对称病不出进行消极抵制。8月29日袁将其免职并软禁。

袁世凯称帝激起全国人民的强烈反对1916年3月22日袁被迫取消帝制。为了加紧对南方用兵他只好启用段祺瑞。4月22日袁世凯任命段祺瑞为国务卿兼6军总长。5月8日撤销政事堂恢复国务院和总理名称段为国务总理。但袁对段并不放心对段提出的国务院秘书长人选及裁撤总统府机要局、统率办事处、军政执法处三机关的建议不但不采纳反而暗嘱梁士诒以掣其肘。这更加深了段的怨恨对当时军事政局的变化也不尽心去办。5月12日段下令中国、交通两行停止兑付现金促使人们对袁更加不满。袁在内外交困中于6月6日病死。

袁世凯一死段祺瑞即以现任国务总理掌握国家实权。就在袁死后几小时段表他与徐世昌拟定的《袁大总统遗令》宣告依据《中华民国约法》以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。命令一公布当即遭到南方各党派的反对他们认为《中华民国约法》是袁世凯私造的约法不应执行；黎元洪应照民国元年的《中华民国临时约法》“继任”大总统根本不是“代行”的问题。南北双方展开了新旧约法之争拉开了护法运动的序幕。正当南北双方争执陷于僵持状态时海军突然宣布独立段祺瑞不能不有所戒惧于6月29日接受南方条件遵行《中华民国临时约法》。新旧约法之争告一段落。黎元洪继任大总统旧国会继续开会段祺瑞重新被任命为国务总理。紧接着颁布一系列法令改各省督理军务的将军为督军督办民政的巡按使改称省长。并宣布惩办帝制祸释放政治犯等。

不久段祺瑞和总统黎元洪生争执。最初主要表现在总统府和国务院的权限问题上。1916年8月下旬总统府提出《府院办事手续草案》规定总统得随时出席国务会议总统对国务院议决的事及任免官吏可以退回再议。段祺瑞不能容忍黎元洪插足国务院乃以辞职相威胁最后府院双方议定了几条折衷办法：总统不出席国务会议但国务会议议事日程先期呈阅国务会议记录随时呈阅；总统对国务会议议决的案件如有不同意见可让总理及有关领导说明情况如说明后总统再不满意可交回复议一次。此后黎段矛盾有所缓和。双方的矛盾还表现在关于中国参加第一次世界大战问题上。1917年2月美国政府因德国派潜艇封锁公海影响到它的对外投资宣布对德绝交。4日照会中国政府拉拢黎元洪希望与美国步调一致并表示愿借款给中国作参战军费以摆脱日本的控制。当时段祺瑞也想对德宣战企图利用参战勾结日本借款练军扩充实力。日本也表示支持中国对德宣战。后美国现中国对德宣战将有助于日本扩张在华势力乃又转而指使黎元洪抵制中国参战。黎元洪也怕段祺瑞在参战名义下壮大实力对己不利于是接受美国要求反对对德绝交宣战。黎元洪、段祺瑞各自的态度反映了美、日帝国主义的不同要求。3月3日段祺瑞在日本支持下操纵内阁通过对德绝交案。4日段率内阁成员到总统府要黎元洪在对德绝交咨文上盖印交国会通过并电令驻协约国公使向驻在国政府磋商对德绝交后的条件。黎元洪接受美国要求拒绝签。当晚段祺瑞上书辞职出走天津以示反抗。后经冯国璋“调停”约定今后内阁确定的外交方针总统不再反对。由于黎元洪让步段祺瑞在3月6日复职。接着段密电各省及驻外公使说明黎元洪已同意内阁的对德外交方针。不久众参两院分别通过对德绝交案。

对德绝交案公布后段祺瑞积极准备对德宣战以乘机扩充武力。对此全国各方面人士纷纷通电反对。但段一意孤行召集各省督军到北京开会组织“督军团”说明参战的目的在于取得日本的借款与军械以加强北洋派实力。段的外交方针获得督军们的支持。5月1日国务会议通过对德宣战案。7日对德宣战案提交国会。1o日国会开会审议参战案。段祺瑞为迫使国会通过参战案采取伪造民意的办法用钱雇来北京城内的军人、警察、乞丐、扛夫和失业游民3ooo人组成各种名目的“请愿团”在6军部人员的指挥下手执小旗散传单包围国会达1o小时之久当场殴打议员打伤2o多人胁迫议员立即通过宣战案。议员们十分气愤宣布停止开会。段的目的没有达到便决定解散国会改制宪法。国会则呈请黎元洪免去段的国务总理职务。黎元洪利用人民反段的要求在美国支持下23日下令免去段祺瑞国务总理兼6军总长职。段以总统令无总理副署为由不予承认并赴天津策动督军团解散国会。同时派代表去江苏徐州与张勋联系“合作”驱黎。

5月29日安徽、河南通电宣告独立。随后浙江、山东、山西、福建、陕西等省纷纷响应宣布独立。研究系议员对黎元洪罢免段祺瑞采抵制态度。31日汤化龙辞去国会众议院议长。在北洋各省督军和研究系政客的抵制下黎元洪于6月1日召张勋入京“共商国是”。张勋则以解散国会为进京条件。12日黎元洪下令解散国会。14日张勋到北京。7月1日张勋拥清废帝溥仪复辟。2日黎元洪躲进日本使馆同时电请冯国璋代行大总统职务任命段祺瑞为国务总理。

段祺瑞阴谋促使张勋解散国会、待推翻黎元洪的目的达到后又摇身一变打起了反复辟的旗号。7月3日段在天津马厂举兵讨伐张勋自任“讨逆军”总司令。4日段又联合曹锟通电宣布张勋八大罪状。5日段祺瑞就任总理。12日“讨逆军”分三路攻入北京。张勋复辟失败。段借反复辟捞到了“再造共和”的政治资本。

7月14日段祺瑞入京黎元洪通电去职。8月1日冯国璋入京代理总统。4日国务会议通过对德宣战案。14日布《大总统布告》正式宣布中国加入协约国对德、奥宣战并声明废除与德、奥两国所订的一切条约。对德宣战后段为壮大自己实力公开进行卖国活动。8月1o日成立了以亲日派6宗舆为总裁的中日合办中华汇业银行作为日本向中国投资的机关。自1917年8月至1918年9月段先后以善后借款、银行借款、