关键的一点，在于反复强调张文祥行刺马新贻完全是个人行为。报告中，张文祥妻罗氏背夫潜逃确实真有其事。但报告里面有两处明显的矛盾。第一，按照报告所说，张文祥通海盗，本来跟海盗是一伙儿，可马新贻到宁波的时候，他怎么还敢去找马新贻告状呢？第二，既然张文祥的妻子罗氏被人夺走，他为什么不去杀夺妻的吴炳燮，而一定要杀不受理状子的马新贻呢？而最大的破绽就是最后一句“尚属可信”。这封报告是奏结的法律文书，人命关天，竟然用了模棱两可的“尚属可信”，不能不让人疑窦丛生。
(人，)慈禧太后对刺马一案十分重视，不仅仅因为马新贻是她派去两江的心腹，而且封疆大吏死得不明不白，确实有伤国体，倘若不严加追查，此风一开，中外大员必心存顾忌，担心成为马新贻第二，不敢放手办事。对张之万和魁玉精心炮制的报告，慈禧太后相当不满意，对一度寄予厚望的张之万深感失望。处理的办法是，谕令曾国藩速回江宁外，另派刑部尚书郑敦谨作为钦差大臣携随员赴江宁复审。这是慈禧太后表现出的一种强硬姿态，不仅撤换了主审大员，就连司员也全部更换，显示出朝廷要查清此案的决心。
。)派曾国藩回任两江总督，自然隐有安抚湘军的用意。而派刑部尚书郑敦谨同审，就隐有从旁监视的味道了。对此，曾国藩心知肚明。他表面上一路游山玩水，并不着急赶到江宁，其实他内心非常关注江宁的事态发展，非常关心那个背后主使审出来没有。曾国藩抵达江宁后的第二天，张之万便急忙赶来交接案件，当天下午就迫不及待地离开了江宁这个是非之地，赶回清江浦去了。而曾国藩却并不着急审案，整天要么接客聊天，要么翻阅纪晓岚所著的《阅微草堂笔记》。唯一做的一件跟马新贻有关的事情，就是亲自书写了一副挽联：“范希文先天下之忧，曾无半分逸豫；来君叔为何人所贼，足令百世悲哀。”带去吊唁了马新贻一番。
。)尽管曾国藩表面若无其事，但不少人却清楚地知道，他的处之泰然只是一种伪装，他是刻意在拖延回避刺马案。到底是什么原因使得曾国藩如此呢？邓之诚在《骨董三记》中说：“国藩不欲深求，必有不能深求者在。”不能深求者，除了湘军一系的，别无他人。
直到钦差大臣郑敦谨到达江宁的前一天，曾国藩才不得已调阅案卷，记下有关案犯的名字。
郑敦谨，字小山，湖南长沙人，与曾国藩乡榜同年，道光十五年中进士。曾国藩也在这一年参加了会试，不过名落孙山。郑敦谨为人正直，很有清誉。他初任刑部尚书时，山西巡抚赵长龄和藩司陈湜围剿捻军不力，尤其陈湜仗着是曾国荃的姻亲，放任部下危害地方。慈禧太后派郑敦谨前去查处。郑敦谨于大年三十出京，赶往山西，结果按查属实，赵长龄和陈湜被革职充军。郑敦谨自此得了“铁面无私”的称号。由他来江宁审理刺马案，当时是众望所归。他自己也雄心勃勃，一心要把这桩震动天下的疑案审个水落石出，以不辜负“铁面无私”的美名。
接到上谕后，郑敦谨先是入宫请示慈禧太后，随即装束就道，带着刑部满郎中伊勒通阿和汉郎中颜士璋星夜赶赴江宁。伊勒通阿和颜士璋二人曾跟随郑敦谨到山西办案，很是得力。当时正是冬月，大雪封路，为了不耽误时间，郑敦谨一行干脆下轿徒步涉雪而行。由于雨雪阻滞，到达江宁时，正是十二月二十九日，次日便是除夕。
［清朝六部实行满汉分开制，即有一名汉人尚书，就必须有一名满人尚书；有两名汉人侍郎，也就必须有两名满人侍郎。］
郑敦谨到达江宁后，立即会同曾国藩，召集江宁的司、道、府、县各级官员，详细查问案情。孙衣言一心想为马新贻报仇，一上来就侃侃而谈，说：“背后主谋倘能逍遥法外，则天下将无畏惧之心，又何事不可为？所以这一案办得彻底不彻底，对世道人心，关系极大。”机锋一开始就露了出来，这就是“背后主谋”四个字。包括曾国藩在内，官员们都没有说话。
隔了两天，正月初二，郑敦谨便正式开始审案。参加会审的人最初定了六人：钦差大臣郑敦谨和他的随员伊勒通阿、颜士璋；两江总督曾国藩和他委派的江安粮道王大经、江苏题补道洪汝奎。后因为孙衣言、袁保庆二人为马新贻心腹，担心二人不服，将二人也加了进来。
张文祥依旧是那套老办法，信口回答，但遇到紧要关头，便闪避不答。审讯一连进行了十四天，没有任何进展。看到郑敦谨着急了，一直默不作声的曾国藩突然说：“将来只好仍照魁玉、张之万二公原奏之法奏结。”他的语气很平淡，但却透露着不容否认的坚定。
郑敦谨一时呆住，他也是个聪明人，刹那间全明白了，难怪审案十四天毫无进展，一切都是早已经设计好了。
自郑敦谨到江宁后，各方人马纷纷上门拜访：有马新贻四弟马新祐领着他的过继给马新贻的儿子马毓桢来要求钦差大人申冤报仇的；有袁保庆想为马新贻出头来刺探底细的；但更多的却是来游说劝解的，这些人众口一词，说张文祥不怕死，无所畏惧，如果用酷刑逼供，说不定他会胡乱指认，不但无法及时结案，还将导致更多的谣言。又说一旦张文祥被酷刑折磨死，则死无对证，刺马案将成为千古疑案，对不起马新贻的在天之灵。还有些人的话就更直接了，说万一张文祥指认湘军将领，比如长江水师提督黄翼升，到底是相信还是不相信呢。还有更危言耸听的，说万一深入追查引发激变，谁该来负起这个责任。
这里要特别提一下黄翼升。黄翼升不但是湘军将领中的骨干，还与曾国藩有一层极为亲密的私人关系，他妻子奉曾夫人为义母，算起来他就是曾国藩的义子。曾国藩一度置妾，都是交给黄翼升经办。可以说，黄翼升是曾国藩在湘军中最亲信的亲信，最心腹的心腹。不过黄翼升的水师军纪极为败坏，连曾国藩本人都不得不承认说：“余设立水师，不能为长江除害，乃反为长江生害。”马新贻上任两江总督后，黄翼升照旧任他的长江