结果义道最终自害。

义道败死之后，子义定聚集残党逃亡丹后国与谢郡弓木城。天正8年，藤孝军攻入与谢郡，攻打弓木城，后来在明智光秀的斡旋之下将藤孝的女儿嫁给义定，达成了和睦。此后丹后国置于细川氏的支配下，天正9年，义定谋叛的计谋泄露，被诱至细川氏的馆中谋杀。义定之后，叔父义清继任了当主，与细川氏交战，天正1遭到细川氏的进攻，激战的结果，义清在下宫津的海岸战死，一色氏至此灭亡。

另一方面，与义贯同一祖先的一色氏，义贯的弟弟持范于嘉吉元年担任若狭的守护职，后来被武田信贤夺取，经过数代传至藤长时，出仕了足利义昭，后来先后出仕织田信长、丰臣秀吉，被任命为丹后宫津城的城主。

藤长在关原合战时加入了石田三成一方，遭到细川忠兴的进攻而被杀。藤长之子范胜与儿子范规一起跟随了家康而保存了家名，到范规的孙子一代时子孙断绝，所领被没收。

细川藤孝号幽斋、玄旨，通称兵部大辅，精通和歌的儒将，曾著《百人一首抄》，并传下家集《众妙集》。父亲是三渊晴员，他作为细川元常的养子继承细川家，服侍将军足利义辉。义辉被杀后，拥立足利义昭为将军，但最终与其决裂而服从信长，受封丹后田边城。

细川藤孝，幼名吉幕府官员三渊晴员的次男，母亲则是著名学者清原宣贤之女，妻子则是与父亲三渊晴员同为幕臣的沼田光兼之女，其出身与幕府有著千丝万缕的关系。晴员本是管领细川家中细川元有之子来入继母家三渊氏担任养子，在天文九年时晴员奉将军足利义晴的命令让年仅七岁的万吉入继本家，成为亲伯父和泉守护胜龙寺城主细川元常的养子。之於天文十五年元服时拜新任将军足利义辉的本名义藤之藤字改名细川藤孝。

天文十八年，因为三好家迫而逃往南近江受六角氏庇荫的足利义辉与管领细川晴元反攻京都，年方十六的细川藤孝做为将军家的部将也领兵参战，但是仍不敌三好长庆，旋即战败。最是在六角氏当主六角定赖斡旋下终促成义辉跟三好氏的和睦，回到京都的义辉正式举办继承将军位置的仪式，细川藤孝也因此叙任从五位兵部大辅的官位。

出身足利府名门细川家的藤孝也在这段时间向三条西实枝学习和歌、茶道并成为歌道二条流的正统继承人，乃当时唯一拥有古今传授资格的传承者。在京都藤孝除了以文化人闻名外，因为时处乱世肩负一家兴旺重责的藤孝更勤修武艺，藤孝与文人孱弱之形象相左地在武艺一道上也有著不俗的成就，不仅向冢原卜传学习香取神道流的剑术，还从武田信富练习弓马之道并得到了**伯部贞弘的弓术印可。

永禄八年，松永久秀及三三人众联手突袭足利义辉居住的府邸，义辉力战而死。松永久秀拥立义辉的堂弟足利义荣继任为室第十四代将军，但真正应该拥有将军继承权是当时在兴福寺出家的义辉亲弟觉庆，松永久秀等人本想顺便一起对他下毒手但苦於兴福寺拥有极为强大的僧兵武装力量，使他们无法得逞。

虽然觉庆一时间并无生命之忧动却仍受松永久秀等的严密监视，始终忠於幕府的细川藤孝与同僚一色藤长等人於当年七月二十八日冒险将觉庆从兴福寺救出并藏匿於南近江六角氏家臣甲贺和田惟政家中，觉庆也在永禄八年二月还俗改名义秋，之後六角义贤之子义治决意和三好三人众一同进军近江阪本，情势危急的义秋只好逃亡段时间里藤孝一直投奔至若狭守护武田家又转至金崎投靠越前强豪朝仓义景。

不料此时的景正因嫡子之死而意志消沉并无拥义秋上洛的心情，藤孝和义秋便通过和信长有姻亲关系时正在朝仓家仕官的明智光秀接近并投靠了已控制尾张、美浓两国的织田信长。而义秋也在此时改名义昭，永禄十一年义昭在细川藤孝的陪伴下由越前一乘谷出发到达阜，居住於立政寺。原本认为上洛之战必定十分艰辛的义昭等人未料到个月信长便浩浩荡荡地率领大军发动直捣黄龙式的攻击，一路直攻上京都赶走三好三人众等而已与三好三人众反目的松永久秀以及三好义继则先後投降了信长，信长快速且俐落的动作令细川藤孝大感佩服。

在义昭成功当上第十五代军後，细川藤孝随织田军转战大和、摄津，因战功担任回封旧领山城胜龙寺，并同时被任命为幕府奉行众担当各项政事的推动。织田信长在永禄十三年提出的五条条书和在元龟三年向义昭提出“异见十七”对将军的权威严重伤害，双方的对立日益表面化，以足利义昭的家臣身分仕於信长，可说是同时臣事二君的细川藤孝为了安抚两边相对的不满情绪而来回奔走、居中调解，如此亲近信长的行为使义昭对细川藤孝渐生心，认为藤孝已投靠信长，于是对信长不满的足利义昭暗中与武田信玄、本愿寺显如、朝仓义景、浅井长政、比山延历寺、三好三人众等反信长势力组成信长包围网，这时的藤孝果断地离开多年服侍的义昭，转而投靠拥有远见和才干的织田信长。此，细川藤孝便以织田家武将的身份转战畿内，活跃於对本愿寺、纪伊的战场上，後於天正元年细川藤孝积功获得加封山城长冈的领地，改姓长冈，之後更以此为根据攻下淀城。

天正五年，藤孝与织田信忠、羽柴秀吉一同攻陷叛将松永久秀的大和信贵山城，嫡子忠兴也随明智光秀攻入大和片冈城，翌年在信长的促合下让藤孝之子细川忠兴与明智光秀结亲，迎娶光秀之女玉子。然後将细川藤孝、忠兴父子一同被编入明智光秀属下，负责进攻丹波、丹。丹的一色义道曾一度率兵将之击退，细川藤孝遂一面向明智光秀求援，一面暗中收买义道身边的家臣沼田勘解由，於翌年再次攻击一色义道的居城八田城，义道败走至中山城，最後因家臣沼田勘解由的背叛而自杀。由於这样的功劳细川藤