队由自己全权负责。
李世贤部队在进攻过绩溪后就撤回浙江进行休整了，在精简兵员，改善武器，建立了政治工作制度，部队将领成批到军校进行短期学习，同时又补充了大量军事、政治学校毕业学员后，到了半年后这支部队与左宗棠以前部队一样，除了最高层主将没有更改，其他一点以前痕迹都没有了。并且下级全部换了一遍，可以说李世贤就是突然想反悔，他除了自己连一个士兵也不可能带走。在七月份李世贤的部队进行了整编，十万大军只保留了三万六千人，编成两个主力师，其他人要么到湖南种庄稼，要么到广东当工人，还有部分素质比较好的编入到其他主力部队中去。改编后南方集群与东方集群的编制被撤消，两个集群合编成解放军第三集团军。
根据地在通过香港进行货物进出口后，因为有了充足的原材料，军工厂很快恢复了原有的生产速度，并且极大地提高了武器装备的生产能力。这方面从美国过来的赫尔做出了杰出的贡献，在过来时，他的家族将大批生产工具走私过来，在安装后，很快就投入了生产，为此赫尔荣获了根据地颁发的银质杰出贡献奖章。
有了充足的弹药，部队的扩充就有了保障。现在根据地拥有长江以南半壁江山，人口达到一亿两千余万，加之太平天国王爷将自己的士兵“卖”给了政府，在合格兵员方面根据地用不着发愁。到了七月，除了将李世贤的部队改编成两个师，杨沪生同时还将自己的两个军编成两个集团军，五个主力师扩大为五个军，下辖十个师，以前的旅长都成了师长。至于机动旅，在改编后编成八个乙种师，乙种师每师只辖三个团，在支援重武器方面不如主力师。
调到湖南的荣一师改编略晚于其他部队，不过在扩充后荣一师成了模范军，下辖三个模范师，他的编制、规模、武器装备均远远好于其他部队，其他各师只装备了一个多管机枪营，而每个模范师却配备了一个水冷式机枪连，其他师还有大量的前装火炮，而模范师已经完全后装线膛化了。
石达开的西方集群改编最晚，过程也最复杂。石达开的部队毕竟没有经受过西方军队战斗洗礼，他的部队中除了抬枪、火枪，大量的武器还是原始的大刀长矛，对新式武器他们不向左宗棠、李世贤心情那么急迫。同时石达开虽然加入了解放军，可他对解放军中那一套还是心有疑虑的，石达开认为所谓的政委制度，这是杨沪生、史秉誉剥夺自己掌握军权的一种把戏——例子是有的，赣州那些整天无事可做、醉生梦死的前王爷就是接受了政委后所得到的回报，也许这些王爷喜欢过这种花天酒地、无忧无虑的日子，可这决不是他石达开。于是杨沪生再三要求石达开将部队完全解放军化，可每次都被石达开婉言谢绝了，不光政委制度，根据地其他地方官员制度在石达开控制区同样得不到贯彻实施，四川一时仿佛成了石达开的独立王国。
对石达开杨沪生还是比较客气。毕竟人才难得，有些事情杨沪生也就睁只眼闭只眼，只要石达开能按照要求，在战略上与其他各战区紧密配合，杨沪生也就觉得心满意足了。
石达开虽然兵多将广，可杨沪生也知道他的那些兵并非强到让自己害怕的地步。与赖汉英会师后石达开部队达到了四十万，但这支部队光靠四川粮食是远远不能养活的，还必须从湖南朝石达开供应粮食。同时四十万大军中，真正有火器的不足三万，石达开要是造反，不要说自己的十个师，就是动用左宗棠那三个师也足以将他平定了，当然能不造反是上上之策。
一直拖到十月份当天气凉爽，进入金秋后，石达开的西方集群才编成了一个师，就是这个新编的师连政委都没有配备，可以说还是旧式军队，只是挂了现代化师的招牌而已，真要想让它在战场上担当起与其他主力部队一样的职责，这是杨沪生根本不指望的。既然石达开没有将部队按照解放军制度整编，他的西方集群也就没有改编成集团军，还是外甥打灯笼——照舅。
黄翼升的海军到了一八六五年底新增加了两艘千吨级军舰，分别被命名为“卫青号”“霍去病号”。这两艘军舰均按照郑和号设计来制造，只是在蒸汽机方面加大了马力，最高航速提高到十一节。吸取了“郑和号”的教训，同时现在洋面上运送物资的主要是英国与西班牙商船，为了不刺激英国人，海军虽然多了两艘远洋军舰，可这两艘军舰自从建好后就一直停泊在马尾水面上，配合炮台守备福州，不再出洋进行破袭战了。至于百吨左右的小吨位兵船，黄翼升舰名册中新增了二十艘，这些船大多数都是赣州造船厂与星子造船厂制造的。船速慢，火力不强，防备落后是它们的通病，这些船只能用于鄱阳湖防卫，让它们出去寻找法军扬子江舰队交战，在马垱追歼战后大家得出了一致结论——让百吨兵轮过去，简直是自杀行为。几百吨浮动炮台还在建造，但造的不多，虽然浮动炮台皮糙肉厚，经得住敌人重炮轰击，可它上面安装大马力的蒸汽机却是一个很大的问题，没有大马力发动机，这种浮动炮台航速极为缓慢，就跟铁乌龟似得，简直是在爬行。浮动炮台作为要地防守不错，真要进攻中使用，它是永远追不上敌人的。何况虽然敌人炮弹打不穿浮动炮台的装甲，可多挨上几发，里面的水兵震也要震死了。总不能眼瞅着敌人打自己，自己却不能追上去将敌人揍进水里吧？只要浮动炮台动力问题不解决，慢腾腾的炮台就永远无法用于进攻！现在英国人已经私下里签订了友好通商协定，扬子江面虽然还有英国军舰，可他们不会再配合法国海军进攻湖口了，让法国海军单独进攻湖口相信他们也没有这个胆子，既然如此浮动炮台的建造自然让位给更加继续的项目了。
与海军相比较，林忠的空军扩军很快，到了一八六五年底，空军已经拥有了一百艘飞艇，并且飞艇还进行了分