水师提督，横行无忌，不加收敛，二人多有冲突。
最值得一提的是，同治九年（1870）五月天津教案发生后，外国列强不断以武力威胁清朝廷屈服。清廷一方面敦促曾国藩尽快处理，一方面开始调兵在京畿和海口布防，以防万一。六月初十，曾国藩到达天津处理教案。六月十四日，内阁大学士宋晋奏道：“和局固宜保全，民心未可消失，欲惩擅杀之罪，必究起衅之根，请饬曾国藩速行查明曲直，秉公办理，以释民疑；以长江水师紧要，请饬整顿。”慈禧太后深以为然，也想趁机将长江水师从湘军将领手中夺过来，急命马新贻以布防的名义整理长江水师，力除废弛。长江水师历来是黄翼升的立身之本，他当然不肯轻易交给对头马新贻来整饬，二人矛盾开始表面化。
六月二十六日，法国兵船进入天津海河。曾国藩闻讯呕吐大作，一病不起。六月二十八日，慈禧太后再发上谕，谕令李鸿章即带军赶赴京畿驻防，命马新贻迅速调动长江水师，安排江苏、上海海口防范事宜。就在马新贻费尽心思地思考如何从黄翼升手中夺过长江水师的指挥权时，他遇刺了。因此不少人都怀疑黄翼升就是刺马主谋，不过联想到黄翼升与曾国藩的关系，没有人敢把这话说出口——黄翼升如果是刺马主谋，难道曾国藩会不知道吗？没有人敢往深层想。
郑敦谨恍然大悟后，又是惶恐又是无奈，不敢再深究下去，于是也如同曾国藩一样，开始做起了表面文章。参加会审的孙衣言、袁保庆看到会审不过是走走过场，将十八名人证点名一次就算审完了，很是不满，多次要求以酷刑逼问张文祥，都被郑敦谨婉言拒绝。而在无聊的审讯和官员们的争辩中，一心要找出真相的孙衣言和袁保庆也精疲力竭了。
正月二十九日，郑敦谨到达江宁还不到一个月，便与曾国藩联名上奏，奏结基本上用的是之前张之万、魁玉的定拟叙述，不过更加详细，取供、采证、行文更加缜密。所不同的是对张文祥的量刑更加残酷，除了拟凌迟处死外，又增加了一条“摘心致祭”，并戮其子。
对于这样照旧糊里糊涂的奏结，参加会审的孙衣言、袁保庆拒绝在上面签字画押，以此表示不满。但郑敦谨、曾国藩均是饱经世故的人物，手段、谋略远比孙、袁二人高明，他们索性在奏结中不提孙衣言、袁保庆参加会审一事，这样根本就无需二人的签名。
在上奏的同时，郑敦谨、曾国藩又抢先将供招抄录分送军机处、刑部存案，造成定案的既定事实。意思很明白，这是最后定案。在奏章外，曾国藩和郑敦谨还特意附了一张“片子”，上面写着：“该犯供词，尚属可信。”与之前张之万、魁玉的用语一模一样。
至此，距离张文祥刺杀马新贻已经有八个月时间。
陆、传闻
刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其说。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。
关于刺马案，民间有多种传闻，众说纷纭，莫衷一是。曾国藩回任两江总督后，竟然也派心腹彭玉麟、赵烈文、吴汝纶等人四下出动，去民间访得这些传闻，作为审案的参考。
流传最广的传闻是马新贻“渔色负友”说。
传闻说，咸丰年间，张文祥与其友曹二虎、石锦标加入捻军，张文祥是个头目。当时马新贻因合肥县失守被革去县令一职。马新贻急于戴罪立功，率领团练与捻军交战。在一次战斗中，马新贻兵败，被张文祥、曹二虎等人活捉。张文祥和曹二虎有意投降清军，便主动与马新贻结为兄弟，随之反正。降军被编为两营，因为马新贻号谷山，称为山字营，张文祥为营官。山字营随马新贻四处作战，屡立战功，马新贻由此不断升官，一路扶摇直上。
这一版的传闻多有漏洞，年份、事迹无一与马新贻年谱和《清史》相符。根据《清史》记载，咸丰三年（1853）马新贻任合肥知县，随钦差大臣袁甲三攻打太平军，多有战功，并没有被革职一说。之后马新贻率军从太平军手中夺回庐州有功，还升任庐州知府。马新贻一生中唯一一次被革职是咸丰八年（1858）任安徽按察使时，在庐州被太平军英王陈玉成打败，但也是革职留任，两年后即重新复官。
传闻又说，同治四年（1865），马新贻升到安徽布政使，已有些看不起张文祥、曹二虎的意思了。曹二虎却不知情，还将妻子接至马新贻的官府居住。马新贻见曹二虎之妻美艳，顿起歹心，设法骗奸。张文祥得知后，告诉了曹二虎。正当二人商议该怎么办时，马新贻抢先下手，一边派曹二虎去寿春镇领军火，一边使人告诉该镇总兵徐周说曹二虎“通捻”。中军官拿着令箭当众逮捕了曹二虎，徐周告知原委后，随即命人在市集将曹二虎公然斩首示众。张文祥侥幸逃脱后，发誓为曹二虎报仇。他用精钢打造了两把短刀，用毒药淬过。每天夜深人静后，叠起三四张牛皮，用短刀去刺，练习刺击的手劲。起先因为手劲不够，难以贯穿。之后天天练习，坚持了两年后，已经可以一刀洞穿五张厚牛皮。张文祥这样做的用意，是假定马新贻身穿革甲，也可以一刀致命。自从功夫练成后，张文祥一直暗中跟随马新贻，先后到浙江、福建、江宁，最终找到机会杀了他。据说马新贻看清凶手是张文祥后，说了一声：“是你啊！”接着便吩咐左右：“不要难为他！”
这种传闻首尾俱全，枝叶纷披，听起来煞有介事。令其真实性得到加强的是乔松年的一首诗。乔松年任安徽巡抚时，马新贻刚好在他手下任安徽布政使。马新贻遇刺后，乔松年写诗吟咏，其中有“群公章奏分明在，不及歌场独写真”之句，显然是讽刺马新贻“渔色”。既然马新贻当时的顶头上司都说他“渔色”了，民间当然就更加信以为真了。马新贻死后不久，他的小妾郑氏在江宁府后院上吊自杀，这小妾便被说成是曹二虎之妻，更成了马新贻“渔色负友”的佐证。而张文祥一击得手，精准地刺中要害，