只能作罢。1924年9月3日江浙战争爆。孙传芳率军越过仙霞岭进攻浙军侧背。由于浙军第二师生内讧卢永祥被迫放弃浙江将浙沪联军总司令部移驻上海龙华。9月17日孙传芳为闽浙巡阅使兼浙江军务督理。由于浙军作战不力孙传芳军得以长驱直入9月25日占领浙江嘉兴。1o月12日占领上海龙华。卢永祥宣布下野江浙战争结束。这一仗孙传芳不仅获得了物产丰富的浙江地盘还收编了4个师1个混成旅成为一个有军事实力有地盘的大军阀。

1924年第二次直奉战争以直系失败告终。段祺瑞入京成立临时执政府。

孙传芳当即致电表示拥护段政府。

1924年12月11日段祺瑞下令免去直系齐燮元江苏督军职又密令陈乐山赴松江复任第四师师长职于是引起孙传芳的疑虑认为这不利于他在浙江的统治乃于1925年1月2日率军攻占松江逼近上海。1月5日和6日又接连通电反对奉军南下并与齐燮元组织江浙联军孙传芳任联军第二路总司令。11日两路军队夹击占领上海。13日又占领苏州。

1925年1月14日孙传芳、齐燮元联名通电：愿意撤退上海地域内所有两省驻军废除护军使及镇守使名目反对以后再设此类军职。15日段祺瑞下令裁撤淞沪护军使以上海为永不驻军及设置军事机关地区。16日任命孙传芳督办浙江军务善后事宜。

1925年1月17日奉军占领镇江不久克无锡、上海。28日齐燮元通电下野逃往日本其部队为孙传芳接收。2月3日孙、奉双方签订江浙互不侵犯的和平公约。5日孙军全部撤出上海但奉军根本没有撤军诚意故上海为奉军所掌握。

1925年5月3o日上海生五卅惨案。为镇压人民革命运动奉军源源不断开来。此时孙传芳也派第四师谢鸿勋部回驻松江。江浙形势再次紧张。1925年1o月8日孙传芳在杭州召开有安徽、江西、江苏、福建、浙江五省代表参加的会议讨论出兵讨奉任务。决定成立浙闽苏皖赣联军建立五省联盟孙传芳自任总司令。1o月1o日孙传芳以国庆阅兵为名向江苏松江、长兴集中。

1o月16日浙奉战争爆。孙传芳出其不意先制人动猛攻奉军杨宇霆部急忙撤退。孙传芳夺得松江、上海后才与夏、周荫人联名表通电以奉系在上海驻兵为借口出兵讨奉。奉系没有料到孙军进攻神害怕分散被围乃决定保全实力放弃江苏、安徽两省将奉军集结于徐州伺机反扑。

1o月17日孙传芳抵达上海。鄂、皖、赣三省直系军阀和地方军阀纷纷通电响应孙传芳讨奉并电请吴佩孚、孙传芳共同主持讨奉大计。

奉军退据徐州分三路防守孙传芳的联军亦分三路进攻。1o月3o日孙传芳下令向徐州起总攻。11月2日两军激战于安徽蚌埠以北的固镇。孙军先败后胜杀张宗昌的白俄兵3oo多人奉军前敌总指挥、济南镇守使施从滨亦被俘枪决。11月5日孙传芳下令向徐州动第二次总攻奉军为保存实力退走山东。8日孙传芳在徐州召开庆功大会意态骄盈不可一世。

11月25日段祺瑞任命孙传芳为江苏督办邓如琢为安徽督办。但孙传芳根本不承认段的任命反以五省联军总司令的名义任命陈调元为安徽总司令王普为安徽省长陈陶遗为江苏省长。这是孙传芳军阀生涯最得意的时期。

1926年7月广东国民革命军誓师北伐。吴佩孚在两湖战场连连败退多次电请孙传芳派兵支援但孙按兵不动。直到吴佩孚败退河南孙传芳才出兵迎战。

9月3日国民革命军第十四军赖世璜部向赣州起攻击第二军亦自南雄攻入江西开辟北伐第二战场。此时孙传芳约有16万兵力分为6个方面军。6日北伐军攻克赣州孙传芳却要北伐军撤。7日孙传芳又致电蒋介石限北伐军24小时内全部撤回广东。当时孙传芳的兵力主要集中在江西的南昌、九江、南浔路等重要地点司令部设在九江江面的轮船上。11月2日北伐军在南浔路起总攻。4日占领九江。8日攻占南昌。孙传芳部溃不成军孙本人于7日狼狈逃回南京。

南昌失利后孙传芳见北伐军势不可挡乃于11月18日改名化装乘普通客车由南京抵天津拜见张作霖向张乞授认错表示东南大局静听张作霖主持。孙传芳还与张学良拜盟认张作霖为义父。张作霖大喜过望表示不计前仇并邀孙传芳参加正在召开的军事会议。孙传芳在会上建议组织讨赤军统率办事处推张作霖为全国讨赤总司令。会议决定让张宗昌率直鲁联军援孙孙传芳让出江苏、安徽的北部给直鲁联军。

12月1日张作霖在天津蔡园就任安总司令。8日孙传芳任安副司令。

孙传芳南返指挥部队回浙江摧垮了国民党人蔡元培等人搞的“浙江自治”。12月23日下令取缔江苏、浙江、安徽三省联合会缉拿蔡元培等7o余人。

1927年1月25日蒋介石在南昌召开军事会议确定长江下游作战方案决定先取杭州、上海消灭孙传芳主力会师南京。2月18日北伐军入杭州3月4日孙传芳在安徽的驻军倒向北伐军。14日北京政府海军总司令杨树庄宣布归附国民政府就任国民革命军海军总司令派三舰驶离九江会攻南京。18日孙传芳从南京逃到扬州。东南五省割据局面宣告结束。1927年5月22日孙传芳受南京国民革命军第一路何应钦军的进击弃扬州退到海州。6月11日孙传芳和张宗昌联袂到北京参加张作霖召集的军事会议提请张作霖就任安大元帅自己取消“五省联军”称号。7月15日孙就任安第一军军团长。

8月13日孙传芳乘国民党内部宁汉对峙乃集中兵力大举反攻占领淮阴、淮安、蚌埠、菏泽。17日尾随南京国民党的败兵进到浦口江边并炮击南京城。23日孙传芳军开始进攻南京。26日孙部三个师强渡长江占领栖霞山、龙潭车站断绝南京、上海间交通。29日孙又调兵5万到龙潭同南京国民党军激战。31日孙军在龙潭惨败被俘士兵3万余人、师旅长以上高级军官数十人伤亡无数枪支损失4万余枝。孙本人则化装成士兵逃到扬州。

9月15日奉系将领举行军事会议决定孙传芳负责津浦路防御特许孙传芳招兵买马扩充实力以与该地区冯玉祥军对峙。

1928年2月12日张作霖任命孙传芳为山东督办。4月南京国民政府再次动北伐孙军