于此，当年九月织田军团团包围在去年曾经庇护过朝仓军的比山延历寺，将全山杀尽，显如也以此为由大肆宣传织田信长乃是佛敌强门徒的战意。对一向宗徒而言，在法主的命令下与佛敌交战而亡乃是一种升华，口念南无阿弥陀佛战死殉道反而是走向西天极乐世界的快捷方式此念在心让显如亲自策动的一向一~格外悍不畏死。要对付信长单单凭靠加强门徒战心的口号并不足够，本愿寺显如比谁都更清楚这一点是襟兄武田信玄成为他首要的求援对象。

1570年，曾与上杉谦信联合对抗武田信玄的关东北条家在当主易位由北条氏康长子北条氏政继承后，重结甲相同盟，北方的强敌上杉谦信也在显如发起越中门徒加以牵制后，武田信玄终于腾出余裕出兵西上不料就在武田军在三方原之战大败织田、德川联军，反信长同盟气势高涨，连足利义昭亦宣告与织田信长为敌的时候，武田信玄病故阵中。东海道上武田军的退却逆转了原本对反信长同盟有利的局势。天正元年，织田信长流放将军足利义昭，浅井、朝仓两家旋踵即灭田军再度攻打伊势长岛，织田军再度因地形战败。

1572年一月，显如为了反制信长，命令坊官下间赖照、七里赖周率领加贺一向一~与不满织田代官桂田长俊暴政的越前一向宗门徒攻打织田方负责支配越前的朝仓降将桂田长俊、沟江长逸、土桥景镜等，将其一一诛杀将越前同样置为门徒领国，显如也随即派遣若林长门守前往越前将当地重新组织以纳入本愿寺的体系之中。同年六月，织田信长三度出兵攻打伊势长岛愿证寺在经历两次战败后信长改变战略，以九鬼嘉隆的水军跟织田军配合分别由水陆夹击杀了一向一~最擅长的地形奇袭，两万长岛一向一~众被逼固守长岛城应战三个月的笼城后一向一~弹尽援绝意图降服，然而长期受到他们困扰的织田信长并不因此甘心，同时也预知日后一向一~定会再次生乱，于是索性大开杀戒将两万一向一~众全部屠杀。

同时在越前方面，作威作福的本愿寺坊官和开始信任手中力量的农民开始发争激烈的争执，不满本愿寺干部专横的农民与坊官、坊主产生内讧，而不属于一向宗体系的专修寺、佛光寺也和反叛的门徒携手对抗本愿寺坊官，织田信长在与高田专修寺取得联系后，命部将柴田胜家、明智光秀、羽柴秀吉等人领兵进军越前，在跟讨伐长岛一向宗一样地封锁了海路的逃亡路线后，三万织田军于八月十五日到达府中讨平当地一向一~，下间赖照被杀。

虽然失去了越前、长岛的门徒，但是对仍然拥有庞大资源的本愿寺而言，织田信长只是斩去了大树的旁枝，主干依然毫发未伤，并且还在继续吸收养分茁壮。但是显如却选择了降服一途，就跟信长一样经过长达数年的征战，本愿寺同样需要时间休养生息，于是显如透过三好康长向织田信长求和，在当年十月二十一日和谈，显如更亲身上京，接受信长招待。

风平浪静之下所隐含的新的暗潮汹涌，谈和不过数月，在显如指挥下本愿寺开始进行笼城准备，粮食跟武器弹药源源不绝地进入库房，同时在石山周围新建了五十一座碉堡城寨，各地门徒也陆续来到，一时竟达到三万之众。同时藉由栖身毛利家的前将军足利义昭的协助与上杉谦信、毛利辉元结盟，再次兴兵对抗信长，在加贺金泽御坊的七里赖周也应显如命令讨取了织田方的加贺松任城主镝木信，并致力于和长年宿敌上杉谦信和解，为日后谦信南下铺路。显如的举动让织田信长不敢坐视，火速发动六万大军就守口、交野、天王寺等地对石山本愿寺展开包围。随后织田军受信长之命进军木津，但是却受到本愿寺方由纪伊来援的杂贺众猛烈反击，这波攻击的主将原田直政也被杂贺众名闻遐的洋枪队射杀，显如趁胜追击让下间赖廉率领门徒一鼓作气急袭天王寺，击败由明智光秀、猪子兵介率领的守军。但是在织田信长亲自坐镇若江城后，情势再度逆转，在明智光秀、松永久秀、川一益、羽柴秀吉的奋战之后一向宗门徒被击败撤退。

此后双方展开激烈的拉锯战长在摄津尼崎、吹田等地纷纷建构城寨对本愿寺进行包围，由宿将佐久间信盛担任军团长负责对本愿寺的包围战。由于本愿寺背后是海，城内有港可以通过海路得到制霸西国的毛利家不断补物资织田军的笼城战得不到显著效果，这跟大坂湾的制海权被控制在毛利家麾下~户内海的三岛村上水军及纪伊半岛由一向宗徒组成的杂贺水军手上是脱不了关系的。所以在荒木村重、别所长治、松永久秀相继灭亡上杉谦信辞世后，本愿寺依然屹立不摇。但是局面已经开始改变，胜利女神的天平渐渐向织田军倾斜。

天正六年，在织田信长大力支持下织田家水军将领九鬼嘉隆成功开发出铁甲船并在木津口大破毛利水军，让本愿寺真正陷入笼城无路的困境。天正八年城内物资完全耗尽，真正弹尽援绝后，信长奏请天皇出面斡旋欲与本愿寺和解，表示只要一向宗门徒放下武器、退出大|、不干涉政治便可以继续传教。清楚理解城中窘境的显如于同年三月接受了天皇的斡旋，在四月初退出石山前

鹭森，不过他的儿子本愿寺教如却坚决反对投降|和了不愿投降的门徒出城与织田军作战，结果完全不是织田军的对手，屡战屡败，终于是年八月投降前去父亲显如所在的纪伊。在教如亦离开石山本愿寺后，石山本愿寺起火燃烧付之一炬。

“本愿寺家终于灭亡了。那么下来的敌人，是越前的朝仓家！”消灭本愿寺家后，织田信长任命柴田胜家为总大将2万大军攻打越前的朝仓家。

虽然织田信长曾经拥有七万大军，但连年的战乱兵死伤无数，现在能够动员的兵力只不过区区两万。这都是因为织田信长残忍暴虐往不允许守城的敌军投降，一旦敌人投降，