一次对高松城的试探性攻击，由于敌军防守严密而失败，秀吉一方阵亡数百人。
经过这次尝试，秀吉认识到如此强攻难以奏效，为减少伤亡，决定使用与鸟取一役中相同的“干杀”战法来对付高松城。经过军议讨论，决定采纳如水的计策：利用高松城海拔较低，东北两方都是山脉，只有西边流过足引川这个地理特征，使用水攻。但实际上想出这个战法的并不是如水本人，而是他的家臣吉田六郎太夫长利。在《吉田大略记》中记载，如水当时向家臣们询问如何攻打高松城，长利说：“在河里用大船载满石头。将石头投入河里，用柴木埋起来，筑成大坝就可以了。”
秀吉很快把本阵移到了高松城东北方的“蛙ヶ鼻”，从八日到十九日，织田军在城南建筑了一条长约四公里，高约七米，上边宽十米，下边宽二十一米的坚固堤防。将四周大大小小七条河流的水引了进来，五月份正是梅雨季节，早晚下个不停的大雨使得堤坝下的水一天高过一天。到了25日左右，城下的民宅已经基本被水淹没。高松城完全孤立了。
五月二十一日，吉川元春和小早川隆景率领毛利援军的前部一万人抵达高松城外围。但由于秀吉早有准备，防守牢固。毛利军虽求战心切，却只得看着湖水一天一天漫上来，自己却无法前进一步。秀吉见毛利已精锐尽出，连辉元自己也亲自上阵了，于是向便向安土的信长去了西进增援的请求，自己也做好了随时与毛利家讲和的准备。
但是就在攻打高松城的过程中，近畿地区突事变。信长在宿营地本能寺被部将丹后国主明智光秀杀害，时年四十九岁。
秀吉听说本能寺的讣告已经是事情生的第二天晚上十二点左右的时候了。如水在秀吉的住处听到了这一消息，当时秀吉正在掏耳朵里的水。如水静静地附在秀吉耳边说了一句：“在这世间，只有贵公才拥有取得天下大权的能力。”
听闻本能寺报告的秀吉决定将消息的真伪放在了一边，先与毛利达成和睦。并任命如水负责与毛利的交涉任务。毛利方的使者是安国寺惠琼。有一种说法，就是惠琼这时候已经知道了信长的死讯，他自愿担任使者的原因，就是为了讨好秀吉，把自己的未来托付在了秀吉的身上。
由于秀吉方在领地问题上做出了重大让步，使整个和睦交涉进行得非常顺利。四日，高松城主清水宗治在接受了切腹以保全守城士兵性命的条件下开城。这一天正午，乘船出现在湖上的清水宗治、他的哥哥月清、难波传兵卫和毛利家将末近信贺等七人一起切腹。秀吉在检过级后四小时开始退兵。如水担心毛利家在得知本能寺之变的消息后会有异变，命令手下将旗帜高高举起，整然列队。秀吉将高松城交给杉原家次守备，全军于六日的未时（下午两点）从高松出，分两路退兵，在夜里来到了备前沼泽。七日强行跨过了正在洪水的数条大河，回到了本城姬路。
担任这次撤退殿后任务的是黑田如水，他在秀吉率主力撤退的时候，一直在蛙ヶ鼻的本阵监视着毛利军的动向，就在秀吉离开高松的当天晚上，毛利方得知了本能寺之变，暴怒的元春想要追击，但被安国寺惠琼和小早川隆景劝阻。六月七日拂晓，如水在确定毛利没有追击的意向后也开始拔阵退兵。黑田军翻越了陡峭的山道，跨过了洪水泛滥的西大寺川，人马都是一身的泥水。终于使秀吉军圆满完成了历史上有名的“中国大返”。秀吉将城里储藏的钱粮毫不吝惜的分给了手下的家臣们，士气得到了极大提高，为信长报仇的战斗马上就要来到了。
在秀吉的“中国大返”之中。如水的智谋得到了充分的挥。如水在撤退的时候，向毛利家借了二十面旗帜，并向小早川隆景借来了旗使和旗奉行。来到备前，又向宇喜多秀家的家老们借了十面旗帜。回到兵库后，如水将旗帜全部打开，张立在秀吉的阵前。这样，在实际的战斗前，敌人就会认为毛利和宇喜多家都站在了秀吉一方，这样，就得到了夺取敌方战意和提高本方士气的效果。后来秀吉听说这件事后，说道：“年轻人总是认为弓矢要胜过计谋。但是在战场上砍下敌人的头只不过是匹夫之勇而已。官兵卫这次的计谋，非是凡人所能及的，这样真可谓是大功一件啊。”(《新订黑田家谱》)
从备中高松急行军赶回姬路的秀吉让士兵们休整了两天。六月九日，秀吉将浅野长政留在姬路，全军开始向京都进，十一日到达摄津尼崎。这时，信长的旧臣有冈城主池田恒兴，堀秀政，高山右近，中川清秀等人前来会合。至十二日晚，陆续汇集而来的兵力已经过四万人，秀吉军在摄津富田扎营，各将领部署完毕。
这时候光秀也迅采取了行动，在本能寺杀死了信长之后，他仅用五天就占领了信长的居城安土，秀吉的居城长浜和丹羽长秀的居城佐和山。但在向近畿诸将出援军要求的时候却受到重大打击。光秀的女婿织田信澄被织田信孝所杀、属下大和郡山城主筒井顺庆采取了观望态度。连最值得依赖的女婿细川忠兴父子也严辞拒绝了光秀的邀请。
在这样的状况下，决定命运的山崎合战于六月十三日凌晨拉开了帷幕。交战的两军都想占领大宝寺这要害中的要害，谁占领了这里，谁就将取得最后的胜利。结果，如水避开了光秀军的主力，抄山路和秀吉的先锋官胁长门守一起夺取了大宝寺。随后，两军就围绕这块阵地的争夺展开激战，光秀的军队最终不敌崩溃，残部向胜龙寺城退却。秀吉认为胜势已立，想从四面包围之，如水急忙向秀吉进言道：“明智此时已到了背水之地，如果被大军四周团团围住的话，士兵们必定会死战到底。如果现在留一个方向不攻，他们必定会从这里逃走……”秀吉接受了如水的建议，故意在战场的北面打开一个口子，光秀军的士兵们果然纷纷从这里逃出城去，光秀眼见城已经不可能守下去了。于是乘夜带着五，六个随从化妆逃出胜龙寺，向近江坂本逃去，在经过伏见山