也愈加混乱、复杂，日、俄等国的势力逐渐深入其中。1912年7月第三次“日俄密约”签订时，两国相互承诺，“俄国承认日本在东北的特殊利益，日本承认俄国在外蒙古和西蒙古地区的利益”。这个条约，仅仅是俄日两国划分势力范围，俄国对于外蒙古地区的觊觎，是从来毫不掩饰的，频频利用清朝驻库伦办事大臣和外蒙古诸王公的矛盾，积极策划外蒙古从中国分离。

　　俄国所进行的策划，最为主要的借口便是清朝当局对于在漠北蒙古人中享有至高无上地位的哲布尊丹巴活佛的不尊重。这倒也不完全是捏造，自1840年以后，哲布尊丹巴八世没有一次被清廷召见，而在他之前的五十年，历任哲布尊丹巴活佛没有受过一次朝廷的褒奖。朝廷的态度也影响了驻库伦办事大臣对于哲布尊丹巴的态度。1878年，新被任命为办事大臣的满人大臣志刚，刚一到任，便要求废除以往办事大臣谒见哲布尊丹巴时的叩拜礼，并要求哲布尊丹巴站立起来迎接。如果不从，便要上奏朝廷，让朝廷来解决。几经交涉，志刚终于同意哲布尊丹巴不用起身迎接，但也从此免除了叩拜之礼。以后的办事大臣也都遵循此例。

　　这个问题现在看起来感觉无足轻重，但对于当时的外蒙古地区的蒙古人简直是不可忍受，而对于哲布尊丹巴自己，也视之为耻辱。

　　基于以上的问题，我们就不难理解在1911年辛亥革命爆发前夜，有18名蒙古王公在库伦附近的博克多乌拉山中举行秘密会议，所通过的向哲布尊丹巴八世递送的呈文内容了：

　　‘我们的确再不能忍受满清办事大臣和官员们的贪欲，以他们对我国权利的掠夺了。虽然，努力争取独立和保护我们的黄教与国家是必要的，但是如果没有外国的援助，要独立将是困难的。因此，我们将派特使去我们的北方邻邦俄国，并以友好的方式阐述这些事实，请求它考虑给我们援助。杭达多尔济亲王、大喇嘛车林齐密特和官员海山已被任命为特使。‘（希.散达格《蒙古政治外交》第1卷，第244页，1971年乌兰巴托版）

　　这个呈文，明白的说明要“争取独立”，原因是清朝对外蒙古“权力的掠夺”和要“保护我们的黄教”。

　　而在独立政府向内蒙古王公发出的第一次《檄文》中也说：“现值南方大乱，各省独立，清皇权势，日就凌夷。国体变更，指日可待”；“我蒙古亦应联合各盟，自立为国，以便保我黄教，而免受人权力压制之苦。自应协力同心，奋勉图维”

　　在第二次《檄文》中又说：“现南路敌人，行将举兵来伐，即应妥为防守，以固疆土。凡交界关卡之处，须不时细心巡查，免贻祸患。相应飞咨喀尔喀连界之锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭盟长等，及阿拉善王查照，传饬所属各旗传谕各游蒙各沙毕奴仆等，如何定居？黄教如何扶持？各情形具闻，当奉法旨。非图独立，继难生存。” （《民国经世文编》第十八册）。

　　强调的也是“以便保我黄教，而免受人权力压制之苦” ；“黄教如何扶持”的问题。

　　这与1913年10月10日，西藏地方政府驱逐清朝驻军后，由噶厦政府签署的一份表明西藏立场的文件内容有异曲同工之妙：

　　“满族皇帝与保护神五世达赖喇嘛之间的关系已成为师徒试的关系。当时中国政府的唯一目的即是为今世和来世积德，他们帮助和优荣历代达赖喇嘛，礼通各寺院的喇嘛。这样的情谊使两个国家像同一个国家的兄弟一样团结起来。西藏人并不在意他们与中国的边界，因为他们认为中国人所有的行为都是对西藏友好的。然而，中国皇帝逐渐丧失了对佛教的信仰，对珍贵的保护神达赖喇嘛也不大尊敬了。后来，中国驻藏大臣及他的下属官员和军队对珍贵的达赖喇嘛就谈不上尊敬了。……西藏人民终于彻底绝望了，不得不起而反抗，并以中国人的失败而告终，由敦尔喀驻藏官居间调停停战，缔结媾和条约，规定中国官员和军队撤出西藏，从海路返回中国。……”

　　清朝皇帝把信仰黄教的蒙古人和藏人分成四大教区，前藏、后藏、内蒙古和外蒙古，在雍正时正式确定，分别由达赖喇嘛、班禅额尔德尼、章嘉呼图克图、哲布尊丹巴呼图克图四大活佛执掌，并规定不分高低，各掌其事。上面引用的外蒙和西藏两份文件，都是举出清廷对于荒郊大活佛的不尊重，失去了这些地方黄教信徒的信任，从而引发了分离运动。

　　诚然，这些放在表面上的原因，还可以看成是“借口”，但对于外蒙古的王公和人民来说，却是再充分不过的。西藏的分离，与英国的努力分不开，而外蒙古的分离，也与俄国的努力分不开。

　　1911年７月，以哲布尊丹巴活佛为首的外蒙古王公，以会盟为名，在库纶召开四盟王公秘密会议，决定实行外蒙古独立，并派遣以杭达多尔济、达喇嘛车林齐密特为首的代表团密往俄京圣彼得堡请求俄国政府“庇护”，“接纳喀尔喀于俄国保护之下”。7月30日，杭达多尔济率领一个代表团带着哲布尊丹巴呼图克图向俄国“要求武装援助”（阿.波波夫《沙俄与蒙古》，见《红档》杂志第6卷，1929年第37期）的信件去俄国首都彼得堡。8月15日，代表团抵达彼得堡，经与沙皇尼古拉二世和俄国内阁总理大臣商谈，沙皇政府于８月１７日举行的远东问题特别会议决定：“帝国政府……不承担以武力支持喀尔喀蒙人脱离中国之义务，而是居间调停，通过外交途经支持蒙人捍卫独立之愿望，勿与其宗主国君主清朝大皇帝脱离关系。”会议还允诺“将支持他们为捍卫喀尔喀之独特制度，同中国人进行斗争”。

　　1911年10月10日武昌起义爆发。11月中旬，杭达多尔济一行赶回库伦，密谋宣布外蒙古独立，组成以杭达多尔济为首的临时总理蒙古国务衙门。11月30日，杭达多尔济等人，向清朝驻库伦办事大臣三多提出最后通牒，宣布“将蒙古全土自行保护，定为大蒙古独立帝国，公推哲布尊丹巴为大皇帝，不日登极”，要三多立刻出境。

　　据中文史料记载：在农历十月“十四日，三多见蒙人无加害之意始由领事馆雇车数量，逃至恰克图。恰克图署任章京见三多至，再三挽留，不令其去，三多坚执不从，遂乘俄国火车，逃归奏天，旋又逃至天