等部归附另一方面集中兵力对付察哈尔部林丹汗。天聪六年（明崇祯五年1632）四月初一皇太极率军离沈阳西征林丹汗适值辽河水涨人马浮水而过两昼夜始渡完。沿途蒙古各部贝勒纷纷遵奉率兵从征谕旨前来相会到十二日来会者有喀喇沁、土默特、喀喇车里克、伊苏忒、扎鲁特、敖汉、奈曼、阿禄、巴林、科尔沁等部及北边蒙古诸部奥巴等数十位贝勒均献酒献马汗设大宴相待。
四月十六日金汗召集各贝勒嘉奖踊跃遵命之贝勒训斥怠缓之人。
皇太极谕：“朕以察哈尔不道整旅往征先期谕令尔等率本部兵来会。今尔等所领之兵多寡不齐迟亦异惟科尔沁部土谢图额驸奥巴率来军士甚多又不惜所蓄马匹散给部众疾驰来会”“足见立心诚悫忧乐相同朕甚嘉之”。至于舅舅吴克善的行动则使“朕心不甚欢乐”。扎鲁特部诸贝勒“尚属实心效力”敖汉、奈曼诸贝勒亦“较优然也未为尽善”。巴林诸贝勒似尚畏惧察哈尔且“吝惜马匹怠缓不前”阿禄诸贝勒“深受林丹汗之欺凌乃此次并不思仗朕之力以复仇而不多兵马”“仅以一旅之师勉强应命”“应俟班师日议罪”。各贝勒皆叩受命。这次训谕对激励和鞭策蒙古踊跃从征起了很大作用。
皇太极下令日夜兼程直取林丹汗住地一举荡平察哈尔。四月二十二日大军过兴安岭行军已达一千三百多里（从沈阳算起）。但是连一个察哈尔人也未看到原来镶黄旗固山额真达尔哈家的两名旧蒙古人于十八日夜间潜盗良马六匹飞奔察哈尔通知金兵大举来攻。“林丹汗闻之大惧遍谕部众弃本土而奔遣人赴归化城（今内蒙呼和浩特）驱富民及牲畜尽渡黄河。察哈尔国人仓卒逃遁一切辎重皆委之而去。”1皇太极知悉此情谕领兵诸贝勒大臣：“察哈尔知我整旅而来必不敢交锋追愈急则彼遁愈远我军马疲粮竭不如且赴归化城暂住”。于是大军向归化城前进。五月二十三日至木鲁哈喇克沁分兵两翼左翼以贝勒阿济格为帅率科尔沁土谢图额驸奥巴及巴林、扎鲁特、喀喇沁、土默特、阿禄等部兵一万往掠大同、宣府边外一带察哈尔部民；右翼命济尔哈朗、岳托、德格类、萨哈廉、多尔衮、多铎、豪格等贝勒领兵二万往掠归化城黄河一带部民；汗与大贝勒代善、贝勒莽古尔泰统大军继进。二十七日获悉林丹汗闻金兵入境惊慌失措“尽携部民、牲畜、财物渡黄河以遁所遗止穷民耳”。这一天大军行驰七百里西至黄河木纳汉山东至宣府自归化城南及明国边境“所在居民逃匿者悉俘之归附者编为户口”2。
一些蒙古人逃入明境沙河堡皇太极致书堡中明将索取逃人称：“我北征察哈尔穷追四十一日擒其哨卒讯之云已星夜逃去”“我欲收其部民因还兵克归化城”“近闻察哈尔所遗人畜财物为尔等收留当一一归还于我。否则自取祸患。”明将大惊立即送还逃入蒙古及欲赏与林丹汗之财物计有男妇三百二十名、牲畜一千余及所赏缎布帛六千余匹。宣府守将亦将犒赏察哈尔汗所财物存在张家口者全部献出计缎布及虎豹狐獭等皮共一万二千五百匹（张）。明宣府巡抚、总兵又遵金汗谕旨议和通市赠献黄金、白银、蟒缎、布匹、茶叶数千（匹、两、包）。六月二十四日大军扎营于张家口外喀喇把尔噶孙“列三十营联络四十里”。分略各路大兵“所至村堡悉焚其庐舍弃其粮糗各籍所俘获以闻于上共计人口牲畜十万有余”1。
皇太极认为此战目的基本达到遂统军东返于七月二十四日回到沈阳。此行往返万余里历时三个月零二十六天虽未生擒林丹汗但已给其以致命打击逼其丢弃本土远逃察哈尔部分崩瓦解。林丹汗率残部星夜逃往西藏“臣民素苦其暴虐抗违不行”原有三十余万部众途中逃散者十之七八。到天聪八年无处安身东逃西遁的林丹汗病死于青海大草滩余部纷纷回归投顺于金汗。天聪九年二月多尔衮等贝勒奉谕统兵一万1《清太宗实录》卷11页27。
2《清太宗实录》卷11页27、34、35、36。
1《清太宗实录》卷12页5、6。
往寻林丹汗之子额哲于四月降额哲及其母苏泰太后并获元朝历代传国玉玺。林丹汗之妻囊囊太后窦土门福晋以及其他贝勒、寨桑纷率所部来归。漠南蒙古各部悉隶金汗之下。
皇太极深知只靠一二次征剿和随从效力并不能使各部蒙古长期归顺于己也不能仅仅依靠盟誓而须以武力作后盾用制度、法令来约束各部使他们听从金汗统辖和指挥。天聪三年正月他颁敕谕于科尔沁、敖汉、奈曼、喀尔喀喀喇沁“令悉遵我朝制度”。三月他又遣使臣赍敕“谕归顺各部蒙古诸贝勒申定军令”规定凡遇出师之时宜踊跃争赴协力同心不得迟期。若征察哈尔凡管旗之诸贝勒年七十以下十三以上俱须从征违者罚马一百匹驼十头。迟三日不至约会之地罚马十匹。若征明国每旗大贝勒一员、台吉二员率精兵百人从征违者罚马一千匹、驼百头。于相约会集之地掳掠者罚马百匹、驼十头。1天聪八年正月皇太极借外藩蒙古科尔沁、敖汉、阿禄、喀喇沁、奈曼、四子部落等部贝勒来朝的机会具体定其法例。他谕告诸贝勒：“尔蒙古诸部落向因法制未备陋习不除”今与诸贝勒约定：凡贝勒夺有夫之妇配与他人者罚马五十匹、驼五只其纳妇之人罚七九之数给与原夫。奸有夫之妇拐投别贝勒者男妇俱论死取其妻子牲畜尽给原夫如贝勒不执送罚贝勒马五十匹、驼五只。盔甲、绵甲、马鬃尾无牌印以及盔缨、纛缨、纛幅不遵金国制度者俱罪之。2同年十月遣使者阿什达尔汉前往蒙古在硕翁科尔大会敖汉、奈曼、巴林、扎鲁特、翁牛特、四子、吴喇忒、喀喇沁、土默特、塔赖各部管事大小诸贝勒分定各部地界严禁各部互相侵越3。第二年天聪九年二月又编审内外喀喇沁蒙古壮丁除盲人及手足残废者外年六十岁以下、十八岁以上俱照例编审共编壮丁一万六千九百五十三名其中喀喇沁左翼旗、喀喇沁右翼旗、土默特三旗壮丁共九千一百二十三名仍隶于满洲八旗之内另外七千八