与察罕帖木儿互相攻伐京师十分空虚。但由于中路军作战失利未能突破山西、河北元军防线从而与东路军汇合攻大都致使毛贵孤军深入在柳林败于元将刘哈剌不花不得不退师济南。十九年四月从淮安来山东投奔毛贵的赵均用杀害毛贵。七月毛贵部将续继祖自辽阳回益都又杀赵均用。山东各地红巾军虽奉毛贵子小毛平章为帅但实力大受影响。而田丰自称花马王王士诚称扫地王田丰与王士诚为争夺地盘互相攻伐。至正二十一年（1361）夏察罕帖木儿开始进攻山东红巾军并州军出井陉辽、沁军出邯郸泽、潞军出磁州怀、卫军出白马以及汴梁、洛阳诸军水6俱下分道并进。自率主力军渡孟津逾怀庆直抵山东相继占领冠州（今山东冠县）、东昌。八月察罕帖木儿遣其子扩廓帖木儿及其将阎思李、关保、虎林赤由东阿造浮桥渡河田丰率2万人夺桥未成元军占领长清。田丰屡败不得已降元察罕帖木儿报请元廷授以山东行省平章职。田丰招降棣州余宝、东平王士诚、东昌杨诚。八月元军下济南南取泰安北攻济阳、章丘东略沿海诸州县红巾军节节败退。察罕帖木儿因镇压红巾军有功升中书平章政事、知河南山东行枢密院事。十月元军进围益都。二十二年六月田丰、王士诚设计杀察罕帖木儿重返红巾军队伍回到益都。扩廓帖木儿袭父职继续围攻益都。是年十一月元军破城田丰、王士诚被俘杀守将陈猱头以下二百余人被俘后送京师处死。山东红巾军全部被镇压。

中路军是曹州盛文郁的部队。至正十七年（1357）九月由关先生（关铎）、破头潘（潘诚）、冯长舅、沙刘二等率领逾太行山入山西取泽州之陵川、高平。闰九月克潞州（今山西长治）在冀宁路（治今山西太原）遇阻。十八年春毛贵率东路军北上直趋大都。为加强侧翼力量阻止元军来援命其将王士诚、续继祖自益都出兵攻怀庆克晋宁与中路军配合势力大增。于是中路军决定分兵两路：一路攻绛州（今山西新绛）；一路由沁州（今山西沁县）攻冀宁、大同等地。时毛贵进逼大都失利察罕帖木儿在晋南伏击中路红巾军取胜。六月关先生、破头潘由辽州（今山西左权）转攻冀宁意欲从保定、定州（今河北定县）突破元军防线失利改向晋北。十月关先生等从定州转攻大同、兴和（今河北张北）等地。十二月关先生等克上都。红巾军在上都烧毁元帝驻夏的宫阙后再克全宁路（治今内蒙古翁牛特旗）焚鲁王府。进而攻取辽阳行省府辽阳路（治今辽宁辽阳）。宋政权遂于此处置辽阳行省命毛居敬、关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二等为平章。红巾军进入东北后元守军一触即溃而关内元军则仍有一定实力为此他们决定进攻高丽。高丽王与元廷有特殊关系而且派军进入中原镇压红巾军。至正十九年（1359）二月中路军致书高丽王准备进攻高丽。十一月中路军前锋渡鸭绿江。十二月毛居敬率红巾军攻占义州、静州、麟州、西京（今朝鲜平壤）。以后转战于西北沿海诸州。二十一年九月关先生、破头潘、沙刘二等再入高丽一度攻占开京（今朝鲜开城）迫使高丽恭愍王逃奔福州（今朝鲜安东）。次年初关先生、沙刘二等战死余众在破头潘率领下退回辽阳四月破头潘在辽阳被俘。中路军至此全遭失败。

宋政权分兵三路后元廷不得不分散兵力对付各路红巾军因而为刘福通亲率的中央红巾军解除了元军的压力。至正十七年六月刘福通攻汴梁（今河南开封）不克。八月转攻大名、卫辉等路很快占领豫北、冀南广大地区屡败元将答失八都鲁元廷对答失八都鲁十分不满“颇疑其玩寇失机使者促战相踵”红巾军伪造与答失八都鲁通和书“遗诸道路使者果得之以进”（《元史·答失八都鲁传》）。答失八都鲁得知忧愤而死子孛罗帖木儿继之。十八年五月刘福通克汴梁并定为国都实现了使“宋”政权名副其实的宿愿。这时宋政权出现了鼎盛的局面。《元史》称：“造宫阙易正朔号召群盗巴蜀、荆楚、江淮、齐鲁、辽海西至甘肃所在兵起势相联结”（《元史·察罕帖木儿传》）。红巾军也自称：“慨念生民久陷于胡倡义举兵恢复中原东逾齐鲁西北函秦南过闽广北抵幽燕悉皆款附。如饥者之得膏粱病者之遇药石。”1当时元朝主要兵力仍然集中在北方地区尤其是靠镇压红巾军起家的察罕帖木儿、孛罗帖木儿、李思齐等军阀势力全力以赴围剿北方红巾等各路军队所以北方红巾军在摧毁元朝统治的斗争中作出的贡献和牺牲是不可估量的。

由于三路北伐没有达到预期的目标或先后遭致失败或远离宋都汴梁宋政权很快从鼎盛开始逆转。至正十八年七月察罕帖木儿移军洛阳孛罗帖木儿进攻曹州。十一月曹州失陷曹州行省武宰相、仇知院牺牲。十九年初孛罗帖木儿北上代州（今山西代县）、丰州（今内蒙古呼和浩特东）、云内（今内蒙古土默特左旗东南）驻军大同切断中路军与汴梁的联系。二十年五月察罕帖木儿移军虎牢分兵南路出汴南攻陷归、亳、陈、蔡北路出汴东置战船于黄河内略曹州南据黄陵渡又陕西、山西各路元军把汴梁包围得水泄不通。八月汴梁失陷刘福通护韩林儿冲出重围逃奔安丰。至正二十三年（1363）二月张士诚遣将吕珍攻安丰小明王急向朱元璋求救朱元璋不顾张士诚、陈友谅东西夹击的危险亲率大军北上救出小明王、刘福通安置于滁州。至此宋政权已经名存实亡。至正二十六年（1366）十二月朱元璋称吴王前夕其将廖永安迎小明王、刘福通至应天途经瓜步将他们溺死1。

1郑麟趾：《高丽史》卷四一《恭愍王》四。

1《国初群雄事略》卷一《宋小明王》引《通鉴博论》《明太祖实录》卷十二称：“吕珍攻刘福通于安丰入其城杀福通等。”

高邮战役后南方红巾军也利用这一机会重振旗鼓。黄陂渔民出身的倪文俊在重建天完政权中起了重要作用。至正十五年（1355）正月倪文俊克沔阳在汉川鸡鸣仪大败元军威顺王宽彻普化之子报恩奴、接待奴、佛家奴战死。不久倪文俊又连