水师也受到巨大压力不得不退居黄墩等待时机再起。现在我们虽然没有证据说明巢湖水师一开始就是天完政权的属部但赵普胜、李普胜、左君弼等都是彭莹玉的门徒这是无疑的。彭莹玉在南方红巾军起兵后虽然没有担任天完政权的要职但他往来于各支起义军之中起到了别人无法起到的协调、指挥作用。巢湖水师活跃于江淮之间激成于长江两岸牵制了敌军主力对天完红军主力驰骋湖广、江西、江浙帮助是很大的。回顾至正十一年到十三年天完红巾军第一阶段的战史不难看出由于红巾军展过快士兵缺少训练组织松散徐寿辉等领袖人物没有制定出明显的作战部署听任各部流寇式的作战没有建立稳固的根据地因而当元军与地主武装结合起来后红巾军所占城池多不敌而失守。从至正十三年春天后南方各地红巾军普遍遭到元军和地主武装镇压天完红巾军由盛势转入低潮。是年十二月元军在卜颜帖木儿、蛮子海牙及四川行省参知政事哈临秃、左丞秃失里、西宁王牙罕沙等率领下向天完都城——蕲水起进攻蕲水陷落天完政权的四百多名官员惨遭杀戮徐寿辉等天完领导人“遁入黄梅山中及沔阳湖中”（《庚申外史》）。
至正十四年（1354年）以徐寿辉为的天完政权处于极为不利的形势下天完政权主要领导人被迫潜伏于山泽之间活动相当困难但他们并没有丧失信心而是积极恢复和组织力量等待时机掀起更大规模的反元斗争。这一点可从已现的治平四年（1354年）颁的“统军元帅府印”中得到证实。这方铜印证明了天完政权当时仍有自己的根据地并继续在委任各级将领。事实上当时仍有许多红巾军余部在活动如欧普祥在袁州史普清在奉新李普成、王普敬在瑞州周围。
高邮之战为天完红巾军再起提供了机会。至正十四年正月张士诚据高邮（今属江苏）称诚王国号大周。九月元顺帝命右丞相脱脱率百万大军前往镇压。十二月城之将下顺帝下诏削脱脱兵权“大军百万一时四散其散而无所附者多从红军铁甲一军入襄阳号铁甲兵者是也”（《庚申外史》）。于是天完红巾军乘机壮大队伍开始出击进入反元斗争的第二阶段。
至正十五年（1355）正月倪文俊攻克沔阳。文俊号蛮子黄州黄陂渔家子。他是蕲州起义最早的成员之一勇敢善战“用多桨船疾如风昼夜兼行湖江出人不意故多克捷”（《草木子》卷三《克谨篇》）寿辉命为统军元帅。天完红巾军处于低潮时文俊仍积极活动积聚力量故能抓住时机再起。及文俊攻克沔阳后实际上揭开了天完军第二阶段战史的序幕。
当时驻守湖广的元军主要是宽彻普化的军队。宽彻普化因武昌失守被夺王印后因镇压天完军立有战功至正十四年十二月元顺帝下诏还其印仍镇守武昌。文俊再起后宽彻普化命其子报恩奴、接待奴、佛家奴以大船四十余艘水6并进攻沔阳。兵至汉川县鸡鸣汊水浅船搁不能行。文俊以火筏尽焚其船接待奴、佛家奴败死报恩奴自杀随行妃妾为文俊所获。宽彻普化逃奔陕西。三月徐寿辉遣元帅扫地冯由安6攻襄阳元襄阳万户杨克忠投汉水死。五月元军复襄阳。倪文俊自沔阳克中兴元将朵儿只班战死。
面对天完红巾军的再起元廷重新结集军事力量以湖广行省平章政事咬住为总兵官领本省军马并江州苗军杨完者、黄州李胜等军守御湖广命章佩监丞普颜帖木儿、翰林修撰烈瞻招谕沔阳四川行省平章政事玉枢虎儿吐华等助之。元军在加紧军事进攻的同时不断采取诱降办法以分化瓦解起义军。七月倪文俊攻克武昌、汉阳。这时元军进一步大调动知枢密院事答儿麻监藏、四川行省左丞沙剌班、湖南同知宣慰使刘答儿麻失里屯兵中兴湖广行省平章政事桑哥、亦秃浑及秃秃屯兵襄阳参知政事哈林秃、王塔失帖木尔屯兵沔阳又命河南行省平章政事从便调度湖广行省左丞卜兰奚所领苗军江浙行省平章政事卜颜帖木儿守御蕲州、黄州、兰溪等地。十一月元以湖广行省左丞相统领湖广、荆湘诸军镇压天完军。面对元军咄咄逼人的势态天完红巾军继续攻城夺池扩大战果。是月徐寿辉遣军克饶州、克都昌招降都昌“义兵”头目于光命为江东宣慰元帅镇守饶州。十二月天完军克婺源进军徽州路各县。
至正十六年（1356）正月倪文俊重建天完政权于汉阳迎徐寿辉入居改元太平。自任丞相以邹普胜为太师。同月天完军经过反复激战后占领徽州并由歙县东逾昱岭关一度攻占于潜、昌化。但这条战线上红巾军并不顺利汪同等地主武装夺回徽州及休宁、祁门、婺源、黟县等地。倪文俊自率大军进攻湖南取得巨大战果三月克常德五月克澧州、攻辰州（今沅陵）八月克衡州（今衡阳）十二月克岳州。次年二月倪文俊又破峡州占领鹿卢夫。天完统军元帅明玉珍开始进军四川。
与此同时巢湖水师也开始出击。至正十三年底赵普胜、李普胜退到黄墩后与俞廷玉父子、廖永安兄弟、赵伯仲兄弟及张德胜、叶升、桑世杰、华高等连水寨于巢湖由于与庐州左君弼不和赵、李急欲寻求同盟以求出路。至正十五年春原濠州红巾军郭子兴部将朱元璋自滁阳（今安徽滁县）取和州（今安徽和县）因城中乏食欲渡江取采石但苦于无舟楫。赵普胜欲与元璋结盟助其渡江但李普胜企图乘机杀元璋吞并其部队结果被元璋识破将李普胜杀死。赵普胜闻讯后率部分水师归附天完政权而俞廷玉等则投奔朱元璋巢湖水师生分裂。赵普胜率水师离开巢湖进驻枞阳南下夺取池州、青阳等地。至正十六年曾两度围攻安庆杀元怀庆县达鲁花赤伯家奴。
倪文俊虽然在重建天完政权上立下了巨大功劳但他经不起敌人的引诱曾经动摇过。早在至正十五年初在沔阳俘威顺王诸子、妃妾后元顺帝“特降诏招抚”（《草木子》卷三《克谨篇》）诱以官、禄文俊求为湖广行省平章政事因元廷中有