小粟栖的时候，光秀被当地的农命所杀。胜龙寺城于十四日开城，同日，高山，中川队攻落了光秀的居城丹波龟山。

就这样，明智光秀的“三日天下”结束了。基于山崎合战的胜利，秀吉也奠定了他统一天下的基础。对于在这场战斗中如水的活跃，后世的子爵金子坚太郎出感叹：“呜呼，高松城外接到本能寺凶变的消息时，这样镇定自若，处变不惊。这么好的大局观，才使得秀吉不至于走错方向，这些都是拜黑田官兵卫的智谋所赐啊！”（《黒田如水传》）。

在山崎合战中消灭了光秀的秀吉，在织田家中的地位也扶摇直上，但这也不意味今后的生活就一帆风顺了，还是有人对他不服。这其中就有当时身在越前北之庄，由于与上杉家对峙而没能对本能寺之变及时做出反应的笔头家老柴田胜家。胜家是织田家的谱代重臣，对迅升迁的秀吉极为讨厌。自然不会容许后者独揽大权，于是胜家就向秀吉提出了选出织田家后继者的提议。胜家推举的是自己的乌帽子亲信长三子信孝，如果信孝继承家业的话，胜家就可以理所当然的掌握织田家的实权了。这时候，如水向秀吉进言说：“绝对不可以和柴田单独谈。”秀吉听取了这个忠告。于是在写给胜家的回信中提出：“让参加了山崎合战的丹羽长秀和池田恒兴两位大人也一起参加立嗣会议”。

天正十年（一五八二年）六月十七日，决定信长后继者的清洲会议在尾张清洲城内开始了。参加者有柴田胜家、丹羽长秀、池田恒兴和羽柴秀吉。秀吉在会议上推举信长嫡子信忠的遗孤三法师为后继者。当时三法师只有三岁，秀吉的用意十分明显，就是要把织田家的实权掌握在自己的手中。（这也是如水所献的计策）

清洲会议最终以秀吉的大获全胜而告终。对秀吉深深愤恨的胜家与神户信孝相勾结，举兵要打倒秀吉。但是却被秀吉先制人，挟山崎合战胜利之余威，在贱岳大破胜家军，直逼胜家的居城北之庄。同月二十四日，胜家和前年与他结婚的妻子织田市自杀，北之庄城随之被攻破。此后，如水又奉秀吉之命与毛利家交涉领国疆界的问题，（实际上就是以承认毛利领地所有权为条件，换取后者的臣服）翌年三月谈妥。毛利家正式加入秀吉麾下。

同年，如水接受了基督教的洗礼，教名?kxs51.com，实际上他也使用刻有“i”字样的印章。也有说受洗的日期是天正十三年，不过这些已经都无法确定了。

秀吉在巩固了自己织田家继承者地位之后，开始自信长时候就遗留下来的四国征伐。但由于在北陆方面也有不稳的迹象，所以秀吉没有亲自参加进攻四国的战斗，而是派弟弟秀长代替自己为总大将。如水则担任秀长的监军一起去了四国。作为讨伐军同行的还有秀长的外甥秀次，宇喜多秀家，蜂须贺正胜、家政父子，以及毛利辉元，吉川元春，小早川隆景等人率领的毛利军。大军从阿波（德岛县）、赞岐（香川县）、伊予（爱媛县）三个方向同时登陆。

迎击的四国霸者长宗我部元亲原先只预测到秀吉会从阿波一国攻击，却没有想到会是三面同时登陆。此时，四万四**要面对过十二万的讨伐军。

战斗还没有打响，一些原本臣服于元亲的赞岐诸豪族就相继投降了秀吉，只有元亲为了防备四国征讨军而新筑的植田城仍然掌握在长宗我部家的手中，该城由一族的右兵卫率三千人镇守，元亲亲自为后援，准备与宇喜多军一决胜负。

指挥宇喜多军的是整个远征军的监军如水，他利用铁炮这种新式武器密集攻击植田城的支城由良山和池田两城，巨大的响声使守城兵大为惊恐，不战就弃城逃走了。

在确定赞岐已没有敌军之后，如水向本方传达了将阿波作为主战场的意见。于是，本来的三方面联合进军变成了合而为一的阿波攻略。阿波是长宗我部家苦心经营的防御阵地，拥有号称难攻不落要塞的岩仓城，为了拔掉这枚钉子，如水心生一计。

“此城乃是要害，仅凭人力难以攻取。要用计谋，攻敌之心，此城就会不战而降。”（新订黑田家谱）

如水派人在城外修建了比城内的岗楼还要高的井楼。使城中的一切尽收眼底。然后，他又命人在井楼上装上大炮，向城里不断炮击。在正面战场上勇猛果敢的士兵们，却对这种远程武器十分害怕，在坚守了十九天后终于弃城逃走，全部退回了土佐（高知县）。正如如水所想的那样，在阿波最大要塞岩仓城陷落后，其他城中的守城军队也陆续退回了本国土佐。

最终，孤立无援的元亲接受了劝降的条件，与秀长和睦，得到了土佐一国安堵。

同年的八月二十二日，如水的父亲职隆去世。享年六十二岁，遗体葬于播州饰东郡妻鹿村，法号心光院满誉宗园。对于他去世的地方，有姫路、山崎、国府山等多种说法，但经过考证，证实只有妻鹿村的国府山是正确的。

现在，黑田如水任命德川家康为先锋，率三万大军征讨北九州。德川家康不负所托，先后迫使大友、秋月、龙造寺、有马投降，看来，征伐九州任务的完成，已经是指日可待的事情。

小牧长久长久手合战后，德川家一度获得与丰臣家分庭抗礼的势头。可惜的是，因为国力逊与丰臣，又在攻打真田家时受挫，不得不屈服于丰臣家的武威，接受了臣从的条款，签订了臣从于丰臣的不平等协议。

“天海，九州北部已经平定，一旦岛津家业被攻灭的话，丰臣家就将拥有掌控天下的实力，我们德川一族再想出头恐怕就是难上加难料。”德川家康郁闷地说。

“无妨。丰臣家虽然可以取得东瀛，却必定无法平定天下。”南光坊天海话中有话地说。

“你是说…”德川家康愁眉一展，似乎想到了什么。

秀吉在完全控制了四国之后，又马不停蹄地开始向九州进军。当时九州萨摩国（鹿儿岛县西部）的岛津义久已经基本要统一九州了。最后还一直在抵抗着岛津军的是丰后的大友宗麟，但由于双方实力对比悬殊，大友眼看着就快要撑不住了。宗麟不得不向中央求援。此时已经被赐姓丰臣的秀吉依旧掷起了他的