年新的革命高氵朝终于到来。这年1o月在杭州陆军小学任教的陈独秀得到武昌起义消息后即推动当地党人响应并写革命檄文多篇到处张贴使官吏闻之悚然。杭州光复后他又参加安徽的斗争并在胜利后先后出任安徽都督府秘书长、秘书、顾问等职。

在任秘书长期间陈独秀曾提出一系列改革措施铲除旧官僚制度改善人民生活企图以猛药治痼疾遭到群僚的抵制而失败。二次革命起他协助都督柏文蔚制订反袁大计起草安徽独立宣言。但是又很快失败他被通缉再次亡命上海其安庆的家被抄两个儿子延年和乔年也逃到沪上投靠父亲。这时的陈独秀由于不断遭到挫折和失败陷于彷徨和苦闷之中生活也几近“静待饿死”的境地。

1914年7月陈独秀应章士钊之邀去日本协助编辑反袁杂志《甲寅》。11月他在该刊第一次用“陈独秀”笔名表了《爱国心与自觉心》一文在思想界引起强烈反响。该文认为近世国家是“为国人共谋安宁幸福之团体”而如今中国民无建设这种国家的“自觉心”袁政府又滥用国家威权进行种种卖国害民的罪恶活动因此他认为“恶国家甚于无国家”；“瓜分之局何法可逃亡国之奴何事可怖”。文章表现了作者强烈的忧国忧民的爱国主义思想、急切盼望出现一个“为国人谋幸福”国家的心情阐述了建设近世国家关键在于提高国民“自觉心”的观点。但是由于该文采用了“故作危言以耸国民力争自由”的“正言若反”的表达方法引起了不少人的误解。他们纷纷投书《甲寅》诘问“以为不知爱国宁复为人何物狂徒放为是论”。陈独秀不屑回答读者的责问但是他却从中悟出几年来革命屡起屡折、不能救亡的根源在于国民在孔教和宗法制度的毒害下的愚昧和落后中国的出路先要进行一场文化思想革命。从何入手应该从办一份鼓吹新思想的杂志入手。而这个新思想就是使西方国家繁荣富强的资产阶级民主主义。他十分自信地对人说：“让我办十年杂志全国思想都全改观。”

1915年9月15日陈独秀在上海创办了《青年》杂志（第二年起改名为《新青年》）。他在刊词中高举科学和民主两面大旗向传统儒家伦理宣战以图从改变国民性入手造就一代新青年。他提出新青年的六条标准是：自主的而非奴隶的进步的而非保守的进取的而非退隐的世界的而非锁国的实利的而非虚文的科学的而非想象的。从此在全国掀起了一个以批判孔教、批判封建宗法制度、争取个人自由权利为中心以振兴中华为目标的近代中国启蒙运动。

由此陈独秀名声大作1917年1月蔡元培三顾茅庐聘其为北京大学文科学长以帮助他对这个封建文化堡垒进行改革和整顿。陈独秀即把《新青年》移到北京以北大为阵地先后联络有文学改良思想的胡适提出“打倒桐城谬种和选学妖孽”而“在寂寞里奔驰的猛士”钱玄同有辩证法思想呼唤“青春之国家”的李大钊以“只手打孔家店的老英雄”著称的吴虞被鲁迅称为“好伙伴”、“活泼、勇敢的战士”、提倡文章分段和用标点符号的刘半农以及鲁迅等人组成一个以他为主帅的新文化运动的强大阵营。他们在批判儒家纲常学说、进行伦理革命的同时还进行了文学革命和教育革命。陈独秀在胡适文学改良倡议的基础上表《文学革命论》提出更加激进的反封建的文学主张：推倒雕琢的阿谀的贵族文学建设平易的抒情的国民文学；推倒陈腐的铺张的古典文学建设新鲜的立诚的写实文学；推倒迂晦的艰涩的山林文学建设明了的通俗的社会文学。在教育方面北大的改革特别是陈独秀主持的文科改革也取得了很大的成绩。他们批判摧残青年身心健康、只顾个人升官财而与社会脱离的旧式教育鼓吹“取法西洋”实行现实主义、惟民主义、职业主义、兽性主义（意志顽狠体魄强健独立自主、顺性率真）的教育方针。

陈独秀起的新文化运动在全国生了很大的影响到五四时受陈独秀和《新青年》的帮助和影响而出现的宣传新思想、批判旧传统、谋社会改造的刊物达数百种进步社团也有三四百个。

但是陈独秀指导这个运动的哲学思想是“优胜劣汰”的进化论和形而上学认为中国衰落是自己不长进与帝国主义无关因此他们不提反帝口号。运动初起也不干涉现实政治企图把运动局限在文化领域里。然而政治却要来干涉它。先是受到冲击的保守势力孔孟之道的卫道士们勾结反动政府对陈独秀和《新青年》横加压迫。陈迎接挑战坚决反击并表示为了拥护民主和科学“一切政府的压迫社会的攻击笑骂就是断头流血都不推辞”。同时围绕着1918年第一次大战结束后巴黎和会的召开维护中国权利的斗争尖锐起来。于是陈独秀把文化运动与政治斗争结合起来由启蒙走向救亡。

1918年12月陈独秀与李大钊等人一起创办了直接干预政治的《每周评论》并把收回战败国德国在我国山东的权利问题作为报道和评论的重点。他写的刊词和《除三害》等文章明确提出了外求独立内反军阀独裁的主张。大战结束时他曾对西方民主国家特别是高喊以和平、民主、平等原则来处理国际问题的美国总统威尔逊抱有很大的幻想认为“公理战胜强权”的时代到来了。但是1919年4月当闻知巴黎和会在英法美操纵下决定把原德国在我国山东掠夺的权利交给日本、北京政府也准备接受时陈独秀无比愤慨怒质“公理何在”嘲笑威尔逊是“威大炮”号召人民起来“直接行动”捍卫国家主权。

5月4日一个以收回山东权利、惩办三个卖国贼为目标的爱国运动终于在北京爆很快席卷全国。反动政府严厉镇压爱国学生前仆后继。6月9日在斗争最激烈的时刻陈独秀和李大钊等草拟了《北京市民宣言》提出更激进的口号指导运动向纵深展。

11日陈独秀带着自己印刷的“宣言”到前门闹市区散被暗探逮捕。这引起社会的强烈反响许多团体和名流纷纷奔