等设立巡防千户所纳国珍船散遣其徒众。国珍不从率其船13oo余艘仍据海道阻绝海运。
至正十四年（1354）四月贴里贴木儿、左答纳失里因方国珍降而复叛被御史台臣所劾。元命阿儿温沙为江浙行省右丞、恩宁普为江浙行省参知政事领兵讨方国珍。阿儿温沙等令各州县树栅捍江加紧备战但元兵入海遇国珍兵皆溃而归。方国珍依然横行海上曾北至太仓刘家港为元水军副万户董抟霄所败。九月方国珍拘执元帅也忒迷失、黄岩州达鲁花赤宋伯颜不花、知州赵宜浩为人质要挟元廷再次招安。
元廷为中原、江浙各地红巾军所困河运已经中断京师生粮荒而方国珍据海上海运亦中断京师粮荒愈加严重故元对国珍仍以招抚为主。至正十六年（1356）三月元以方国珍为海道运粮漕运万户兼防御海道运粮万户其兄国璋为衢州路总管兼防御海道事。时泰州白驹场（今属江苏东台）人张士诚在取得高邮之战胜利后已从苏北渡江南下据平江（今江苏苏州）为都占有苏南大片富饶土地元廷为之不安。十七年八月元廷升方国珍为江浙行省参知政事、兼海道运粮万户命其率兵讨士诚。国珍率兄弟诸侄等以舟师5万进击士诚昆山州士诚遣其将史文炳等御于明子桥国珍七战七捷。未几张士诚降元廷命方国珍罢兵。士诚“乃托丁氏往来说合结为婚姻于是两境之民稍息”。国珍还开府于庆元兼领温、台两州以兄国璋、弟国瑛居台州侄明善居温州留弟国珉为副手。
至正十八年（1358）底朱元璋的军队已东下衢州（今属浙江）、婺州（今浙江金华）逼近方国珍所据的庆元、温、台诸地。十二月朱元璋遣蔡元刚至庆元招降方国珍。国珍招集其兄弟谋曰：“方今海内虽乱而元运未终然惟建业善用兵威振远迩恐吾兄弟不足与抗。不如姑示顺从以观天下之势。”乃遣其子完为质子入侍元璋知其无诚意命完归去。（《明太祖实录》卷七、卷八）
至正十九年（1359）正月方国珍遣使奉书于朱元璋并献黄金5o斤、白银1oo斤、金织文绮百端。其书略曰：国珍生长海滨鱿盐负贩无闻于时。向者因怨构诬逃死无所遂窜海岛。为众所推连有三郡非敢称乱迫于自救而已。惟明公倡义濠梁东渡江左据有形胜以制四方奋扬威武以安百姓。国珍响风慕义欲归命之日久矣道路壅遏不能自通。今闻亲下婺城抚安浙左威德所被人心晾从。不弃犷愚猥加诲谕开其昏朦俾见天日此国珍所素愿也。谨遣使奉书上陈恳款或有指挥愿效奔走。言为定明神实临。（《明太祖实录》卷七）
三月方国珍遣郎中张本仁以温、台、庆元三郡献元璋且以次子关为质元璋命关返还。九月元璋授国珍福建等处行中书省平章政事、国璋福建行中书省右丞、国瑛福建行中书省参政、国珉枢密分院佥院。并令国珍“奉龙凤为正朔”以本部兵马城守俟命征讨国珍“欲不受业已降；欲受又恐受制”（《明太祖实录》卷七）真可谓“心持两端觇伺成败”因而提出借口“不奉正朔”“姑以至正为名”（《国初事迹》）。果然这个诡诈多端的两面派在地主政客刘仁本、张本仁等人的怂恿下接受朱元璋封职才一个月就又接受了元朝封他的江浙行省平章政事的官职。并于至正二十年（136o）至二十三年每年派出大批海船运送张士诚的十余万石粮到大都（今北京）去元顺帝大为赞赏封国珍为江浙行省左丞相赐爵衢国公。至正二十二年五月方国珍曾遣使至山东察罕帖木儿处并愿为之效劳适察罕帖木儿被田丰、王士诚杀察罕帖木儿养子扩廓帖木儿对国珍使臣“于礼特优”。
方国珍害怕朱元璋派军来攻伪装“惶惧谢罪以金宝饰鞍马献”（《明史·方国珍传》）。至正二十二年朱元璋部苗帅蒋英叛乱杀胡大海持大海级奔国珍国珍不受自台州奔福建。时方国璋守台截击之为蒋英所败国璋被杀朱元璋遣使吊祭。次年温州人周宗道以平阳降元璋方明善以兵争元璋参军胡深击败之进兵瑞安、温州。国珍恐请岁输白银3万两俟元璋下杭州城后即纳土归附。元璋遂命胡深班师。而国珍仍北通扩廓帖木儿南交福建陈友定企图形成犄角之势。
元廷对方国珍不断拉拢。至正二十五年（1365）以国珍为淮南行省左丞相。二十六年九月以国珍为江浙行省左丞相弟国瑛、国珉侄明善并为江浙行省平章政事。未几进太尉。至正二十七年（1367）四月朱元璋的军队攻克湖州、杭州进而围攻平江张士诚。“国珍拥兵坐视屡假贡献觇胜败为叛服计”。朱元璋见其反复以书数其十二过曰：“当尔起事之初元尚承平天下谁敢称乱？惟尔倡兵海隅。元官皆世袭子弟顾惜妻子其军久不知战故临阵而怯尔得鸱张于海隅。及天下乱尔遂陷三州之地扼海道之冲窃据山岛二十余年。朝送款于西暮送款于北此岂大丈夫所为尔过一也。吾下婺时四方强敌甚多岂暇用兵海岛与尔较短长。尔自怀惧遣子纳降。吾以诚心待人不逆尔诈即遣还尔子。尔乃诡诈多端不数年间迭生兵隙尔过二也。近者浙左会稽、浙右钱塘诸郡皆下尔阴蓄异志时遣人觇吾虚实尔过三也。未有衅端先起猜忌自怀反侧尔过四也。易交而轻悔尔过五也。扩廓贴木儿以曹操之奸将乌合之兵东奔西扰顿师之粮；又为李思齐、张思道逐出潼关三秦已失中原徐、邳、宿郡为吾藩篱大河为吾门户吾舟师往还如入无人之境。尔不能料中原事势顾且泛海交好声言击我。虚张声势以怨尤尔过六也。彼若仓卒有事尔隔海滨岂能应援败亡由尔；彼若无事交疏礼菁则豪杰之怨祸乱之生由此始矣尔过七也。尔兄弟无功于朝无恩于下民盗据海隅以势要君以私贿下坐邀民爵跋扈万状。今归于我而又不能善保富贵欲驱民于锋镝尔过八也。尔兵数出掠我并海之民。上帝好生下民思治乃违天虐民尔过九也。尔若有大志尽驱温、台、庆元之民与我较胜负此果决丈夫之志也。今不能此徒遣数舟狗偷鼠窃小举而兴大怨尔过十也。吾遣兵入浙下湖州军旧馆张氏将士尽皆降附遂