置魏忠贤到凤阳不久命逮治。魏忠贤在途经阜城时惊悸万分自缢而死。消息传至京师欢声雷动。为解民愤崇祯帝下令寸磔其尸悬河间。客氏也被笞死于浣衣局。昔日不可一世的客氏、魏忠贤终于被崇祯帝不动声色地剪除了。崇祯帝在朝野欢庆的气氛中第一次领略了行使至高无上权力的快感于是开始了大刀阔斧地清除阉党和削弱宦官势力的行动。
先尽撤各处镇守内臣边政由各地督抚专理。崇祯元年（1628）正月又令内臣非奉命不得出禁门。这样大大地削弱了宦官的影响力。
清除阉党使崇祯帝颇费心计。监生胡焕猷疏请查究那些为魏忠贤建祠的总督、巡抚但阉党御史杨维垣迅即上疏参驳并且请将胡下法司究问目的是想杀一儆百、钳制群言。崇祯帝谕旨：“不必苛求以滋葛藤”1使阉党大失所望气焰顿挫。此时翰林院编修倪元璐上《世界已清方隅未化疏》旨在为东林翻案立即掀起了一场轩然大波。杨维垣则上疏攻击倪元璐居心叵测为害政纲。对此崇祯帝倾向于倪元璐但他害怕党争再起因此更强调“化异为同”。然而阉党与东林党的孰是孰非已是当时不可回避的问题。于是当倪元璐再次上疏时崇祯帝加快了清除阉党的步伐。随着朝野要求毁掉《三朝要典》的呼声越来越高倪元璐第三次上疏请废“魏氏之私书”。大学士来宗道票旨：“所请关系甚大着礼部会同史馆诸臣详议具奏。”崇祯帝批道：“《要典》着即行焚毁。”2五月《要典》在熊熊烈1文秉：《烈皇小识》卷一。
2《明史》卷二三《庄烈帝纪》。
火中化为灰烬。不久又将杨维垣、徐大化革职令回原籍不许在京逗留。崇祯二年（1629）正月始命裁定逆案；三月《钦定逆案》颁示天下以魏忠贤为分为六等或杀或戍或禁锢终身共二百六十余人。阉党由此威风扫地。崇祯帝此举赢得了朝野士人的拥护同时也显示了果断、敢作敢为的性格。崇祯帝一反神宗怠政、熹宗昏聩的做法令朝野士民刮目相看呼为“明主”。
除去阉党为恢复国家正常机制扫清了道路。早在即位之初崇祯帝就为天启时遭陷害废黜的大臣平反并加以任命。崇祯元年（1628）正月又对天下官吏进行考核；二月举行会试；四月廷试。目的是想通过考核、整顿吏治通过科举为腐朽的官僚政治灌输新的血液。更为重要的是崇祯帝注意中枢内阁的入选。黄立极、李国■阉党阁臣被迫致仕后崇祯帝特点前南京吏部侍郎钱龙锡、礼部侍郎李标、礼部尚书来宗道、吏部侍郎杨景辰、礼部侍郎周道登、少詹事刘鸿训为东阁大学士参预机务。崇祯帝求治的精神令这些大学士深为感动。每当经筵开讲之时他总是毫无倦意；召对廷臣更是刻意访求治国良策。崇祯元年（1628）八月他又下诏“非盛暑祁寒日御文华殿与辅臣议政”1。
除此之外崇祯帝深切关注边政。为此他起用天启年间军功显赫的袁崇焕以袁崇焕为兵部尚书督师蓟辽。崇祯元年（1628）七月他在平台召见袁崇焕细问平定辽东的方略。袁回答：“五年内户部转军饷工部给器械吏部用人兵部调兵选将须中外事事相应方克有济。”2崇祯帝对于袁崇焕的每一项要求都一一应允。并钦赐尚方剑以专事权。同时还告诫他朝廷方面“卿勿疑虑朕自有主持”3。确实对于袁崇焕的倚重与信任过对当时任何一位大臣。袁崇焕本着“以辽人守辽土以辽土养辽人守为正著战为奇著和为旁著”的战略思想履任不久即开始布防整顿兵备成绩显著。崇祯二年（1629）六月袁崇焕在双岛（今属大连市）诱斩总兵毛文龙。乍闻此讯崇祯帝不觉惊骇万分因为毛文龙毕竟对后金有很大威慑作用但崇祯帝最后还是嘉奖了袁崇焕此次行动。
在西边崇祯帝采纳了宣大总督王象乾的建议对于势力最强的察罕部每年给金八万一千两以示羁縻。又命杨鹤为兵部左侍郎总督陕西三边军务并同意杨鹤“以抚为主”的思想。
鉴于前方各镇兵饷匮乏的情形崇祯帝令户部尚书毕自严将新旧钱粮彻底查清详细禀报。有人建议裁减驿站冗卒每年可省银几十万两他当即表示赞同。此时只要能纾燃眉之急于财政危机有所补苴任何建议他都会赞赏。
从天启七年八月至崇祯二年七八月间崇祯帝确实做了不少的事情。他寄希望于官僚士大夫集团的精忠、能干正如他自己所言：“朕御极之初嘉与士大夫臻平康之理。”1但是明末社会积弊已深仅靠短时期内的一些措施是无法从根本上解决社会危机的。以他最痛恨的党争而言阉党余孽仍然活跃并时刻准备翻案。崇祯元年（1628）十一月会推阁臣名单上有1《明史》卷二三《庄烈帝纪》。
2《明史》卷二五九《袁崇焕传》。
3《明史》卷二五九《袁崇焕传》。
1蒋平介：《东林始末》。
礼部侍郎钱谦益等十一人未在其中的礼部尚书温体仁利用崇祯帝厌恶朋党的心理攻击钱谦益“结党受贿”。果然钱谦益被罢职；那些支持他的大臣如吏科给事中周允儒、瞿式耜御史房可壮等被说成是“钱党”而遭降职乃至遣戍。慑于崇祯帝严威内阁更不敢犯颜直谏。总之事实渐已表明崇祯帝要实现自己的理想是困难重重。
第二节重宦官、轻文臣崇祯二年（1629）十一月崇祯帝对文臣集团的态度有了惊人的改变愈来愈对他们表示失望；与此同时宦官再次受到皇帝青睐。从而重新形成了“重宦官、轻文臣”的人事格局。
崇祯元年（1628）至三年接二连三生了几起令他恼火的事情：一是大学士刘鸿训公然声称“皇上毕竟是冲主”且在朱批上擅自增改御言。
一是次会推阁臣温体仁攻击钱谦益结党受贿为“盖世神奸”而群臣则纷纷为钱谦益辩解。
而崇祯二年（1628）十二月袁崇焕的“叛变投敌”、“谋反朝廷”更是给崇祯帝重重的一击。这年十月间皇太极率十万精骑避开袁崇焕把守的锦州、宁远、山海关绕道蒙古入长城攻遵化。袁崇焕闻讯急驰入援沿途分兵防守抚宁、永平、丘安、丰润、玉田、蓟州并于后金兵之前赶到通州。后金军惧败西犯京师。袁崇焕又不顾士马疲劳飞抵京师在广渠门外与后金兵