潞王道奏请各库铜铁废器易值，审核内府匠作冒滥，裁减司牲冗员，万历元年(1573)六月，当吏部提出起复前南京兵部尚书刘采(1500，1573)等九十三人时，万历便提出一定要慎选毋滥，未予全部起复，他也觉得起复如此多的浮员，不一定是件好事，应慎重对待，万历三年二月谕令吏部，南京职务清简，官不必齐备，先朝就有一人兼掌六部的，自后南京官员出缺，非紧要的不必推补，万历八年(1580)六月，因沿边增设的兵备守巡及武职参游过滥，便下诏革去编制十七个，当年，甲字库太监王效等称阙岁额银珠等料，户部提出登基诏中，尽停不急之务，请令各监局所造器用，量为停罢，万历应允。
裁撤冗员是历朝历代坚持不懈的工作，出现这种情况的原因很简单，执政的时间长了，历史遗留问題就会多起來，他们可能在过去的岁月里为国家做过贡献，立过各种功劳，皇帝不能卸磨杀驴呀，保留他们的待遇，在政治方面有好处，偌大的一个国家也不在乎多几双筷子嘛，但明朝存在一个奇特的现象，自迁都北京以后，中央政府都有两套机构，北京中央政府有什幺机构，南京一个不少，南京的机构只是摆设，并沒有任何的实权可言，是个休闲养老的处所，不过，既然有人有机构政治待遇是不能少的，财政就需要多付出一笔银子，国家财政就是收入再多也不够支应这这些不必要开支的。
在中国几千年來都是“学而优则仕”，学生们苦读十年，头悬梁锥刺股，含辛茹苦，参加科举考试，一朝中举，光荣地走向仕途，明代的选举法，大体上包括学校、科目、荐举、铨选四个方面，科举必由学校，学校起家又可不由科举，随着时间的推进，日积月累，一些未走向仕途的生员越來越多，自嘉靖以后，生员中有的并无实学，每年要享受国家的俸禄，享受减免家人税收赋役的减免特权，除了少数考上进士，成了官员的，许多生员就开始不求上进，饱食终日，游手好闲，在地方上形成了一种恶势力，刁泼无耻，恣意非为，被称为学霸，一些提学官也无卓行实学，务为虚谭贾誉，担任儒学教官的往往是些衰老贫困之人，成了养老济贫之地，滥竽充数，通过张居正的奏疏和讲官的反复开导，万历认识到了问題的严重性和危害性，便大力支持张居正整顿学校，大刀阔斧的改革学政，裁剪生员，使学风得到根本的好转。
整顿学政是张居正一手策划的，除了势在必行不整顿不行了，为国家、为老百姓减轻一些不必要的负担，也有私心，他对这些生员和学官们越來越深恶痛绝，如刺在喉，恨不能将他们赶尽杀绝，万历初年，高拱专横，让李太后和万历心神不宁，坐立不安，张巨正和冯保联手将高拱打到，窃据了首辅的大位，实现了他的抱负，张居正上任以后励精图治，锐意改革，以雷霆之势，铁的手段，进行了一系列的改革，触动了大地主大官僚的根本利益，朝廷大臣和士绅们极为恼火，一时间，舆论哗然，反对张居正的声音日益高涨，一些人利用学校这块阵地频繁聚会大肆褒贬时弊，对张居正的改革进行无端的攻击，越來越强烈，张居正非常恼火，要借这个机会合理合法的整治他们，要剥夺他们享受的一些福利待遇，省得他们吃饱了喝足了无事生非，胡说八道，你过了嘴瘾，我断你的生活來源，看谁狠。
明王朝历來都是重文轻武，到了万历时期，边备松驰也日益严重，军队长时间不训练，而政府在困难的时候连粮晌都不能保证，纪律涣散，战斗力日渐丧失，旧的问題已经得到解决，新的问題又随之而來，各地的农民暴动不断，先后有四川有都掌蛮的起事，广东罗旁徭的起事，在辽东，小王子和建州王杲部众十余万人也屡次入侵，朝廷用四川巡抚曾省吾(1532，?)、总兵刘显(?，1581)去平都掌蛮，调兵部侍郎凌云翼提督两广军务，讨平海寇林凤，进征罗旁、河池诸徭，为了对付这个局面，万历召宣大总督王崇古入为戎政、兵部尚书，起复兵部侍郎方逢时，总督宣大、山西军务，王崇古，字学甫，号鉴川，山西蒲州人，方逢时，字行之，号金湖，湖广嘉鱼人，都是嘉靖二十年(1541)的进士，俺答封贡时，他们一为宣大总督，一为大同巡抚，是他俩一道奏请促成并具体贯彻有关封贡事宜的，让他俩一主内一主外，也正是用之所宜，是一个绝好的搭配，另一项举措就是以抗倭第一名将而威震天下的戚继光(1528，1587)，总理蓟州、昌平、保定三镇练兵之事，抗倭名将戚继光先后在镇十六年，边备修饬，军纪严明，致使插汉土蛮与朵颜狐狸二部，屡欲入犯而不敢，继任者踵其成法，积钱谷、修险隘、练兵马、整器械、开屯田、理盐法、收塞马、散叛党，使蓟门数十年相安无事。
隆庆驾崩，留给万历的是一个烂摊子，财政危机直接影响到朝廷的安全，国家机器的运转，张居正采取量入为出、丈量土地、推行一条鞭法等经济改革措施，催征田赋和清理逋欠，规定隆庆改元以前的逋租，悉予蠲除，四年以前的免三征七，对拖欠七分的，每年带征三分，如果地方田赋不能如数征解的，唯当地官员是问，抚按听纠，郡县听调，将历年的欠税都收上來堵塞漏洞，增加国家的财政收入，也是无奈之举，对地方上缴的税负也作了很大的让步，充分考虑到一些确实存在的因素，中国是个中央集权的国家，国家的实力强大与否，朝廷的权威与财力不可分割，一旦发生战争、自然灾害，都需要国家用财力说话，藏富于民固然在理论上无可厚非，明朝的土地财富都集中在少数大地主，大官僚手里，他们靠瞒报，偷税漏税积累了大量的财富，国家有事绝不会把一根汗毛，朝廷的税负又不能少，地方政府就把这部分负担转移到无地的小民头上，劳苦大众不堪重负，生活日益艰苦，才有此无奈之举。
万历厉行节约，在节支上下功夫，改革驿递，改革学政，消除奢靡之风，可省则省，可罢则罢，这法子也沒有什幺稀奇的，沒有高深的理论，都知道，有的官员可能也实行过，但都沒有坚持下來，成为制度，坚持不懈，但确实是有利的，效果是