书的主题思想罩上了一层神秘的面纱，成为了一个至今尚未破解的谜。

书的主体部分是疯子王先生七个具有连贯情节的梦?最后一个梦由王先生的精神病医生、自己也成为了疯子的尚大夫转述　，说的是古老的王村和王、施两姓部落在沦为象征着城市现代文明的王城的属地后，遭遇了天崩地裂的洪水之灾，除了王母、刚刚出世的王先生和少女施青青外，全体罹难或自杀身亡。王先生被带到王城当作王子抚养；王母一心复仇、毁灭王城，进城寻子；施青青在与王子几番邂逅、几番错过后，最终成为整个王城的性偶像；王城自倪大雨?大禹　以来历九十九代，在王先生的养父倪九十九一朝统一了全世界，也统一了全人类的语言，并用王村地下的棺材板建通天塔，以便让爆满的人类向天堂发展；王先生继位后，为了拯救人类而毁灭人类，颁布“如梦令”，推行“无后教”，禁止生育，鼓励自杀，同时加紧修建通天塔，以便上天堂求上帝赦免人类；但真正毁灭人类的还是施青青的美色，以及她最后的脱衣舞?“湿婆之舞”　卷起的狂风；正当王城和通天塔在肉欲的疯狂中毁灭之际，梦游回来的王先生悟到了“失明方能复明”、“毁灭而后得救”的道理。在“尾声”中，不死的王母终于死了，但在盖棺论定之后，居然又从黑暗中孕育出了一代新的生命，这新的阳光下的新人类和原先的人类相比，不仅体型只有原先的九分之一，而且都有一条长长的尾巴，显然是一种返祖和退化现象。这一结尾真是对全书主题的一个绝大的反讽。

已经有论者看出，书中的“王先生”在其游历中“也时刻修改和发展着自己的思想”，即从“请求上帝赦免人类的罪”，到相信“上帝救不了人类，拯救人类的只有人类自身”，即相信每个人凭自己的瞬间现在的独特性即可自救；到了“尾声”中又为之一变，产生了一个以新代旧的“乌托邦”?李静：“终极追问——《通天塔》游记”，载《通天塔》附录四，中国工人出版社２００２年１月，３４０页，下引此书只于引文后注明页码　。但既然“尾声”中的这一变化是对前两个阶段的完全否定?或否定之否定　，那么它就表明：原来人类根本就没有什么毁灭，也没有什么拯救，而只有退化，或者说，退化才是拯救。从文化意蕴上说，第一阶段大致相当于基督教的原罪说和拯救说，第二阶段大致相当于佛教的自性成佛或顿悟说，第三阶段则相当于老子的返朴归真说。其实，这所谓三个“阶段”也只是本书的真正主题逐步自觉显露的阶段，这个主题即庄子“梦蝶”式的相对主义、虚无主义，它是全书的基调或背景，正是它，使得基督教的救世情怀、佛家的当下解脱和老子的返朴归真都扭曲成了一幅疯狂的漫画，形成了一场又一场的“白日梦”。

疯子王先生的叙述一开始，就在一篇演说中指出了世道的疯狂，并宣称自己的使命是“我将敦请救世主重新降临这个世界”，因为上帝其实并没有死，而“只是病了”，是被世人的疯狂感染了，只有世人改邪归正，上帝才会痊愈，而世人“才可能得救”(６页)　。这里面的确包含有李静所指出的一个“谁拯救谁”的“悖论”(３３８页)　，已经暗中埋下了相对主义的根。宫廷小丑王八传播“祸音”道：“天国远了。地狱近了。大祸就要临头了。凡信奉上帝的。就不要在这世上留下后代。因为时间不多了。当那时候。怀孕的和奶孩子的有祸了。使人怀孕和使人奶孩子的有祸了……”王八相当于《圣经》中的先知“施洗约翰”的身份，这些话显然是模仿《圣经》的?《马太福音》第３、２４章　，只不过与《圣经》上的话反着说。如“福音”改成“祸音”，“救世”改成“灭世”，“天国近了”改成“天国远了”，“天地要废去，我的话却不能废去”改成“人们说天地不会废去，我的话却要废去”，诸如此类。但细究之，这种改动并不完全违背基督教的意思。基督教的确是在传播“祸音”、“危机意识”，鼓励人们弃绝人世，这样才能因祸得福。基督教也如王八一样，不是来救这个世界的，而是要来灭这个世界，“因为只有灭了这个旧的。才能重造一个新的”(１７６页)。然而，基督教中的这种毁灭与创造、有祸与有福、尘世与天国的关系是一种向上超越的关系，王八却是从相对主义的“内在超越”式的轮回来理解这种对立的。所以他对王先生即倪世遗　道：“在我停止的地方。就是你开始的地方。你将要离开这里。然后再回到这里。你从哪里来。也要回到哪里去。你将看到一切丑恶和不幸。因为只有充分认识这个世界的丑恶。才能充分认识这个世界的美丽。”(６７页)福音书的基本精神遭到了篡改：不是要抛弃尘世升入天国，而是要离开尘世又回到尘世，在地上建立天国，达到佛家“见山还是山、见水还是水”的大觉悟境界。于是，王先生就从基督教的“灭世”转入了佛教的“救世”：“我当然不是什么灭世主。我是来救世的。我决不能让王城毁灭。我更不能让人类毁灭。”(１７８页)对人类，他怀有慈悲心，但救人类的方式，却是以国王的身份发布行政命令：“永远取消狂欢节”，“鼓励自杀，严禁行医”，“立无后教为国教”，“不得擅自生育”等等(１８０页)。这一系列尘世的拯救措施与佛教的厌弃生命、跳出轮回的说教类似，但仍然缺乏佛教的精神上的超越。王先生的理想只不过是造成联系人间和天堂的“通天塔”，使人能够自由来往于天地之间，也就是使天堂也变成人间，“恢复失去的乐园”(１４０页)。无疑，佛教对绝对真理?“真如”　的信念，在书中一开始就受到了老庄相对主义和怀疑论的侵蚀，因而王八的被不断强调的一句名言是：“一切真如都是假如”。其实这句话也完全可以反过来说：一切假如都是真如。这就是中国化了的佛教——禅宗的精神。所以，当王先生看出创造世界和毁灭世界的反复折腾都失去了意义基础(２０５页)，因而他的天堂梦和上帝梦彻底破灭之后，当他把“使所有的梦想破灭”当作自己“惟一值得追求的梦想”(２０９页)之后，他就放弃了世俗的权位而出走了。他在盲无目的的漫游中悟到，“每一个时刻都是独特的。每一个瞬间都是完美的。每一个刹那都是永恒的。过去没