹劾案其中弹劾案的提出须有监察委员1人以上提议、9人以上审查通过；监察院对于总统、副总统提出弹劾案须有全体监察委员四分之一以上提议、全体监察委员过半数审查通过始得向国民大会提出。监察院下设若干委员会和审计部。各委员会分别负责监察行政院及其各部、各委员会的工作如有违法失职情形经调查核实后可提出纠举案由监察院移送行政院促其改正。审计部设审计长1人由总统提名、经立法院同意任命。行政院向监察院提出决算后审计长应在3个月内依法完成审计并向立法院提交审核报告。1948年6月5日新的监察院成立共有监察委员223人于右任继续担任监察院院长。

按照《中华民国宪法》中央与地方分权地方实行自治。但是直到国民党统治在大陆结束以前没有一个省或市县实施了地方自治。根据1947年至1948年江苏省、上海市及江苏省各县组织系统表地方政府的机构设置大致如下：省设省政府委员会有委员7至11人内设主席1人；省政府设民政厅、财政厅、教育厅、建设厅和秘书处、会计处、人事处、田赋粮食管理处及地政局、统计室并辖设计考核委员会、县长检定委员会、省辖市、各区行政督察专员公署、省地方行政干部训练团、全省保安司令部及新闻处。市设市政府置市长1人综理全市事务；市政府设民政、财政、警察、社会、教育、工务、公用、卫生、地政9局和秘书、调查、总务、统计、会计、人事6处及参事室并辖市银行、通志馆、新闻处。县设县政府置县长1人受省政府监督办理全县自治并指挥执行中央及省政府委办事项；县政府设第一至第五科及教育局、田粮处、秘书室、会计室、地籍整理处并辖县政设计考核委员会、公款管理委员会、地方行政干部训练所、司法处检察官、税捐稽征处、救济院、卫生院、县警察局、农业推广所、电话交换所及各区署。

中华民国政府的成立没能挽救国民党统治的危机。1948年11月26日翁文灏辞职。27日孙科继任行政院院长。1949年1月21日蒋介石宣告下野李宗仁代理总统职务。28日孙科将行政院迁往广州。在李宗仁的督促下2月28日又将行政院迁回南京。3月8日孙科辞职。12日何应钦继任行政院院长。15日立法院通过《简化行政机构案》撤销农林、工商、社会、水利、地政、卫生、粮食、主计8部和资源委员会、新闻局增设经济部将行政院裁并为内政、外交、国防、财政、教育、经济、交通、司法行政8部和蒙藏、侨务2个委员会。主计部撤销后保留了主计长。4月23日南京解放宣告了国民党在中国的统治完结。残余的国民党势力将行政院迁往广州。5月3o日何应钦辞职。6月3日阎锡山继任行政院院长。1o月1日中华人民共和国成立一个独立自主的新中国从此屹立在世界的东方。

纵观南京国民党政权的政治制度史我们可以看到：这个政权在政治体制上的基本特征就是国民党一党专政、蒋介石个人独裁。这种政治体制适应了国民党新军阀和官僚政客集团的统治需要却违背了中国政治民主化的历史趋势。国民党政权的覆亡原因是多方面的撇开经济上、军事上的诸多因素不谈仅从政治制度史上看它的失败原因至少包括三个方面：（1）南京国民党政权是军阀官僚政权政治基础十分薄弱和广大人民处于对立地位它无法解决国民党一党专政和人民要求民主权利的矛盾也就不可避免地失去人心。（2）南京国民党政权实行党治而非法治党规高于国法党官横行无忌在没有社会监督的条件下它无法依靠自身力量澄清吏治政治必然日益腐败也就无法避免人民起来将其推翻。（3）南京国民党政权建立了非常庞大的官僚机构行政系统、党的系统、军事系统、特务系统层层叠叠各个系统遇事推诿、见利争夺结果是纵与纵冲突、横与横摩擦中央一切政治理想与推行方案一到下层不是变形就是成为泡影整个国家机器