送其返归南疆叶尔羌管辖南疆“回部”事务。阿布都什特死后其子玛罕木特继位因欲极力摆脱准噶尔部的控制被准噶尔汗策妄阿喇布坦俘劫到伊犁并禁锢起来。玛罕木特长子波罗尼都次子霍集占也同时被押解伊犁禁锢。乾隆二十年（1755）清军打败达瓦齐占领伊犁波罗尼都、霍集占兄弟同时获释。清廷将波罗尼都送回南疆叶尔羌继续管辖“回部”事务而留霍集占于伊犁管辖伊犁地区的维吾尔族事务。阿睦尔撒纳在伊犁动叛乱时霍集占助纣为虐参与叛乱。清廷迅平定阿睦尔撒纳叛乱霍集占逃亡南疆投奔其兄波罗尼都。

波罗尼都自返归南疆叶尔羌后与清廷一直保持密切关系一切“听候大皇帝谕旨”。但霍集占逃归南疆后以“准噶尔已灭近地并无强邻收罗各城可以自立”1煽惑波罗尼都。在霍集占的蛊惑之下波罗尼都终于赞同其弟之议杀害了清廷派往南疆库车执行招抚使命的副都统阿敏道于乾隆二十二年（1757）兴兵作乱欲图独据回疆。

清廷得悉霍集占兄弟叛乱后于乾隆二十三年（1758）五月以都统雅尔哈善为靖逆将军率领清军以及维吾尔族阿奇木伯克鄂对所统领的维族士兵1万余人由吐鲁番出前往镇压。战争开始大小和卓曾迷惑了数十万维吾尔族群众参与其中但霍集占叛乱破坏了当时南疆刚刚安定的局面把维吾尔族人民又重新推入水深火热之中所以很快大批维吾尔族伯克、人民纷纷逃离叛军大小和卓归顺清帝。清军占库车时霍集占弟兄逃至阿克苏和乌什当地维吾尔族领闭城不纳只好又返叶尔羌波罗尼都则占喀什噶尔互成犄角之势。清廷调定边将军兆惠率军南下先攻叶尔羌。由于清军长途跋涉兵员又处于劣势致使兆惠所率的三四千士卒被回军包围在叶尔羌城东黑水营达三个月之久。乾隆二十四年（1759）初清定边右副将军富德所率援军到达方解黑水营之围。是年六月清军分两路出击兆惠率军由乌什取喀什噶尔富德率军由和阗取叶尔羌。在清军的强大攻势之下霍集占兄弟弃城夺路西窜部属纷纷归降最后在伊西洱库河谷叛军几乎全部被歼。霍集占弟兄逃入巴达克山部为其领擒杀后献尸清廷。大小和卓叛乱被彻底平定。

清廷在平定天山北路准噶尔部和天山南路的“回部”之后随即采取一1《回疆通志》卷12。

系列措施加强清廷对新疆的统治。

先强化新疆地方的统治机构乾隆二十七年（1762）设置“总统新疆南北两路事务”的伊犁将军驻扎伊犁统辖全疆军政事务。然后在新疆北路设置乌鲁木齐都统和塔尔巴哈台参赞大臣管辖乌鲁木齐、巴里坤、吐鲁番、塔城诸处军政；又在新疆南路设置喀什噶尔参赞大臣下辖叶尔羌、和阗、英吉沙尔、乌什、阿克苏、辟展、巴里坤、哈密等处的办事大臣以及吐鲁番的领队大臣。对于天山南路的“回部”维吾尔族聚居区仍承袭原有的伯克制各城仍设阿奇木伯克（即正城主）和伊什罕伯克（即副城主）但均由参赞大臣奏请皇帝简放品级自三品至七品不等管理当地的回城民政事务。

其次为了展新疆经济和加强对新疆地区的统治清廷在新疆各地大力开展屯田。东起巴里坤西至伊犁河广泛垦田开荒。早在康熙、雍正年间用兵准噶尔时即于新疆屯田乾隆年间屯田范围日广。据不完全统计乾隆三十一年（1766）仅新疆绿营军的营屯亩数已达17929o亩；到乾隆四十年（1775）时仅新疆募民屯垦的户屯亩数已达28o253亩。在大兴屯田的同时为了繁荣工商业清廷在阿克苏设铸钱局铸造“乾隆通宝”铜币行新疆各地。

再次新疆地处西部边陲交通不便为了及时传递消息清廷在天山南北主要交通线普遍设立“军台”。

第五节安定西南辖治蒙区西藏直隶朝廷清入关以前于崇德四年（1639）曾派专使入藏联系。崇德七年（1642）西藏各教派领派遣伊拉古克三等专使到盛京朝贡。同年和硕特蒙古顾实汗杀藏巴汗尊五世喇嘛罗桑嘉错为宗教领袖控制了西藏地方的权力后又于顺治二年（1645）赠四世班禅罗桑却吉坚赞以“班禅博克多”的尊号以分割五世喇嘛的权力巩固其在西藏的统治地位。

清入关定都北京以后清廷进一步加强与西藏的联系。顺治八年（1653）顺治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饶喇嘛入藏问候和班禅并邀请五世喇嘛到北京会晤。顺治九年（1654）顺治帝在太和殿设宴为洗尘。翌年五世喇嘛返藏顺治帝又在南苑设宴为之饯行册封五世喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普遍瓦赤喇恒喇喇嘛”册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。明确了五世喇嘛的宗教领袖地位和承认顾实汗对西藏地方的统治。

准噶尔部的侵扰结束了长期以来清廷依靠和硕特蒙古统治西藏的局面清廷开始着手重新组建西藏地方政权。采取噶伦共同掌政制度即由清廷委任五人为噶伦（开始时四人）其中一人为席噶伦一总西藏地方政务。乾隆十五年（175o）清廷下令废藏王建立噶厦（令机关）于驻藏大臣和喇嘛之下设四噶伦（三俗一僧）分理政务。四噶伦地位平等互不统属。自此喇嘛由西藏地方的宗教领袖转而成为政治领袖。这样西藏的噶厦即成“政教合一”的地方政权隶属于清帝。与此同时提高驻藏大臣的地位和扩大驻藏大臣的职权。

乾隆五十六年（1791）又生了廓尔喀人（尼泊尔的一个民族）入侵西藏事件。廓尔喀为了达到扩张其势力的目的借口边境税收纠纷大举入侵掠夺后藏残杀藏民。八世喇嘛和七世班禅报请清廷兵。乾隆帝即派大将军福康安率领由满、汉、蒙、藏等各民族人组成的军队一万七千人入藏在藏族人民的支援下乾隆五十七年（1792）五月即将廓尔喀人全部逐出西藏迫使廓尔喀“军前乞降”永不再犯。

廓尔喀军能很快深入后藏地区充分暴露西藏噶厦地方政权的弱点和弊端官吏贪污舞弊兵备废弛若不改弦更张西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等会同西藏各方人士筹议西藏善后章程。经过先后