渡赤水战役，摆脱了国民党军队的围追堵截，使红军由被动转为主动。红一方面军和红四方面军会师后，中央决定共同北上抗日，张国焘拒不执行中央决定，妄图分裂党和红军。朱德对张国焘的分裂活动进行了坚决而有理、有节的斗争，维护了党和红军的团结。当张国焘攻击中央北上方针是“逃跑”，并要朱德对此表态时，朱德表示中央北上抗日的决定，我是赞成的、拥护的，我举了手的，我不能反对我亲自参加作出的决定。如果硬要我发表声明，那我就再声明一下，我是坚决拥护党中央作出北上抗日的决定的！张国焘不顾朱德等人的反对，另立“中央”，多次强迫朱德断绝和的一切关系。朱德说你可以把我劈成两半，但是你绝对割不断我和的关系。他团结广大干部战士，坚决维护中央的正确方针，为实现一、二、四方面军会师西北，作出了重要的贡献。
抗日战争爆发后，红军改编为国民革命军第八路军，朱德任总指挥（后改称第十八集团军，任总司令），于9月率领八路军开赴华北抗日前线。他同周恩来与第二战区司令长官阎锡山达成协议，八路军进行独立自主的山地游击战，在有利条件下配合友军进行运动战。他亲自部署八路军一一五师在平型关与日本侵略军作战，取得消灭日军一千多人的胜利。月，太原失守，华北抗战进入了以领导的抗日游击战为主的阶段，朱德率领八路军总部转战华北，宣传的抗日主张和统一战线政策。利用国共合作的有利时机，积极做上层人士的统战工作。他鼓励阎锡山坚持抗战，同卫立煌多次长谈。卫立煌对八路军十分钦佩，保持了友好关系。
938年初，朱德发表了《论抗日游击战争》一书，对抗日游击战争的意义、性质、作用及战术原则等问题作了全面论述。这是指导抗日游击战争的一篇名著。4月，和彭德怀指挥根据地军民胜利地粉碎了日军3万余人对晋东南抗日根据地的九路围攻。使以太行山为依托的晋冀豫抗日根据地得到进一步的巩固和发展。
939年冬，国民党顽固派掀起第一次，朱德率领山西和河北广大军民予以坚决的反击，打退了这次，稳定了华北局势。从此，华北敌后抗日根据地得到迅速发展，成为长期抗战、夺取最后胜利的重要战略基地。940年5月，朱德由华北前线返回延安，协助指挥全国的抗日战争。为了打破日本侵略军和国民党顽固派对陕甘宁边区和各抗日根据地的经济封锁，克服严重的经济困难，朱德参加领导大生产运动，亲自到南泥湾勘察，提出“南泥湾政策”，指示部队在不影响战斗、训练的情况下，实行垦荒屯田，发展生产。943年5月日，朱德发表文章，号召建设“革命家务”。这一主张有力地推动了大生产运动的发展。
945年4月，在第七次全国代表大会上作《论解放区战场》的军事报告，对中国领导武装斗争特别是抗日战争的经验作了系统的总结，规定了人民军队的建军原则和人民战争的作战原则；规定了养兵、带兵、练兵、用兵以及政治工作等一系列方针政策；还规定了人民军队今后的任务，指出八路军、新四军与一切抗日友军要准备在抗战后期，实行从抗日游击战争到抗日正规战的转变，以迎接抗日战争的大反攻。月在七届一中全会上当选为中央政治局委员、中央书记处书记。
抗日战争胜利后，针对国民党反动派蓄意挑动内战的阴谋，他参与制定“向北发展，向南防御”的战略方针，以及调整战略部署、编组野战兵团、实行战略转变等一系列重大决策。94年月，蒋介石发动全面内战后，朱德任中国人民解放军总司令，协助指挥全国的解放战争。947年3月，同等组成中央工作委员会前往华北，进行中央委托的工作。到达晋察冀后，介绍各个解放区战场所取得的胜利和打胜仗的经验，帮助晋察冀部队整编，克服缺点，提高战斗力，以适应战略进攻的需要。他亲临前线，指导解放石家庄的战役，这是自解放战争以来，第一个攻克的敌军坚固设防的城市，为打攻坚战开创了范例。这期间，他还对冀中地区的经济工作进行了考察，撰写了《对冀中经济工作的意见》。在解放战争战略决战阶段，他协助组织和指挥了辽沈、平津、淮海三大战役。949年3月，出席党的七届二中全会，会后随中央和人民解放军总部进驻北平。4月，和联名发布《向全国进军的命令》，命令中国人民解放军“奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立与完整”。
中华人民共和国成立以后，朱德任中央人民政府副主席、中央人民政府人民革命军事委员会副主席和中央纪律检查委员会书记。950年0月，他参与制定“抗美援朝，保家卫国”的决策，并亲自进行战前动员。在他担任中央纪律检查委员会书记期间，反复强调，不论在党内，在军内，每个员都要自觉地遵守党的纪律，以保证党的路线、方针、政策的贯彻实行。纪律检查工作，要以思想教育为主。953年月，在第二次全国纪律检查工作会议上作《过渡时期党的纪律检查工作的任务》的报告，指出“我们在今后相当长的时期内处在同资产阶级又合作又斗争的复杂环境中，因此我们仍应时刻提高革命警惕性，并进一步巩固和纯洁党的组织。”在以后的许多重要场合，他多次指出加强党的自身建设的重要性，要求党的干部坚持群众路线，反对官僚主义；坚持民主集中制的集体领导的原则，反对分散主义和个人专断的倾向；坚持发扬民主，反对压制民主的倾向；坚持正确的党内斗争，反对过火的党内斗争。他特别强调“党能否保持巩固的统一和团结，实际上是一个关系到革命成败的问题”。
954年9月，在第一届全国人民代表大会上，当选为中华人民共和国副主席、国防委员会副主席。后中央决定组成新的中央军委，朱德任军委副主席。955年9月，被授予中华人民共和国元帅军衔，一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章。
朱德对人民军