台列举了很多个方面的事由，以证明张居正是个根本无视祖宗之法的人。这些事例之中，最严重的包括任用人才上的擅权、创设考成法的变法等。最后，我们关心的问题来了：刘台直指张居正为官腐败，作风不清廉！他的理由是张居正为“规利田宅，则诬辽王以重罪而夺其府地”，而且“起大第于江陵，费至十万，制拟官禁，遣锦衣官校监治，乡郡之脂膏尽矣”。总之，在刘台看来，张居正的贪污，“不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙”，原因是张居正没有当多久首辅，就“富甲全楚”、“宫室、舆马、姬妾、奉御，同于王者”。他的话语里有猜测的成分，因为他只是疑问为何张居正上台不久就很有钱了。所以，为了让神宗相信，刘台还讲到了自己和张居正的师徒关系，说自己对张居正本来很感恩，只是由于“君臣谊重，则私恩有不得而顾也”，因而“敢讼言攻之”。
刘台的上疏自然让张居正感到震惊和沮丧。自己是刘台的老师，前朝虽然有过学生弹劾老师的事情，但是从明朝开国二百多年以来，还从来没有这样的事情发生，却被自己给遇上了，这对于张居正无疑是一个很大的打击。除了震惊之外，张居正还觉得非常沮丧，自己虽然斥责了刘台，可是他显然没有明白自己的良苦用心，竟然上疏弹劾，用语极其歹毒，一副准备置自己于死地的样子。自己的学生不能理解自己，还要反咬一口，不能不让张居正觉得沮丧！
然而，刘台的上疏已经到了明神宗的手里，张居正还是要想法回应神宗的。自己身为老师，的确不适宜太过于动怒，也不适宜强加辩驳。于是，张居正再跟神宗见面时，就说了这样一番话：“依法，巡按御史不得报军功；去年辽东大捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼时臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。后来御史傅应祯妄言下狱，请旨穷诘党与，当时并不知道刘台和傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄自惊疑，全不顾忌，对臣泄恨。二百年来，没有门生弹劾座主的故事，如今臣惟有一去以谢刘台。”
短短几句话，既道明了事情的起因，也道明了自己的态度。最厉害的是，张居正搬出了要辞官不做的法宝，这自然能够让神宗又担心又同情！于是，明神宗起身扶起了跪在御座前面，眼泪簌簌直下的张居正，并亲切地对他说：“先生起，朕当责台以谢先生。”
张居正这时的态度异常坚决，他回到家后，仍然上疏请求神宗允许自己辞官。越来越担心张居正会走掉的神宗，只好小心翼翼地下旨慰留：“卿赤忠为国，不独简在朕心，实天地祖宗所共降监，彼谗邪小人，已有旨重处，卿宜以朕为念，速出辅理，勿介浮言。”
或许这次张居正受的刺激的确太大了，虽然明神宗已经表明了站在他这边，永远支持他的态度，但是张居正还是觉得，刘台是自己的学生，就连学生也不能理解老师的意图了，自己就算是留下来，还有谁能够明白自己的用心呢？这是不利于今后自己的行政管理的！于是，张居正在收到神宗慰留的圣旨后，再次上疏表明自己的去意：“然而臣之必以去为请者，非得已也！盖臣之所处者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣为擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也则福也。自今以往，将使臣易其涂辙，勉为巽顺以悦下耶，则无以逭于负国之罪；将使臣守其故辙，益竭公忠以事上耶，则无以逃于专擅之讥。况今谗邪之党，实繁有徒，背公行私，习弊已久，臣一日不去，则此辈一日不便，一年不去，则此辈一年不便。若使臣之所行者，即其近似而议之，则事事皆可以为作威，事事皆可以为作福，睊睊之谗日哗于耳，虽皇上圣明，万万不为之投杼，而使臣常负疑谤于其身，亦岂臣节之所宜有乎？此臣之所以辗转反侧，而不能不惕于衷也。伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归，以解群议：博求廊庙山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而又无恶于众者，在皇上任之而已。”（《张文忠公全集·被言乞休疏》）张居正说自己的处境其实是非常危险的，因为他处理的是皇家的事情，是在代皇上说话，因此有人说自己是作威作福，试想整天纠缠于皇家事务的人，自然不是威就是福了。因此，自己以后只要改革，就会有人说是违背祖宗法令；自己以后只要遵照既有制度管理，就会有人说是专权。而且，现在这样的人已经越来越多了，只要自己在一天，这些人就会觉得不便，就要想办法除去自己。而且由于自己处理的事务本来就很容易被人说成是作威作福的事情，因此张居正希望神宗能够明察，免得损害了自己的名节。现在，就让自己离开这个是非之地吧！
张居正说得也有道理，只要有人要鸡蛋里面挑骨头，就算是自己的言行有那么一点点的遭人怀疑，就会被说成是犯了滔天大罪，神宗就算是在支持自己，也不能帮助自己卸掉身上的疑谤，因此还不如离去。对于这样的请辞，神宗自然不会同意：“卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所能动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉终先帝顾托，勿复再辞。”（《张文忠公全集·被言乞休疏》）神宗的意思很明显，他认为张居正身负国家重任，自然吉人天相，不会遭到『奸』邪之人的危害的。而且他也非常信任张居正，不是随便哪个人就能说动他的。
不仅如此，神宗还派了司礼监太监孙隆前往慰留，并降手谕劝张居正不必介意“畜物”之言，“只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重”。此外，还赐了一些酒食。
皇帝都把话说成这样了，张居正哪里还有请辞的理由？其实，张居正是不可能走的，因为他是那样的热爱权力，权力可是自己实现抱负的工具，岂能说丢掉就丢掉，那可是自己打拼了很久才如愿以偿得到的。只不过，这次他遇到的问题太严重了，他不得不出此苦肉计，进一步争得神宗的信任。他在回复神宗赏赐的上疏中说：“夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特