熙二十七年（1688）厄鲁特蒙古准噶尔部领噶尔丹乘喀尔喀内乱攻袭喀尔喀各部败土谢图汗察珲多尔济掠车臣汗及札萨克图汗牧地喀尔喀蒙古封建主遂率众南下投清。康熙三十年（1691）举行多伦诺尔会盟封赏喀尔喀诸王公并设旗编佐自此喀尔喀蒙古亦辖属于清帝。雍正三年（1725）分土谢图汗部西境置三音诺颜部遂形成四部。

厄鲁特蒙古四部并入清朝是在不同时期和情况下以不同的方式进行的。和硕特部原居今乌鲁木齐一带十七世纪上半叶在领固始汗率领下进据青海、西藏地区与清保持和好通贡关系顺治十年（1653）固实汗被清封为遵义行义敏慧固始汗。康熙三十六年（1697）固始汗之子达什巴图尔接受清朝招抚使青海和硕特蒙古併入清朝。

准噶尔部在其领噶尔丹统治时期兼并周围各部势力强盛。康熙二十七年（1688）侵扰喀尔喀二十九年进犯漠南乌珠穆沁境被清军败于乌兰布通三十五年再为清军败于昭莫多。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦乘机自立为汗并向清纳款通好噶尔丹腹背受敌次年服毒自杀。雍正五年（1727）策妄之子噶尔丹策零继位后屡扰清境并于雍正九年大败清军于和通淖尔次年为清军败于额尔德尼昭后始罢兵议和。乾隆十年（1745）噶尔丹策零死后准噶尔部内讧。乾隆十八年（1753）达瓦齐夺取汗位乾隆二十年为清平定。不久先已归降的阿睦尔撒纳复叛清失败后逃入俄罗斯境乾隆二十二年病死长期与清朝对抗的准噶尔部遂隶属于清。

值准噶尔部内讧之时杜尔伯特部台吉车凌、车凌乌巴什、车凌蒙克（史称三车凌）于乾隆十八年摆脱准噶尔的羁绊率众归服清朝被安置于乌里雅苏台一带游牧。次年编旗分佐设盟。

土尔扈特部原游牧于塔尔巴哈台附近雅尔地方明末清初因不堪准噶尔部侵扰西迁至额济勒河（今伏尔加河）下游。乾隆二十六年渥巴锡继承汗位后因不堪沙俄政府的奴役、侵扰和征索于乾隆三十五年率属众三万三千余户、十七万人启程东返祖国。次年抵伊犁附清分为新旧两部：渥巴锡领旧土尔扈特部游牧于珠勒都斯、库不喀喇乌苏等地；舍楞领新土尔扈特部驻牧科布多一带。至此漠南、漠北、漠西蒙古地区尽归属清朝。盟旗制度的实施盟旗制度是在天命九年（1624）至乾隆三十六年（1771）绥服蒙古各部过程中根据八旗制度的组织原则在蒙古原有社会制度的基础上逐步建立起来的。清廷取消蒙古原有部的划分改编为旗。少数就原部编为一旗多数被分为若干旗以至十余旗。旗既是军事、行政合一的单位又是清朝赐给旗内各级蒙古封建主的世袭领地。

蒙古地区的旗分为总管旗和札萨克旗两种。总管旗设总管由中央派遣的将军、都统、大臣直接统辖其中包括内属的察哈尔八旗、归化土默特两翼以及热河都统所辖厄鲁特一旗科布多参赞大臣所辖明阿恃、扎哈沁各一旗、阿尔泰和阿尔泰诺尔乌梁海九旗、定边左副将军所辖唐努乌梁海五旗、驻藏大臣所辖达木蒙古八旗等。

其余大多数蒙古部之旗称为札萨克旗清廷在这些地区建札萨克旗受中央监督。札萨克旗又分为内札萨克和外札萨克内蒙古所属各旗为内札萨克；喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古各旗为外札萨克。由清廷就旗内蒙古王公中之有功者任命为札萨克管理旗务。札萨克的职责是按照清政府赋予的权限处理旗内行政、司法、税收、科派差役、旗属官吏的任用牧场调整等事务由上级监督行使。札萨克之下设协理台吉、管旗章京、梅伦、笔帖式等僚属协理旗务。

旗下设佐为基本军事单位每佐设佐领一人辖旗丁一百五十人在旗札萨克领导下审理丁册征收税课排解纠纷传递信件及征人伕。佐领之下设骁骑校、领催协助佐领办理军政事务。每六佐复设一参领统辖。在佐之下每十户设一什长为最低一级行政单位的管理人。

除总管旗、札萨克旗外清政府还在大寺庙的领地共建有七个喇嘛旗。这些喇嘛旗与札萨克旗平行不受其干预自行管理领地内之行政、司法、税收事宜。

清统治者为了不使旗札萨克享有独立权力订出会盟制度在旗之上设盟合数旗而成。有的盟是在原有部的基础上建立的有的盟包括数部有的盟只包括一旗也有少数旗不在其上设盟而直辖于将军、大臣等。而蒙古旧有的部只在名义上保存下来不具有任何行政职能。会盟地点由清政府指定通常是在便于各旗集会的适中地点一经确定即以该地名作为盟的名称。

每盟设盟长一人副盟长一人由理藩院于盟内各旗札萨克中选人奏清帝任命兼摄。盟不是一级行政机构只是一种实行监督的组织一般不设办理盟务的衙门。规定每三年会盟一次届时执行比丁、练兵、检查财务、清理民刑案件等职权。盟并不构成蒙古最高一级的行政机构盟长的主要任务是充当会盟的召集人不能直接干预各旗内部事务也无权擅自布政令只是对各旗札萨克起监督作用并充当旗札萨克与清政府的中间人。遇有旗札萨克不能解决的民刑案件可会同审理札萨克有不法或叛逆行为有责任随时告战时则带领所属各旗兵丁应诏出征。

蒙古的盟旗并非独立自主的政治制度都直接受中央政权的统辖和节制履行清廷委付的职责不享有独立处理本盟旗各项事务的权力。在盟旗之上一切重大军政事宜的最高裁决权属于理藩院而地方性的重大事件则报有关地区的将军、都统和大臣会办。

社会阶级清朝所制定的各种制度并没有改变蒙古社会的阶级结构和剥削关系封建主和牧民仍然是社会中的两个基本阶级。

蒙古归并清朝后在建旗设盟过程中基本取消了蒙古封建主原来享有的济农、诺颜、太师、宰桑等称号按原来地位的高低及对清朝的效忠程度和功劳大小分别被授以亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、四等台吉和塔布囊等爵位。担任旗札