州另立国民政府。12月15日蒋介石被迫宣告下野。26日国民党四届一中全会根据粤方意见修改《国民政府组织法》改国民政府主席为虚位元。规定：国民政府主席不负实际政治责任不兼任其他官职任期二年得连任一次；五院院长、副院长由国民党中央执行委员会选任；在宪法未颁布以前五院各自对国民党中央执行委员会负责。会议改选林森为国民政府主席。
在五院制下行政院是国民政府最高行政机关。1928年1o月25日行政院正式成立第一任院长是谭延闿。行政院由行政院正副院长和所属各部、各委员会组成。行政院执行政务的决策机构是行政院会议由正副院长、各部部长、各委员会委员长组成。开会时以院长为主席院长因故不能执行职务时由副院长代理。行政院会议的职权主要是议决下列事项：（1）提交于立法院的法律案、预算案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项；（2）荐任以上行政官吏和司法官吏的任免；（3）处理所属各部、会之间及各委员会之间不能解决的事项；（4）其他依照法律或行政院长认为应付行政院会议议决事项。谭延闿在任时行政院院长的权力较小。院长主持行政院会议综理全院事务监督所属机关但行政院所有命令及处分须经全体部长或有关部部长副署始生效力。193o年9月22日谭延闿病逝。国民党三届四中全会于11月17日修改《国民政府组织法》扩大了行政院院长的权力。规定：行政院会议改称国务会议原来的国务会议改称国民政府会议；行政院各部设部长1人政务次长、常务次长各1人各委员会设委员长、副委员长各1人均由行政院院长提请国民政府任免。会议推举国民政府主席蒋介石兼任行政院院长。这样蒋介石不仅操纵着国民政府的第一级、第二级权力机构而且控制了第三级权力机构。蒋介石下野后国民党四届一中全会于1931年12月16日修改《国民政府组织法》恢复行政院会议旧称改国民政府会议为国民政府委员会议规定行政院院长负实际政治责任并推举孙科继任行政院院长。1932年1月25日孙科辞职。28日国民党中央政治会议改任汪精卫为行政院院长。1935年12月1日汪精卫辞职。7日国民党五届一中全会复任蒋介石为行政院院长。经过几番周折蒋介石重新执掌了行政院。
行政院下设部和委员会分管各项行政事务。行政院成立时除办事机构秘书处、政务处以外设有内政、外交、军政、财政、农矿、工商、交通、铁道、教育、卫生1o部和蒙藏、侨务、禁烟、建设4个委员会。1929年1月11日增设赈灾委员会（后改称赈务委员会）。4月12日裁撤军政部海军署增设海军部。193o年11月17日国民党三届四中全会决定调整行政院机构将农矿部与工商部合并为实业部卫生部改为卫生署并入内政部建设委员会划归国民政府直辖。此后行政院机构变化不大。到抗日战争全面爆时行政院共有9部和4个委员会。行政院各部设部长、政务次长、常务次长各1人部长综理部务次长协助部长工作。部的下面按照不同情况设厅、署、司、处置秘书、参事、厅长、署长、司长、处长、科长、科员、技监、技士、技佐、编审、视察、督学等各类人员。行政院各委员会设委员长、副委员长各1人委员和常务委员若干人委员长在副委员长协助下领导和管理本会工作。会的下面分设处、科置秘书、参事、处长、科长、科员等各类人员。蒙藏、侨务、赈务委员会还在地方设立了一些派出机构。
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抗战时期的战时体制抗战开始后国民政府转入战时体制。1937年8月12日国民政府设立国防最高会议作为全国国防最高决策机关蒋介石任主席汪精卫任副主席。国防最高会议由党政军三方面负责人组成成员包括国民党中央执行委员会和监察委员会的常务委员、秘书长、中央各部部长国民政府五院正副院长、行政院秘书长及各部部长、全国经济委员会常务委员国民政府军事委员会正副委员长、常务委员参谋本部总长、训练总监部总监、军事参议院院长。国防最高会议组成后国民政府五院直接接受其领导五院分别对国民党中央执行委员会负责的规定失去效力。11月2o日国民政府迁都重庆。12月13日南京沦陷。1938年元旦蒋介石辞去行政院院长兼职孔祥熙继任。同日国民党中央执行委员会常务委员会通过《中央机构调整案》规定：撤销铁道部、实业部和直属于国民政府的建设委员会、全国经济委员会；设立经济部将实业部、建设委员会、军事委员会第三部及第四部、资源委员会、全国经济委员会的水利部分划归经济部；铁道部及全国经济委员会的公路部分改隶交通部；撤销海军部将其所管事务划归军事委员会所属的海军总司令部办理；原属军事委员会的禁烟总会改隶内政部贸易调整委员会及对外易货委员会改隶财政部。1月14日国民政府修订公布《行政院组织法》规定行政院只设内政、外交、军政、财政、经济、教育、交通7部和蒙藏、侨务2个委员会。2月24日赈务委员会改称赈济委员会仍隶属行政院。
为了增强抗战力量国民政府在抗日战争初期设置了一个以国民党为主、容纳国内各党派和无党派人士参加的咨询机关——国民参政会。1938年7月6日国民参政会一届一次会议在汉口开幕。第一届参政会有参政员2oo人参政员由国民党中央执行委员会选任汪精卫任议长。按照组织条例国民参政会的职权主要有三项：（1）在抗战期间政府对内对外重要施政方针于实施前应提交国民参政会审议。前项决议案经国防最高会议通过后依其性质交主管机关制定法律或颁布命令行之。但是“遇有紧急特殊情形国防最高会议主席得依《国防最高会议组织条例》以命令为便宜之措施。”（2）国民参政会得提出建议案于政府。（3）国民参政会有听取政府施政报告暨向政府提出询问案的权力。国民参政会每半年开会一次闭会期间设驻会委员会。它下设五个审查委员会分别审查关于军事国防、外交国际、内政、财政经济、教育文化等项