城并解了汉城一百余日的重围。接着清军向喀什噶尔进剿叛军“闻风逃散”喀什噶尔回城收复。倭里罕见大势已去即逃出卡外但仍不断骚扰清军再派兵追剿。倭里罕裹胁了一万五千多人带着抢掠的财物逃往浩罕2。倭里罕叛乱经过了四个月遂告平息。

这一时期维吾尔族人民遭受了和卓后代多次作战之苦又受到清统治者和本民族贵族压迫剥削之害“生计本少加以科敛愈不聊生”3。驱逐阿古柏收复伊犁同治四年（1865）春以后在天山南北相继出现了五个互不相属的封建割据政权。在库车热西丁和卓自称“汗和卓”（汉文史书误译为黄和卓）形成了西至阿克苏、乌什、东至吐鲁番等地的封建割据势力。在乌鲁木齐回族妥明（妥得璘）自称“清真王”其势力也扩张至吐鲁番一带。在伊犁迈孜木杂特自称“苏丹”割据一方。在喀什噶尔先是由白山派头目托合提2《清宣宗实录》卷446、448。

3《平定陕甘新“回匪”方略》卷5、11。

1库罗帕特金《喀什噶尔》第135—136页。

2《平定陕甘新“回匪”方略》卷7；《喀什噶尔》。

3《清宣宗实录》卷425。

马木提艾来姆称王不久柯尔克孜封建主思的克攻占了喀什自己登上王位。在和阗宗教头目哈比布拉也自称“帕夏”（皇帝）占地为王。

以思的克为的喀什噶尔统治集团为了巩固和扩大自己的势力竟奴颜卑膝地向浩罕求援。于是浩罕的军队领派遣阿古柏和大和卓波罗泥都之曾孙布素鲁克前往喀什噶尔于同治三年十二月（1865年1月）侵入中国境内。

同治六年（1867）南疆地区全部为阿古柏侵占。阿古柏自封为“巴达吾来特哈孜”（即汉文史书上的“毕调勒特汗”意即“洪福之王”）对其政权历史上称为“哲德莎尔”意即“七城”。同治九年整个天山以南地区和以北的部分地区就完全处在了阿古柏的反动统治之下。

阿古柏在新疆的侵略活动与英国和俄国殖民主义侵略新疆的阴谋有着直接的联系。同治十二年（1873）英国正式派遣了茀赛斯组成的有三百人的庞大使团向阿古柏赠送了枪枝、小炮等武器。同治十三年阿古柏和英国签订了通商条约即《英国与喀什噶尔条约》这个条约共十二条给予了英国在商业、居住等方面的特权。沙皇俄国也不甘落后早在同治十年武力强占中国伊犁地区以后就立即向阿古柏表示友好。同治十一年阿古柏与沙皇俄国签订了《俄国与喀什噶尔条约》沙皇正式承认阿古柏政权得到了在南疆进行商业贸易的特权1。阿古柏又将中亚地区中世纪的封建制度完全移植到新疆。土地被大量集中起来分封给爪牙；各级官吏的俸禄直接取自于封地内的劳动人民可以任意索取财物和强征无偿劳役。阿古柏的税收没有成文规定种类繁多。

阿古柏还打着宗教的旗号对宗教头目笼络、收买扩充宗教寺院的土地、财产新建礼拜寺、麻扎、宗教学校又推行伊斯兰教法典《沙里阿特》的规定在城乡普遍设立宗教法庭。宗教法官（长孜）可以用任何借口处罚以至处死劳动人民恢复了“拉伊斯”（执行宗教法规的执法吏）的职位无辜的劳动人民及未戴面纱上街的妇女随时都可能受其鞭笞。对非伊斯兰教徒则强迫改信伊斯兰教否则就要受到最野蛮的杀害。

为了反抗阿古柏的暴虐统治各族人民包括一些本地的封建主都起来进行斗争。在和阗、吐鲁番、乌鲁木齐等地、劳动人民自的武装起义此起彼伏绵延不绝。

阿古柏的侵略新疆与沙皇俄国武力侵占伊犁引起了中国西北边疆严重的民族危机迫使清政府不得不注意新疆的问题。光绪元年三月（1875年5月）清政府授任左宗棠为钦差大臣督办新疆军务任命金顺为乌鲁木齐都统帮办新疆军务开始了进军新疆驱逐侵略者的行动1。

渴望解脱阿古柏残酷奴役的维吾尔族和新疆各族人民自动拿出粮食1《阿古柏伯克传》第1o、11章。

1《平定陕甘新“回匪”方略》卷298、299。

马匹等支援清军。

光绪三年夏阿古柏见大势已去在库尔勒服毒自杀。

清军在新疆各族人民的支持下进行了历时一年半的反对阿古柏侵略、收复祖国领土的正义斗争。这些战争的胜利解除了中国西北边疆的民族危机粉碎了殖民主义者分裂我国的阴谋为收复伊犁打下了基础。

左宗棠在驱逐阿古柏收复新疆的过程中就注意到了要做好善后工作恢复生产如资助因战争逃亡的人民重返家园给口粮、种子、牲畜等使尽快恢复生产举办屯田军屯民屯并举改革不合理的田赋制度及整顿币制等等。在收复南疆后又组织了善后局管理民政、财政、司法等事务命令阿奇木伯克只管催征赋税不得插手地方事务。又提出新疆设行省的主张。后来刘锦棠也上书清廷提出了设置道厅州县的具体方案。

新疆设省清廷于光绪十年九月（1884年1o月）批准了新疆改设行省。十月任命刘锦棠为新疆巡抚魏光焘为新疆布政使。

新疆改设行省是维吾尔族和新疆其他各族人民历史上的一个重要事件。改设行省以后先对军政制度作了重大改革。取消军府制、伯克制和扎萨克世袭制代之以兵备道、府、州、县制削弱了当地封建统治者的势力加强了清政府对新疆的直接统治。

在改革军政制度的同时清廷还采取了一些有助于生产展的措施。在农业方面大力兴修农田水利实行军屯、民屯、犯屯、扩大了耕地面积使农业生产得到展。根据二十个县的统计整修和新修干渠九百四十多条支渠两千三百多条灌溉面积达一百一十多万亩1。并设立蚕桑局移植祖国东北地区的桑树招聘江浙一带的蚕工改进蚕桑技术促进了蚕桑业的展1。在工业、手工业方面清政府举办新式工业利用机器采油和冶铸后来又有了火柴和电灯等工业。在交通方面把军台、营塘一律改为驿站又由驿站展到邮政宣统元年（19o9）正式设立邮局总局设迪化（乌鲁木齐）分局几乎遍及南北疆。光绪二十一年（1895）建成了电报线路后来线路还可通到北京。在商业方面也日趋繁荣由于取消了内地汉族来新疆的限制使各省商人贩运