钦一面调兵支援一面接连会晤美国、比利时、日本、意大利外交使节谋求外交解决。4月底至5月初何应钦与日军谈判停战事宜与蒋介石、汪精卫等频繁交换意见接受蒋、汪对日妥协的指示。5月17日何通过助手熊斌和北平政务整理委员会委员长黄郛与日军进行谈判。31日签订《塘沽协定》。9月下旬何应钦派兵围攻扼杀冯玉祥领导的察哈尔民众抗日同盟军。1935年1月31日何应钦指示第二十九军第三十七师参谋长张樾亭启程赴大滩（今河北沽源县内）。2月2日与日军代表谷寿夫在大滩会谈口头答应日方无理条件成立“大滩口约”。3月27日国民党中央政治会议决议特任何应钦等为陆军一级上将。5月29日何在北平居仁堂第一次接见日本华北驻屯军司令官梅津美治郎的代表、华北驻屯军参谋长酒井隆及日本大使馆副武官高桥坦开始何梅谈判。6月4日、9日又两次与酒井、高桥谈判口头承诺了日方提出的全部条件。7月6日为答复日方6月9日提出的备忘录给梅津美治郎一个打字油印书面便函承认“6月9日酒井参谋长所提各事项均承诺之。并自主的期其遂行特此通知”1。这一纸便函连同日方6月9日提交的备忘录所提的九项条件及三项附带条件史称《何梅协定》。11月国民党在南京召开五大何应钦在大会上报告塘沽协定、河北事件、张北事件处理经过。继续当选为中央执行委员。12月何应钦继任军政部长。

1936年6月两广事变生。9月何应钦奉派为广州行营主任负责处理两广善后事宜。12月12日张学良、杨虎城动西安事变。何应钦在家中召集国民党要人会商对策。当晚11时半出席国民党中央常委会临时会议及国民党中央政治委员会会议。两会作出决议：行政院由孔祥熙副院长负责军事委员会会议由冯玉祥副委员长及常务委员负责指挥调动军队归何应钦负责。并决定由国民政府表对张学良的褫职严办令。16日推何应钦为“讨逆军”总司令由国民政府明令“讨伐”张、杨。17日何应钦就职并任命刘峙、顾祝同为“讨逆军东、西两路集团军总司令”同时下令中央军向前推进国民党空军轰炸渭南等地。18日蒋鼎文携带蒋介石令何应钦暂时停战的手谕抵南京。何应钦命令国民党空军暂停轰炸但仍不放弃“讨伐”主张。25日在蒋介石接受联共抗日的前提下张学良送蒋介石回南京西安事变和平解决。29日何应钦“讨逆军”总司令部撤销。

1937年7月7日日本侵略军动芦沟桥事变。中国全面抗战开始。7、8月间何应钦在南京主持国民党军事机关长官汇报会议研究对日抗战问题。8月6日何应钦兼任第四战区司令长官。12日国防会议在南京举行议决以军事委员会为抗战最高统帅部分设军令、军政、经济、政略、宣传、组训等部何应钦仍任军政部长。13日日军进攻上海。1o月3o日国民政府表迁都重庆宣言。

1938年1月1o日国防会议特任何应钦兼军事委员会参谋总长24日何应钦以高等军法会审审判长身份判处在山东抗命不战而退的前第三集团军总司令韩复榘死刑在汉口执行枪决。4月下旬主持江防会议并参与指导徐州会战。6月中旬参与指导武汉会战。11月25日出席第一次1转引自熊宗仁：《何应钦传》上册山西人民出版社1993年版第378页。南岳军事会议。是年冬何应钦依据南岳军事会议决定提出军队整顿方案着重编成、装备、技术三项要求加紧实施增进军队战斗力。

194o年3月2o日主持全国第三次兵役会议。1o月19日与白崇禧联名表皓电限八路军在黄河以南部队于11月底撤至黄河以北；新四军在长江以南部队撤至长江以北。12月8日何应钦出齐电次日又下达“展限命令”要黄河以南的八路军、长江以南的新四军务于12月底前分别撤至黄河以北和长江以北。并在此前已部署顾祝同、上官云相在皖南伏击北移的新四军。1941年1月4日顾祝同、上官云相伏击新四军皖南部队及军部共约9ooo余人制造了皖南事变。4月9日何应钦在西安召集高级将领商讨包围陕甘宁边区事宜。5月1日滇缅公路管理委员会正式成立何督饬努力打开滇缅交通准备接运美援物资。1o月出席第三次南岳军事会议。12月8日日军偷袭珍珠港美国海军基地太平洋战争爆。12月23日蒋介石在重庆召集中、美、英各国军事代表会议何应钦出席会议通过《远东联合军事行动初步计划》。

1942年1月3日盟军中国战区成立蒋介石任最高统帅；何应钦命令中国远征军开赴缅甸协防。4月16日何在中央广播电台以《中国必胜》为题向沦陷区同胞表广播讲话呼吁沦陷区同胞在敌后组织游击队奋起抗敌。19日指导入缅远征军攻克缅甸仁安羌击破日军救出被围之英军9ooo余人。1943年2月至3月初何应钦由渝飞印度视察中国驻印度远征军在新德里表演说检讨战局并与驻印英军司令官举行谈判。4月5日三民主义青年团召开第一次全国代表大会何应钦到会表《建国与青年》的演讲。5月7日美国总统罗斯福决定颁赠何应钦司令勋章及奖状后由史迪威代为颁赠。1o月18日出席蒋介石邀集的英、美高级将领蒙巴顿、史迪威、索姆威尔等人参加的会议共同商讨军事合作及对日作战计划。1944年1月2o日何应钦指导缅北会战中国远征军攻入胡康河谷。4月至8月日军为打通大陆交通线动“一号攻势”国民党正面战场出现了抗战以来的第二次大溃败。9月上旬何指导桂柳会战并亲赴贵阳指挥贵州保卫战。至1o月桂林、柳州、南宁相继失陷。11月2o日何任中国战区中国陆军总司令同时辞去军政部长兼职。12月2日独山沦陷何应钦指挥汤恩伯部向日军反击。6日克三合8日克独山使贵阳转危为安。25日中国战区中国陆军司令部在昆明成立。28日行政院训令贵州省党政统归何应钦指导。

1945年1月2o日中国远征军克滇西重镇畹町。次日何应钦抵畹町前线视察。3o日中印公路重开。2月28日何应钦偕总司令部顾问美军作战司令麦克鲁少将飞抵缅北战场与印缅战区盟军司令索尔顿将军晤商中美作战联系诸事宜。3月15日何应钦偕麦克鲁将军视察滇南各部队。4月9