扎伦布掌后藏寺院与其教民。在宗教上班禅略低于在政权上高于班禅。前藏行政机构主要有噶厦和商上。噶厦为总管藏务会议厅设三品官噶布伦四人。商上为分管财政的机构除以噶布伦一人管理外设四品仔琫三人商卓特巴二人。还有专掌粮务的叶尔仓巴、掌道路的朗仔辖、掌刑名的协尔帮、掌马厂的达琫及第巴等四至七品的各种名目官员。后藏也设四品商卓特巴、叶尔仓巴五品达琫等官员掌管相应的政务。武官则有四至七品的戴琫、如琫、甲琫、定琫从几人至百多人。凡前后藏皆有营寨按其地理险易和大中小各设边营官及营官总计一百六十余人1。佛教在西藏盛行喇嘛很多有的喇嘛在噶厦、商上任职而僧官又分国师、禅师、札萨克大喇嘛、札萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等专掌教事。

清朝在西藏设官始于雍正五年派驻藏大臣二人驻前藏统管前后藏地方及喇嘛事务。后改为办事大臣、帮办大臣各一人分驻前后藏。按规定驻藏大臣督办藏内事务与、班禅地位相等实际驻藏大臣职权更大是清政府的代表。、班禅及以下呼图克图十八人、沙布隆十二人等活佛转世称为“呼毕勒罕”即奔巴金瓶抽签均由驻藏大臣监督。

西南地区的土官制甘肃、青海、西藏、四川、云南、广西、贵州等地历来居住蒙、藏、瑶、壮、彝、黎等少数民族。清朝根据这些地区的特点以当地的土著人作各级行政机构的长官清朝政府予以承认但是当官的人可以世袭这就是土官制。有文武两类文官如知府、知州、知县等皆加“土”字。武官有指挥使司指挥使、长官司长官。从正三品至正七品。此外还有土游击、土都司、土守备等。清朝定制文职土官共七阶武职土官共五阶。其承袭、革除、升迁、降调文隶吏部武隶兵部。在地方上各归所在总督、巡抚或驻扎大臣、办事大臣等统辖。

1《清史稿》卷117《职官四》。

1《光绪大清会典》卷67；《清史稿》卷117《职官四》。

军事机构的建立和设官清朝以武功定天下入关前就建立了著名的八旗制度。入关后又在进行武力征服和巩固统治的过程中建立起人数更多的绿营兵制。同时对原有的八旗作了整编和改组形成了禁旅八旗、驻防八旗和绿营兵的新的军事体制。

早期以三百丁为一牛录（后改为一二百丁）立一牛录额真汉称为佐领。五牛录为一扎拦（甲喇）立一扎拦额真汉称为参领。五扎拦为一固山（汉译为旗）立一固山额真汉称为都统。固山额真立左、右美凌额真汉称为副将。以正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、镶蓝八种颜色的旗纛相区别名为八旗。最先建立的是四正色后扩充为四镶色。初建时仅为八旗满洲继之又建八旗蒙古和八旗汉军合之实为二十四旗。因为人数无论如何增加只扩大牛录的数目旗始终不变所以总称八旗。清入关后分置八旗满、蒙、汉军于北京城按左、右翼方位而居：左翼镶黄在东北依次而南正白、镶白、正蓝；右翼正黄在西北依次而南正红、镶红、镶蓝。星罗棋布“拱卫宸居”1。据乾隆后所编《大清会典》记载京城的满洲佐领六百八十一蒙古佐领二百零四汉军佐领二百六十六驻防佐领八百四十总共近二千个佐领。八旗军队总兵额约二十万其中十余万为禁旅八旗2。

侍卫处禁旅八旗的重要组成部分担负守卫皇帝的任务。原来清朝皇帝自领八旗中的镶黄、正黄、正白三旗称为“上三旗”余称“下五旗”。侍卫处即由上三旗、宗室及“外藩”中选拔材武出众的子弟为侍卫并以勋戚大臣为统帅而组成的一支军队。顺治元年定制设官领侍卫内大臣正一品内大臣从一品散秩大臣从二品等。侍卫分一二三四等。领侍卫内大臣“掌上三旗侍卫亲军之政令”在内大臣、散秩大臣协助下宿卫扈从执行禁旅大将军的职能。侍卫处设协理、主事、笔帖式分掌章奏文书。侍卫掌营卫轮班宿卫并受侍卫班领、署班领、侍卫什长分辖1。

骁骑营始于入关前的随营马兵阿礼哈哈。顺治初定制为八旗都统所直辖。由马甲、领催、匠役等人组成。马甲按满蒙、汉军各佐领数抽调各为营。领催又是从马甲中选拔的优秀人才。匠役是每佐领均有弓、矢、鞍、铁匠等。设官与八旗同都统从一品掌骁骑营之政令副都统正二品参领正三品佐领正四品分管上命下达及户口、田宅、兵籍等具体事务。前锋营始于入关前的噶布什贤哈为精锐的前哨兵田八旗满洲、1福格：《听雨丛谈》卷1“八旗方位”。

2魏源：《圣武记》卷11“兵制兵饷”。

1《光绪大清会典》卷82。

蒙古佐领下抽调组成。顺治元年定营制分左、右翼。设官为前锋统领正二品左右翼各一人参领正三品侍卫正四品前锋校正六品等。统领掌前锋营之政令参领、侍卫掌督率前锋“警跸宿卫”或与前锋校等分管文书事务。

护军营由八旗初设的巴牙喇营展而来从八旗满洲、蒙古中选拔的精锐兵组成。设官有护军统领正二品参领正三品副参领正四品委署参领给五品顶戴及护军校正六品等。统领掌护军营之政令担负皇帝一切护卫任务。参领、副参领率护军扈从和宿卫或与护军校等分掌文书章奏。步军营清初已有满、蒙、汉军组成的步军营总计步军二万一千一百五十八人。康熙十三年（1674）定步军统领兼提督京城九门事务三十年又兼管巡捕三营事务乾隆时扩编为五营。于是步军营设官称提督九门步军巡捕五营统领从一品由皇帝亲信大臣兼任。统领掌九门管钥统帅八旗步军五营将士周围巡哨以卫京邑总兵佐之。步军营的特点一是合满、蒙、汉为营皆隶于统领；二是五城巡捕营步兵万人皆绿旗兵亦隶步军统领附于八旗禁旅1。

此外禁旅八旗还有圆明园护军营、火器营、健锐营、虎枪营等营制和官兵担负各种特殊任务。

清军入关后建立八旗驻防制。将十余万八旗劲旅派往京畿、东北、内地及边疆险要驻扎。各地驻防八旗合满、蒙、汉军为营编佐领官兵旗籍仍隶京旗佐领。驻防官署称为衙门有将军衙门、都统衙门等均将官衔列于衙门之上而连称。衙门机关