会中国传教团监督赋予处理中国事务的全权。并要他尽一切努力在北京开辟居留点以便接近皇帝争取中国皇帝的支持。范礼安甚至把赠送皇帝及大臣的礼物也运到了江西其中有圣母像、天主像、自鸣钟等。

利玛窦接到范礼安的指示后立刻寻求接近皇帝的方法。他先想走建安王的门路不久现此路不通。1598年6月底利玛窦随南京礼部尚书王忠铭离开南昌7月初抵达南京。应天巡抚赵可怀是王忠铭的好朋友听说王忠铭回南京遣人送上礼品其中有一幅拓印的《山海舆地全图》。王忠铭看到了这幅图与利玛窦准备进献给皇帝的舆图极为相似。经与利玛窦印证后便告诉赵可怀绘图的人已到南京。赵可怀是从镇江知府王玉沙处得来的舆图非常赞赏把它刻在苏州石碑上并附有跋语拓印下来赠送友人。知道利玛窦正在南京便盛情邀请他到自己的驻地句容游览并讨论了数学问题还请他制造历算仪器但因利玛窦要去北京而未能实现。

辞别赵可怀后利玛窦继续与王尚书的家人一起乘坐行李船由水路北上经扬州、淮安济宁、临清入直隶抵天津9月17日进入北京城。王忠铭原想进京后会升官但事与愿违没有升迁一个月后返回南京。利玛窦此后租房住下积极向各方面活动希望皇帝能够召见恩准留居京城。可是他所认识及王忠铭介绍的官员都不肯在家里接待他。王忠铭介绍的太监见无馈赠也拒绝帮助。各方面均闭门谢绝利玛窦无法只好雇船返回南京。1599年2月6日抵南京。在这段时间内利玛窦把“四书”译成拉丁文还加有许多注解。

1599年利玛窦在南京常相过往的人有王忠铭、瞿太素、刑部侍郎王明远、刑部尚书赵参鲁、户部尚书张孟男、礼部侍郎叶向高、国子监祭酒郭明龙、翰林院编修杨荆岩、工部员外郎刘冠南与著名学者焦竑、李贽、李本固等。刘冠南帮助利玛窦购买了中意的房子作为新居和教堂。在教堂内展览了准备向皇帝进贡的物品以此来吸引南京的官员和名士参观。乘此机会利玛窦向他们讲授西洋学术如天算、测绘地图、地圆说等介绍西洋风俗解说天主教教义。又取出自造的“天球仪”、“地球仪”、“象限仪”、“纪限仪”给参观者讲解。当利玛窦参观南京观象台时现那里也有不少天文仪器如“浑天象”、“玲珑仪”、“仰仪”、“简仪”等。他不但知道这些仪器的用法而且指出它们有什么缺点使听众折服张养墨等主动拜他为师向他学习数学和天文知识。

南京刑部主事吴中明见到王泮刻印的《山海舆地全图》后认为图上说明文字太少于是商请利玛窦加以修订并另绘一幅较大的舆图增加说明文字还亲自写了一篇序文刻石印制行全国各地该图甚至流传到澳门和日本。贵州巡抚郭子章则把《山海舆地全图》缩小改以书籍装帧名为《古今郡国名类》。

在南京利玛窦不时宣讲天主教教义并接受了一批信徒入教但他更关心的是教会在整个中国的展。16oo年4月间利玛窦与郭居静、庞迪我、李心斋、瞿太素商量去北京进贡的事请南京礼部给事中祝石林给去北京的路票庞迪我陪利玛窦一同前往。祝石林又把利玛窦介绍给押送马船的刘太监以便乘船北上。利玛窦于5月18日由南京启程。到山东济宁时得到漕运总督刘东星和李卓吾的热情招待刘、李二人又帮助他重写进贡表章又写了几封介绍信使利玛窦的船顺利通行。到山东临清时遇上了皇帝派遣的税使马堂刘太监为了及时赶到北京摆脱马堂的纠缠便把利玛窦之事告知马堂说这些人带了许多新奇贵重的西洋物品这当然是一种诱惑。马堂到船上看了贡品表示很满意答应立即上奏北京实际上却想设法攫为己有。由于临清道钟万禄等当地官员的帮助才未使马堂的贪欲得逞。利玛窦乘坐马堂的船到了天津等候圣旨。几天之后皇帝指令马堂办理进贡的事。此后又几经周折在天津等了半年利玛窦才获准进京于万历二十八年十二月二十一日（16o1年1月24日）到达北京。第二天便由太监将贡品送进宫内。这些贡品有：耶稣像、圣母像、圣经、十字架、大小时钟、三棱镜、洋琴、《世界现状》、万国图、粗羊毛布、印度布、玻璃器皿、日晷、沙漏、犀角、银币等。

在北京利玛窦最初住在宫门附近后又住钦天监随时候命进宫修理自鸣钟及洋琴。后来因礼部干预又搬到四夷馆行动颇受限制难以留京久住。但由于神宗很喜欢自鸣钟且担心利玛窦离开北京后无人修理故礼部侍郎朱国祚三次上疏要求遣送利玛窦出京的奏折均未批复。后又在吏部给事中曹于汴的帮助下礼部准许利玛窦搬出四夷馆租房居住。利玛窦迁出后的第一件大事就是上疏皇帝请求批准他在北京或其他地方居住。不久太监传下皇帝口谕允许他们住在京城里。

定居北京后利玛窦结交了许多皇亲国戚、高官显宦而在学术上交往较多的则有著名学者冯应京、李之藻和徐光启等。定居北京六年利玛窦不敢建造天主教堂避免引起疑忌。他只租用平房开展传教活动并吸收信徒入教。万历三十三年（16o5）八月间才在顺承门（今宣武门）附近购得一所大宅修建礼拜堂作为北京会所。从此天主教在中国开始站住了脚打开了局面。

161o年5月3日利玛窦一病不起于5月11日病逝。神宗批准礼部奏请赐地将利玛窦安葬在北京阜城门外（今二里沟）的一处由寺院改建的墓园。

对中西文化交流的贡献西方传教士来华传教的根本目的不仅是传播宗教而且是为殖民者收集中国内地情报为其侵略扩张政策服务。教士们的活动受到殖民者的操纵控制其活动经费则由殖民者资助。利玛窦也不例外。利玛窦为了要达到在中国长久居留获准传教的目的费尽了心机从澳门到北京他花了十八个年头走了一段艰苦的历程。他从实践中摸索出了一条打开中国大门的路子归纳起来主要有下列手段：一是学习中国语言文字掌握基本的