族和达木八旗划归驻藏大臣直接管辖以加强驻藏大臣的权力。清朝还建议七世设立“译仓”即秘书处。它既管理的印信文书又负责噶厦政府僧官系统的一切事务。西藏地方政府的主要机构从这时起逐渐完备。

乾隆二十二年七世圆寂。乾隆帝命令由丹吉林的第穆呼图克图任摄政在新喇嘛未满十八岁之前主持西藏政务。这是西藏摄政制度的开端。有资格担任摄政的只是几个地位很高的呼图克图。

清军逐走侵藏廓兵及“藏内善后章程”的订立喜马拉雅山南麓的尼泊尔历史上一直同西藏有着经济、文化联系。尼泊尔产稻米居民常来西藏与藏民进行以米易盐的贸易。十八世纪中叶尼泊尔的廓尔喀族统一了全国此后双方关系开始恶化。当时尼泊尔铸造的一种银币在西藏流通后来成色变差藏人拒绝使用。乾隆五十三年（1788）噶厦派往聂拉木的官员向尼商多征了捐税。廓尔喀人以此为借口于当年派兵占据了藏尼边境上的聂拉木和济咙（今吉隆）两地。乾隆帝闻讯派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉率军三千入藏。由于巴忠敷衍了事希图早日回京他到拉萨后即派噶伦丹津班珠尔去边境谈判与廓尔喀达成协议每年由西藏给对方白银九千六百两以换取聂拉木、济咙两地的归还。巴忠草草完结此事返京复命。

三年后廓尔喀人持字据向西藏索取银两噶厦政府拒付廓尔喀人再次派兵占据聂拉木、济咙。驻藏大臣保泰奏报乾隆帝乾隆帝始知三年前巴忠贿和一事。巴忠闻讯后畏罪自杀。

乾隆五十六年八月二十日廓尔喀军攻陷扎什伦布寺。此前班禅七世·丹贝尼玛已由驻藏大臣保泰接往拉萨。扎什伦布寺总管仲巴呼图克图于寺陷前一日携金银细软逃跑寺内其他喇嘛不战而溃。廓尔喀军洗劫扎什伦布寺甚至将历代班禅灵塔上镶嵌的珍珠宝石都劫掠一空然后退往边境仍然占据着聂拉木、济咙等地。

乾隆帝获悉后决定派大军入藏驱逐廓尔喀侵略军。当年十一月由福康安任大将军、海兰察任参赞的一万七千人的大军入藏。乾隆帝命令他们大振军威务期使侵略者不敢再来滋扰。福康安入藏后先处治了一批怯懦渎职的官员。驻藏大臣保泰、雅满泰被枷号示众仲巴呼图克图也被押解到北京治罪。

在藏族人民的大力支援下乾隆五十七年（1792）春暖后清军开始反击廓尔喀军五月即将入侵者全部驱逐出境。七月初福康安率清军六千攻入尼泊尔境内廓尔喀王拉特那巴都尔一再请降并将巴忠贿和开给的付银字据一并交出。福康安虑及必须在大雪封山前撤返西藏遂于当年八月底决定受降。九月班师凯旋。

此次清朝在西藏进行的是一场正义的反侵略战争。清军由满、蒙古、汉、回、藏、鄂温克、达斡尔等族组成。这支军队惩罚了廓尔喀侵略军解除了西藏人民的灾难因而受到西藏各阶层人民的热烈欢迎和支持。

福康安率清军返藏后按照乾隆帝的命令以羊八井寺为主寺的噶玛噶举派红帽系的寺产被全部查抄红帽系活佛被禁止转世僧人也全部被迫改宗黄教噶玛噶举派红帽系自此绝传。

早在战争开始之前乾隆帝就指示福康安将来撤兵后一定要妥立章程以改变西藏各项制度废弛噶伦与地方官员舞弊、擅权的状况。福康安返藏后将乾隆帝的意图先后告知班禅七世和八世他们都表示衷心拥护。于是福康安即与西藏地方官员共同议定了一个章程呈报清廷。乾隆五十八年清朝正式批准颁行这就是著名的“藏内善后章程二十九条”。章程明确规定驻藏大臣的地位与、班禅平等监督办理西藏事务这是对驻藏大臣职责和地位的次明确规定。章程还确立了著名的金瓶掣签制度即由驻藏大臣监督认定每世、班禅的转世灵童废除过去由降神喇嘛指定灵童的办法。

在官吏的任免方面西藏地方政府的噶伦、商卓特巴军队中的代本等官员均由驻藏大臣会同喇嘛拣选然后呈请清朝任命。这些官员的升迁赏罚也由驻藏大臣全权处理。

章程规定建立西藏地方的常备兵定额三千人分驻于前后藏。拉萨、日喀则各一千江孜、定日各五百。同时还规定了军队的编制、赏罚、训练等方面的制度。

章程还规定西藏的涉外事务集权于中央统归驻藏大臣管理。

财政方面章程规定西藏地方政府的收入统由驻藏大臣稽查。还规定在西藏设立专门机构由驻藏大臣派员监督铸造银币。

“藏内善后章程”的订立标志着清朝在我国西藏地方施政的最高阶段。它在客观上起到了加强清朝中央和西藏地方、祖国各族人民和西藏人民之间关系的积极作用巩固了祖国的统一有利于西藏社会的稳定和经济、文化的展。这一章程的主流是积极的应予充分肯定。

清朝对甘、青、川、滇等省藏区的施政在甘肃、青海、四川、云南等省的部分地区有比西藏更多的藏族居住。对这些邻近内地的藏族地区清朝的施政较西藏有所不同。

雍正三年（1725）清朝设置了西宁办事大臣将现今甘肃、青海两省的藏族地区划归西宁办事大臣管辖。清朝将青海的藏族基本上限制在黄河以南、唐古拉山以北地区将这一地区的藏族划分为四十一族设置指挥使、指挥同知等官员和千户、百户等土司头人授给他们印信。道光初年清朝又下令千户实辖三百户百户仍辖百户分化和削弱了较大的土司头人的势力加强了清朝各级地方政府对他们的控制。

现今甘肃省境内的藏族被分别安置在岷州（今岷县）、洮州（今临潭）、兰州、凉州（今武威）的辖区内清朝对他们实行比较直接的治理。同时还分别册封了当地的一些大活佛对当地的僧俗上层仍给予一定的权力。雍正七年（1729）清朝决定将中甸、维西、阿墩子（今云南德钦）等地划归云南将里塘、巴塘划归四川设置流官进行治理。

清朝在西藏的驻军由四川轮流派遣三年一更代。四川总督不仅要负责辖区以