命扩廓以其兵自潼关以东肃清江淮；李思齐以其兵自凤翔以西进取川蜀；秃鲁以其兵与张思道、孔兴、脱列伯等取襄樊；王信以其兵固守山东。诏书虽下皇太子竟止之不行扩廓等也拒不受命。扩廓自恃兵强日益跋扈又杀皇帝派来调解的诏使天下奴其部将貂高、关保十分不满宣布脱离扩廓。两人又罗列扩廓罪状上奏朝廷并兵攻扩廓。当时皇太子用侍御史李国凤等计立大抚军院总制天下兵马专防扩廓。是年十月扩廓被免职以河南王食邑汝州（今河南汝南）其所总诸军分由各将统领。

至正二十八年（1368）朝廷命左丞孙景益分省太原关保驻兵防守。

扩廓遣兵攻占太原尽杀朝廷所置官。妥欢贴睦尔下令削夺爵邑令诸军共诛之。于是一场新的军阀混战又重新开始扩廓退守平阳（今山西临汾）双方相持良久。这时明兵已到达河南思齐、思道率兵西归而貊高、关保进攻平阳甚急。扩廓夜袭其兵营俘貊、关二将。妥欢贴睦尔见扩廓势大立即罢大抚军院下诏复扩廓原职领兵准备南讨。

自扩廓、孛罗构兵以来元廷整整花费8年时间用于内耗之中。这8年中朱元璋从容备战次第削平群雄最后挥师北伐。元廷的统治为它自己挖掘了坟墓。

明师北伐和元朝灭亡至正二十七年（朱元璋吴元年1367）十月朱元璋在消灭了张士诚割据势力后即着手挥师北伐。他对徐达等说：“自元失其政君昏臣悖兵戈四起民坠涂炭。予与诸公仗义而起初为保身之谋冀有奠安生民者出。岂意大难不解为众所附乃率众渡江与群雄相角逐遂平陈友谅灭张士诚闽、广之地将以次而定。尚念中原扰攘人民离散山东则有王宣父子狗偷鼠窃反侧不常。河南则有王保保名虽尊元实则跋扈擅爵专赋上疑下叛。关陇则有李思齐、张思道彼此猜忌势不两立且与王保保互相嫌隙。元之将亡其机在此。”又提出北伐的战略部署：“先取山东撤其屏蔽；旋师河南断其羽翼；拔潼关而守之据其户槛。天下形势入我掌握然后进兵元都则彼势孤援绝不战可克。既克其都鼓行而西云中、太原以及关陇可席卷而下。”（《明太祖实录》卷二五）朱元璋的这一席话充分说明他对全国形势和战局了如指掌以后形势的展果然不出他所料。在长期的战争环境里和激烈的战斗中朱元璋已经锻炼成为一名杰出的军事指挥家。

是月二十一日朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军中书平章政事常遇春为副将军率25万大军由淮入河北取中原。临行又召见诸将士叮嘱他们“所经之处及城下之日勿妄杀人勿夺民财勿毁民居勿废农具勿杀耕牛勿掠人子女”（《明太祖实录》卷二五）。二十三日布北伐檄文提出“驱逐胡虏恢复中华立纲陈纪救济斯民”（《明太祖实录》卷二五）的口号这一口号对当时的汉族地主阶级有很大的号召力对分化瓦解蒙汉各族上层贵族联合统治的元政权起了很大作用。

北伐的第一步是“先取山东撤其屏蔽”。十月二十四日徐达率军抵淮安遣人往沂州招谕王宣、王信父子。察罕帖木儿死后王宣父子利用扩廓帖木儿打内战的机会攻掠山东全境。徐达派人招降后王宣父子投降王信被授予江淮行省平章政事。未几王宣父子复叛王宣被徐达镇压王信逃遁。徐达率军先后克复营州、滕州、益都、东平、兖州、济南、济宁、密州、登州、莱州、东昌等地。由邓愈率领的偏师也由襄阳北略南阳进展顺利。

至正二十八年（1368）正月朱元璋即皇帝位定国号为明建元洪武。北伐的第二步是“旋师河南断其羽翼”。洪武元年二月徐达等率师进入河南后先进攻汴梁。当时元汴梁守将李克彝、陈州（今河南淮阳）守将左君弼、安丰守将竹昌均屯兵汴梁。左君弼原是天完政权汴梁行省脑长期占领庐州（今安徽合肥）至正二十四年（1364）降元。明军抵达陈桥时左君弼率先投降李克彝奔河南（今洛阳）。明军占领汴梁次第攻克河南各州县。同时由冯宗异率领的偏师攻克陕州（今河南三门峡西）扼潼关西略华州（今陕西华县）以防李思齐军。五月朱元璋抵汴梁召集诸将确定北进大都方略。

七月二十九日山东诸将自益都、徐州、济宁会师东昌前锋分兵渡河。闰七月初二日徐达等自汴梁兵自中滦渡河进取彰德、磁州、邯郸。十一日徐达会诸将于临清。十四日常遇春克德州。北伐的第三步“进兵元都”正在顺利进行中。

这时妥欢贴睦尔如梦初醒。闰七月十九日罢大抚军院复扩廓帖木儿官职命其出援京师勤王御敌。扩廓故意自平阳绕道大同尽管元都危在旦夕他依然观望不进。

闰七月二十日明军下长芦趋清州。二十三日徐达兵抵直沽水6两路向大都进。元中书右丞相也望风逃遁元都大震。二十七日妥欢贴睦尔命淮王帖木儿不花监国命庆童为中书左丞相同守京城。二十八日夜半妥欢贴睦尔率三宫后妃、皇太子、皇太子妃等开健德门北奔上都左丞相失列门等扈从。八月初二日徐达等率至大都攻齐化门命将士填濠破城而入执淮王帖木儿不花、左丞相庆童等杀之。至此统治了百余年的元皇朝终于被推翻。明朝改大都为北平府。

妥欢贴睦尔于八月十五日至上都。当时元朝残余势力仍不可忽视。扩廓帖木儿拥数十万军屯驻山西李思齐、张思道等盘踞陕西辽阳有兵1o万梁王把匝剌瓦尔密守云南。明廷视扩廓帖木儿为头号劲敌陕西李、张已有“2志”（刘佶《北巡私记》）故克大都后不久明军即兵分两路进攻山西迫使扩廓撤至甘肃、宁夏。洪武二年（1369）正月妥欢贴睦尔命扩廓为中书右丞相。四月元军见明军主力西攻陕西遣将分道攻北平被常遇春击败。六月妥欢贴睦尔逃奔应昌（今内蒙古克什克腾旗西）。常遇春克上都徐达在陕西也势如破竹李思齐投降。至明年四月扩廓帖木儿由宁夏北奔和林残元势力基本上退至漠北。四月二十八日妥欢贴睦尔因患痢疾病死于应昌。朱元璋“以帝知顺天命退避而去特加号曰顺帝”（《元史·顺帝纪十》）。皇太子爱