合和斗争两方面的政策，阐述了抗日根据地内党的各项具体政策。94年月，蒋介石集团制造了震惊中外的皖南事变，成为第二次的顶点。起草《为皖南事变发表的命令和谈话》，揭露国民党破坏抗战的阴谋，提出解决皖南事变的十二条办法。接着，又起草《打退第二次后的时局》和《关于打退第二次的总结》两个党内指示，全面分析蒋介石集团抗日和的两面政策，重申对顽固派斗争的有理、有利、有节的策略原则。943年5月，国民党顽固派乘共产国际宣布解散的机会，叫嚣解散中国，并调动军队，密谋发动第三次。7月，为《解放日报》撰写题为《质问国民党》的社论，揭露顽固派的阴谋，要求撤退准备进攻陕甘宁边区的国民党军队，号召制止内战危机。与此同时，发起陕甘宁边区大生产运动，号召“自己动手，丰衣足食”，制定了“发展经济，保障供给”的财政经济工作总方针。
从942年春开始，领导全党开展了整风运动。94年5月，在延安干部会议上作《改造我们的学习》的报告，反对主观主义，力倡实事求是的、理论和实际相统一的马克思列宁主义学风。同年9至0月，主持召开中央政治局扩大会议，总结党在第二次国内革命战争时期特别是其后期的历史经验，强调要反对主观主义和宗派主义。他先后主持编辑《六大以来》和《两条路线》两部重要的党的历史文献集，对分辨正确路线和错误路线的是非，统一全党的认识起了重要作用。942年2月，作《整顿党的作风》和《反对党八股》两篇重要讲演，号召全党反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风，切实开展普遍的马克思列宁主义的教育运动，明确提出整风运动有两条宗旨，第一是“惩前毖后”，第二是治病救人。同年5月，中央政治局决定成立以为主任的中央总学习委员会，领导整风运动。在同年2月开始的审查干部工作中，一度发生“抢救失足者运动”的错误。及时纠正这一错误，保证了运动的健康发展。944年4月至945年4月，领导起草《关于若干历史问题的决议》，并对决议稿进行多次修改，加写了一些重要的内容。945年4月，六届七中全会通过《关于若干历史问题的决议》，表明全党在马克思列宁主义基础上，对第二次国内革命战争时期党内出现的各次“左”倾错误，特别是以王明为代表的“左”倾冒险主义，达到了一致认识，全党空前一致地认识了代表的路线的正确性。945年4至月，在延安主持召开七大，致开幕词（《两个中国之命运》）和闭幕词（《愚公移山》），并向大会提交《论联合政府》的政治报告，阐述了中国关于打败日本侵略者、建立新民主主义的中国的纲领和政策。大会确定思想为全党的指导思想，选举产生新的中央委员会。在七届一中全会上，选举、朱德、、周恩来、任弼时为中央书记处书记，为中央委员会主席。主持召开的七大，以团结的大会、胜利的大会载入党的史册。
抗日战争胜利后，发表《抗日战争胜利后的时局和我们的方针》的讲演，提出针锋相对，以革命的两手反对反革命的两手，争取国内和平与民主的方针。945年8月28日至0月日，他亲赴重庆，同蒋介石进行和平谈判，国共双方正式签署了会谈纪要（即“双十协定”），将中国人实现和平民主的诚意昭示于全国。94年月，蒋介石发动全面内战。为中央起草《以自卫战争粉碎蒋介石的进攻》的党内指示，并在同美国记者斯特朗的谈话中提出“一切反动派都是纸老虎”的著名论断，指导全党树立战略上藐视敌人、战术上重视敌人的思想。在作战原则上，提出“集中优势兵力，各个歼灭敌人”，“以歼灭敌军有生力量为主要目标，不以保守或夺取地方为主要目标”。人民解放军遵循这些原则，经过8个月的作战，迫使国民党军放弃全面进攻，转为集中在山东和陕北实施重点进攻。到947年月，人民解放军在一年内共歼灭国民党军2万人，打退了国民党军的战略进攻。抓住敌我力量消长的关键时机，果断作出刘邓大军千里跃进大别山的战略决策，并令陈（赓）谢（富治）大军挺进豫西，陈（毅）粟（裕）大军进入豫皖苏，以“品”字形阵势实施外线作战，将战争引向国民党统治区域，使人民解放军主力转入战略进攻。同年0月0日，起草《中国人民解放军宣言》，明确提出“打倒蒋介石，解放全中国”的口号。同年2月，在陕北米脂县杨家沟主持召开中央会议，在向会议提交的《目前形势和我们的任务》的书面报告中，指出人民解放军转入战略进攻，这是一个历史的转折点；总结人民解放军长期作战的经验，提出十大军事原则；阐述了新民主主义的政治、经济纲领，强调普遍彻底地解决土地问题是战胜一切敌人的最基本的条件。此后，以相当大的精力研究解决党的各项具体政策和策略，纠正“左”的偏向，先后起草《关于工商业政策》、《关于民族资产阶级和开明绅士问题》等党内指示。948年4月，在由陕北东渡黄河前往华北的途中，发表《在晋绥干部会议上的讲话》和《对晋绥日报编辑人员的谈话》，强调正确执行党的政策的极端重要性，提出土地改革的总路线是“依靠贫农，团结中农，有步骤地、有分别地消灭封建剥削制度，发展农业生产”，提出新民主主义革命的总路线是“无产阶级领导的，人民大众的，反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义的革命”。948年四五月间，在河北阜平县城南庄主持召开中央书记处会议，听取粟裕等的汇报和意见后，决定暂不渡过长江作战，尽可能多地歼敌主力在长江以北地区。还向全党发出“军队向前进，生产长一寸，加强纪律性”的号召。
948年秋，人民解放战争进入歼灭国民党军主力、夺取全国胜利的决定性阶段。这年9月，主持召开中央政治局会议，提出建设五百万人民解放军和从根本上打倒国民党反动统治的总任务，要求各战略区打更大规模的歼灭战，在长江以北歼灭国民党军重兵集团。运筹帷幄，从948年9月至949年月，同周恩来、朱德等组织指挥辽沈、淮海、平津三大战役，歼灭国民党军54万人，大大加速了解放战争的